لعبت الإيكواس دورًا أساسيًا في تنسيق الجهود الأمنية ومكافحة الجماعات المسلحة في غرب أفريقيا، من خلال مبادرات مثل "القوة الاحتياطية" وآليات التدخل السريع، التي صُممت لتعزيز التعاون العسكري والاستجابة الفورية للتهديدات الأمنية. وقد استفادت الدول الأعضاء من تبادل المعلومات الاستخباراتية والتدريبات المشتركة التي حسّنت قدراتها على التعامل مع التهديدات الإرهابية المعقدة. ومع ذلك، فإن خروج مالي وبوركينا فاسو والنيجر، وهي دول تعد من أكثر المناطق تأثرًا بالنشاط الجهادي، يضعف هذه الجهود بشكل كبير. فانسحابها يعني فقدان جزء حيوي من الشبكة الأمنية المشتركة، مما يؤدي إلى خلل في التنسيق العملياتي ويجعل التدخلات العسكرية أكثر تعقيدًا وأقل فاعلية. كما أن هذه الدول، التي كانت تعتمد على الدعم اللوجستي والاستخباراتي المقدم من الإيكواس، قد تجد نفسها الآن في وضع أمني أكثر هشاشة، حيث سيتعين عليها مواجهة الجماعات المتطرفة بقدرات محدودة وبدون غطاء إقليمي قوي.

إضافة إلى ذلك، فإن انهيار قنوات تبادل المعلومات الاستخباراتية بين الدول الثلاث وبقية أعضاء الإيكواس سيخلق ثغرات أمنية يمكن للجماعات المسلحة استغلالها لتعزيز تحركاتها وتمددها في المنطقة. فالتعاون الاستخباراتي كان عنصرًا محوريًا في تتبع أنشطة هذه الجماعات وقطع خطوط إمدادها اللوجستية عبر الحدود، لكن خروج دول الساحل من المنظمة قد يمنح المتطرفين مساحة أكبر للمناورة دون رقابة مشددة. علاوة على ذلك، فإن غياب التنسيق بين القوات الأمنية في دول الساحل والدول المجاورة قد يؤدي إلى تصاعد العمليات الإرهابية، خاصة في المناطق الحدودية، حيث يعتمد الاستقرار بشكل كبير على الجهود المشتركة. ونتيجة لذلك، قد نشهد تصاعدًا في هجمات الجماعات الجهادية، ليس فقط داخل الدول المنسحبة، ولكن أيضًا في الدول المجاورة التي ستتأثر بتوسع رقعة العنف وغياب الردع الإقليمي الفاعل.