علي الرغم من وجود اتجاهات إسلامية مختلفة في الصومال، فإن هناك تيارين رئيسيين يسيطران على الحركة الفكرية الدينية، هما: التيار السلفي، الذي يرى أن من واجبه نشر العقيدة الصحيحة من وجهة نظرهم، خاصة بعد أن تربى عليها ثلاثة أجيال متعاقبة، وينتمي إلى هذا التيار حركة الشباب والحزب الإسلامي، أما التيار الثاني هو الصوفي التقليدي، ويضم معظم الحركات الصوفية الموجودة في الصومال.
ثمة صراع فكري دائم بين التيارين خاصة وأن التيار السلفي يعتبر الصوفي خطرا كبيرا على الأمة الإسلامية، ولذلك يناصبونه العداء، ولذلك من الصعب اعتبار التيار السلفي القائم في الصومال الآن تيار معتدلا بقدر ما هو تيارا متطرفا ومتجمدا فكريا.
ارتبط قبول المجتمع الصومالي للجماعات الإسلامية، بالاعتقاد أن هذه الجماعات قادرة على القضاء على الانقسامات التي يعانيها المجتمع الصومالي، إلا أن هذه الجماعات انقسمت عبر خطوط أيديولوجية وعشائرية طويلة حتي داخل التيار الواحد.
ففي الوقت الذي يحافظ فيه أهل السنة والجماعة الصوفية علي وحدتها الأيديولوجية، إلا أنها منقسمة عبر خطوط عشائرية طويلة أيضا، أما التيار السلفي والمسيطر على الحركة الفكرية في الصومال فيشهد انقسامات جذرية بين الجماعات المنتمية إليه، فمثلا على الرغم من أن حركة الشباب والحزب الإسلامي يشتركان في الرؤية نفسها وأسلوب تطبيق الشريعة الاسلامية، فإنهما ينقسمان حول قضيتين هما القومية الصومالية والأداة السياسية العشائرية.
أما الحزب الإسلامي فيشهد من حين لآخر انقسامات داخلية كالتي حدثت في مايو 2010، حيث انشقت جماعة رأس كمبوني – إحدى الجماعات الأربع المكونة للحزب الإسلامي - وأعلنت انشقاقها لرفضها لأسلوب حركة الشباب والحزب الإسلامي في التعامل مع سكان المدن التي تخضع لسيطرتها، حيث تتبني حركة الشباب والحزب الإسلامي أفكارا "تكفيرية" تتسم بالتشدد وتبعد عن المنهج السلفي الصحيح، وتطبق حركة الشباب والحزب الإسلامي الشريعة الاسلامية في المدن التي تسيطر عليها، خاصة فيما يتعلق بالأحكام والعقوبات كعقوبة الإعدام التي يتولى رجال دين في الحركة تنفيذها، دون أن يعلنوا عن أدلة الاتهام أو يسمحوا للمتهمين باستقدام محامين للدفاع عنهم، هذا فضلا عن بعض الممارسات التي منعتها الحركة مثل سماع الموسيقي، وإلغاء أجراس المدارس، ومنع تدريس اللغة الإنجليزي، حيث تعتبرها لغة الجواسيس. بل إن الحركة تقوم بتجنيد الأطفال، وتمنع منظمات الإغاثة الإنسانية من القيام بأعمالها في الصومال.
وقد حاول زعماء التيار السلفي تحويل أفكارهم كقوة ثورية لتعبئة الصوماليين والتأثير في التحول السياسي والاجتماعي، إلا أن ممارساتهم المتشددة أدت إلي فقدانهم لثقة المجتمع الصومالي والانتقاص من شعبيتهم.