كان له العديد من المواقف ضد الدولة القاجرية (هي مملكة أسسها القاجاريون عاصمتها طهران شملت معظم الأراضي الإيرانية الحالية، إضافة إلى أرمينيا وأذربيجان دامت الدولة من عام 1794 حتى 1925 حينما أطاح رضا بهلوي بآخر الحكام القاجاريين عام 1925، مؤسسًا لنفسه الدولة البهلوية).
واقترنت حركة "المستبدة" بالإمام السيد محمد كاظم اليزدي، وعند تزعم الآخوند لحركة المشروطة، أمر بعزل السلطان محمد على شاه القاجاري، وأفتى بوجوب المشروطة والاتحاد بين الأمة الإسلامية، فقد فضح كاظم الخراساني، السياسة التي كانت ينتهجها مظفر الدين شاه، بالخصوص اعتراضه على القرض الذي حصل عليه من روسيا، والذي أغرق البلاد ببحر من الديون.
وحينما اقتحمت القوات الروسية ولاية خراسان انتفض الإمام الخراساني في وجه الغزاة فأبرق قائلًا: "لئن تنسحب جيوشكم من خراسان لأصرخن في العالم الإسلامي صرخة"، وهو ما كان له دور قوي في وضع حد لتقد الروس في إيران.
وتشير بعض المراجع التاريخية إلى أن الآخوند الخراساني، قد أعد جيشًا من المجاهدين، وصمم على الذهاب بنفسه لمجاهدة الروس، فنصبت الخيام خارج سور النجف من الجهة الشرقية، ولكن المنية عاجلته في 18 ذي الحجة 1329هـ، المصادف ليوم 29 سبتمبر 1911م وكانت هذه الليلة هي ليلة عيد الغدير.
فقد ذاع صيت الآخوند كزعيم سياسي بدأ في الفترة التي كان يمارس فيها نشاطاته الجادة في حركة الدستور. وأصبح الآخوند في مقدمة زعماء الحركة مع اثنين من المجتهدين الكبار المعاصرين له، وهما ميرزا حسين الطهراني والشيخ عبدالله المازندراني، وذلك بإرسالهما الرسائل والبرقيات للزعماء الدينيين والسياسيين في داخل إيران، وإصدارهما منشورات للتوعية وكان العلامة ميرزا محمد حسين الناييني يساعد الآخوند في هذا المجال؛ حيث ألّف كتابًا عنوانه: "تنبيه الأمة وتنزيه الملّة"، سعى لتبرير النظام الدستوري من وجهة نظر الشريعة الإسلامية ورفض حجج العلماء المعارضين. وقد كتب الآخوند الخراساني مقدمة لذلك الكتاب أعلن فيها أن أسس الحركة الدستورية مأخوذة من الشريعة الإسلامية الحقة.
وكان الآخوند وأنصاره المرافقون له ينظرون إلى النظام الدستوري على أنه وسيلة لوضع حد للظلم، ويرون أن على جميع المسلمين الاشتراك في هذه الحركة. وعندما أصبح محمد علي شاه ملكا (1324/1907) أرسل الآخوند له رسالة نصحه فيها، ودعاه إلى الالتزام بموازين الشريعة والعدالة والسعي في طريق تأمين استقلال البلاد. ولكن محمد علي شاه وعلى الرغم من تظاهره بتأييد الحركة الدستورية كان يريد أن يحكم البلاد بصورة ديكتاتورية، فأخذ ينسق مع قوات الأحرار الإيرانيين آنذاك، لإدامة الصراع مع الحكم الاستبدادي.
وأرسل الخراساني أيضًا برقية إلى مجلس سعادة الإيرانيين طلب فيها من سفراء الدول والصحف الرسمية بتوعية الناس وتنبيههم إلى مواد الدستور الإيراني، التي تؤكد عدم مشروعية أي معاهدة أو اتفاق، بين الحكومة ودولة أخرى إلا بموافقة مجلس الشعب.
