تأسست تلك الشبكة على يد المولوي جلال الدين حقاني، من قبيلة جادان أحد قبائل بشتونية في إقليم بكتيا، وبطل المقاومة ضد الاتحاد السوفيتي في الثمانينات، والوزير السابق في حكومة طالبان خلال فترة التسعينات ،والذي انضم بعد ذلك إلى حركة طالبان.
ويعد جلال الدين حقاني أحد القادة القلائل من قادة المجاهدين السبعة، الذين عارضوا التدخل الأميركي في أفغانستان، وكان يتبع القائد يونس خالص زعيم الحزب الإسلامي الذي توفي قبل سنوات، التحق بحركة طالبان الأفغانية بعد أن مبايعة زعيمها الملا محمد عمر، وكان أبرز قائدٍ له في الشرق الأفغاني، وهذا لم يمنع حقاني من استمرار علاقاته المتميزة مع باكستان التي بدأت مع بدء الجهاد الأفغاني أواسط السبعينيات.
ساهمت الاستخبارات الأمريكية CIA، والحكومة الباكستانية في تأسيس وتمويل شبكة حقاني، في ثمانينيات القرن الماضي، مما سمح لجلال الدين ببناء قوة ميليشيا كبيرة متدربة، متخذا من شمال وزيرستان الباكستانية والتي تقع شمال باكستان، والحدود الجنوبية الأفغانية مقرا وقاعدة للشبكة، في مجاراة ولاية وزيرستان الجنوبية لتكون مقرا لقوات حقاني، يعد موقعها الحالي مركزا حيويا بين الدولتين، ليعطي للشبكة القدرة على التحرك المرن لتنفيذ العمليات فيهما دون الإمساك بهم، على الرغم من أن المقر الرئيسي لهذه الشبكة كان بين محافظات بكيتا، بكتيكا وولاية خوست في شرقي أفغانستان ولكن بعد عقدين من تأسيسها استقرت في شمال وزيرستان.
تتكون الشبكة من أربعة آلاف من المقاتلين النظاميين والمدربين، ولكن في بعض الأحيان يصل عدد مقاتليها إلى عشرة آلاف، إذا ما اشتركت في عمليات مع حركة طالبان، وتدير هناك مدارس دينية ومعسكرات لتدريب المقاتلين، ولكنها وفقا لتقارير الاستخبارات الأمريكية تركز معظم نشاطها العسكري في شرقي أفغانستان، خاصة في ولايات بكتيا وخوست، وأحيانا يمتد إلى ولايات أخرى مثل وردك.
شبكة حقاني أقل عددا من حركة طالبان، ولكن رجالها أكثر تدريبا، ولهم أسلوبهم الخاص في الحركة والقتال يدل على قدرتهم العالية في هذا المجال، حيث إن مقاتلي الشبكة يتسربون من باكستان إلى أفغانستان، عبر ممرات جبلية قديمة، ويقاتل أعضاء الشبكة بشكل عام في أفغانستان، وكل فرقة منهم تقاتل لعدة أسابيع، ثم تعود إلى باكستان مرة أخرى .
يتبع أعضاء الشبكة دائما أسلوب التنقل الدائم من قرية إلى قرية، ولا يبيتون في أي مكان أكثر من ليلة واحدة، كما أنهم نادرا ما يستخدمون الهواتف النقالة، حتى لا يتم رصدهم، كما أنهم يتمتعون بالبراعة فى استخدام المنطقة العازلة على الحدود الباكستانية.
تعد شبكة حقاني أقل الفصائل المتمردة استعدادا للمصالحة والتوافق، وتعد الولايات المتحدة هي العدو الوحيد للشبكة، والتي تشن عليها بين الحين والآخر بعض الغارات الجوية، في حين وفر لها تواجدها بين حدود باكستان وأفغانستان، سوقا مربحة من خلال استغلال التراخي الأمني على الحدود لممارسة أعمال التهريب والرشى، واختطاف الأجانب، معتمدة في ذلك على علاقاتها بقبائل البشتون ومن يدعمونهم في الاستخبارات الباكستانية.
تتبع الشبكة أسلوب " التنظيم الخيطي"، حيث لا يعلم كل تشكيل أي شيء عن التشكيل الآخر، وحتى المقاتلون لا يعرفون قادتهم في باكستان.
مع اشتداد المرض على جلال الدين، سلَّم حقاني الأمر لأبنائه وبرز من بينهم ابنه الأكبر سراج الدين حقاني كأكبر القادة الذين تحدوا القوات الغربية في الشرق الافغاني، وهو يتخذ من مناطق شمال وزيرستان القبلية منطلقًا لنشاطاته وتجمعه علاقة مع باكستان، وتحديدًا مع الاستخبارات الباكستانية.
تتكون قيادة الشبكة في الوقت الحالي من الأبناء الثلاثة الكبار لمؤسسها جلال الدين حقاني، ويتزعمها سراج الدين حقاني، المكلف من قبل الأمارة الإسلامية بالجبهة الجنوبية الشرقية لأفغانستان (بكتيا ,خوست, بكتيكا) وله أفراد مجاهدون في الشمال( في الولايات شمال أفغانستان)، والجنوب (ولايات جنوب أفغانستان) وهم تحت إمارة أمراء الولايات التي هم فيها.