وشارك كاظم الخراساني، مع الشيخ الطهراني والشيخ المازندراني في كتابة بيان، طالبوا فيه الثوار المسلمين في "القفقاز وتفليس مدن بدولة جورجيا حاليًا" وبعض المناطق الأخرى، مساعدة الثوار المسلمين في تبريز وهي عاصمة محافظة أذربيجان الشرقية التابعة لإيران حاليًا، للإطاحة بالحكم القاجاري المستبد، وعلى إثر تلك الأوضاع حاولت روسيا وبريطانيا التنسيق فيما بينهما، لتهدئة الأوضاع المضطربة في إيران.
وقد أشارت أحداث في تلك الفترة إلى وجود تيارين فكريين أحدهما يمثل التيار التقدمي وقد عرف باسم "المشروطة"، وثانيهما التيار المحافظ وقد عرف باسم "المستبدة"، وقد أدى هذا الانشطار إلى مناقشات ومحاججات عنيفة كادت أن تعصف بالمدرسة النجفية وتؤدي إلى كارثة اجتماعية خطيرة.
وأبرق الآخوند الخراساني إلى السلطان عبد الحميد الثاني عند إعلانه الدستور بأن المجتهدين في النجف يطالبون بالدستور كفرض ديني، وقد أراد أن تسلك إيران الطريق الذي سلكته الدولة العثمانية، وغرضه من ذلك تحجيم سلطة الشاه الإيراني وتقييد مقرراته عن طريق إعلان الدستور وتأسيس المجلس، وقد التف حول الإمام الآخوند، أعلام كبار ولهم المقام العلمي الرفيع وكان هو المحور الذي يدور الجميع من حوله.
لعل الكثيرين من الأعلام قد أيدوا الآخوند الخراساني بعد إصداره فتواه التي جاء فيها: "أن الإقدام على مقاومة المجلس العالي، بمنزلة الإقدام على مقاومة أحكام الدين الحنيف، فواجب المسلمين أن يقفوا دون أي حركة ضد المجلس، وأن ما ورد في كتاب الإمام محمد حسين النائيني "تنبيه الأمة وتنزيه الملة في وجوب المشروطية" يتفق مع مضمون فتوى الإمام الآخوند، وقد أراد به البرهنة على مقاومة الاستبداد والعمل من أجل حكم دستوري (شوروي) أمر يتفق والشريعة الإسلامية، ولا يتناقض معها، وقد استند في إثبات صحة ما ذهب إليه على القرآن والسنة ونهج البلاغة، وقد وجه الإمام النائيني نقدًا لاذعًا لآراء المؤيدين للاستبداد والمعارضين للدستورية (المشروطية)، فقد أحدث كتاب الإمام النائيني دويًّا في الأوساط العلمية والاجتماعية؛ وذلك بعد أن قام به الأستاذ صالح الجعفري من ترجمته من الفارسية إلى اللغة العربية ونشره في مجلة العرفان تحت عنوان "الاستبدادية والديمقراطية".
وعقب نشاط الآخوند السياسي، وجهت حكومتا روسيا وبريطانيا مذكرة مشتركة إلى الآخوند وبقية الزعماء الدستوريين المقيمين في العراق وطلبتا منهم إيقاف نشاطاتهم السياسية. كما طلبتا من زعماء الفئات المطالبة بالحكم الدستوري في داخل إيران الالتزام بالاعتدال. وجاء في المذكرة أن عملية إنهاء النشاطات السياسية ستعود بالنفع على المجتهدين انفسهم.
لكن العلماء لم يعبئوا بهذه المذكرة التي كانت تحمل طابع التهديد لهم، وبخاصة الآخوند الذي لا يلين. ومنذ ذلك الحين، نشرت وسائل الإعلام الانجليزية موضوعات معادية جدا للآخوند.
ولغرض الاطلاع أكثر على ما يجري في إيران، قرر الشيخ الخراساني السفر إلى إيران، إلا أن وفاته المفاجئة في النجف الأشرف حالت دون ذلك.