تربطه علاقة قوية مع ابن عمه عبود الذي هو أيضا ابن خالته وزوج أخته أم الهيثم.

لم يفرج عنه مع ابن عمه لإعلان تمسكهما بممارسة حقوقهما السياسية، رغم ما بدر منهما من مراجعات صدرت في العام 2005 في كتاب "مراجعات لا تراجعات". يعد طارق الزمر مع ابن عمه عبود من المخططين لعملية اغتيال أنور السادات عام 1981، وذلك أثناء حضوره استعراضا عسكريا في ذكرى حرب أكتوبر وحكم عليهما بالسجن المؤبد.

كان طارق الزمر من القلائل الذين واصلوا دراستهم فوق الجامعية، حتى نال درجة الدكتوراه في القانون الدستوري كأول سجين سياسي ينال هذه الدرجة وبتقدير ممتاز مع مرتبة الشرف.. كما حصل أيضا على دبلومات الدراسات العليا في مجالات القانون العام والشريعة الإسلامية والقانون الدولى والعلاقات الدولية. وقد أعلن الزمر عقب إطلاقه بأنه سيواصل العمل الدعوي إلى جانب تفكيره في تكوين حزب سياسي وولوج المعترك السياسي العام في مصر وقد ساهم بالفعل في تأسيس حزب البناء والتنمية الذى لم يرخص له إلا بناء على حكم قضائى صدر يوم 10 أكتوبر 2011 أى قبل يومين من فتح باب الترشيح لأول انتخابات برلمانية بعد الثورة ورغم ذلك فقد حصل الحزب على 16 مقعد في البرلمان

وقد أُطلِقَ سراح طارق الزمر مع ابن عمه في 10 مارس 2011، وفق قرار أصدره المجلس الأعلى للقوات المسلحة في مصر الذي تولى السلطة عقب الإطاحة بالرئيس المصري السابق حسني مبارك في ثورة شعبية في فبراير 2011. هو المتحدث الرسمى باسم الجماعة الإسلامية وورئيس حزب البناء والتنمية الذراع السياسى للجماعة الإسلامية تغيرت افكاره بعد تقديم المراجعات الشهيرة عام 1997 واصبح يرى ان التغيير لا يأتى بالعنف ولكن بالحوار او الثورات السلمية.

في اول تصريحلته بعد الخروج من السجن وفي 17 مارس 2011 قال طارق الزمر بعد ساعات من الإفراج عنه لوكالة أنباء فارس الإيرانية، إنه من الصعب إنهاء النظام المصرى لمعاهدة السلام مع إسرائيل، لكن يجب علينا التمسك بتنفيذ كل بنودها والتى أغفل السابق التمسك بها، فالمعاهدة تنص على عدم العدوان على الآخرين وإقامة علاقات متكافئة تحقق مصالح مصر، وهذا لم يتحقق خلال المرحلة الماضية. وأشار الزمر إلى الأحداث الأخيرة التى وقعت لكنيسة أطفيح، قائلاً: هذه الأحداث تؤكد أن نظام مبارك ما زال قائماً فى المشهد السياسى، وأعتقد أن هذا النظام هو الذى أشعل تلك الفتنة لضمان بقائه واليوم يحاول أذناب النظام إشعال تلك الفتنة مرة أخرى لإجهاض الثورة، ولذلك أناشد شباب مصر من المسلمين والأقباط بعدم الانسياق وراء الشائعات التى يطلقها هؤلاء العملاء لإسقاط الثورة. ورد الزمر على سؤال حول ما إذا كان هناك جهات أجنبية ضالعة فى اغتيال الرئيس الراحل أنور السادات، قائلاً: لا توجد إطلاقاً أى يد أجنبية فى اغتيال السادات، لأن الولايات المتحدة وإسرائيل كانتا أكثر المضارين من اغتيال السادات، لأنه كان ينفذ سياستهما فى المنطقة، وجنازة السادات كانت خير شاهد على ذلك، حيث لم يسر فيها إلا قيادات غربية. وأضاف "أنا لا أشعر بالندم إطلاقاً على اغتيال السادات، فالذى يندم على إقصاء مبارك يندم على اغتيال السادات، فما فعله مبارك فى مصر هو امتداد لعصر السادات من استبداد مطلق وتزوير انتخابات، وهو ما دفعه إلى حل مجلس الشعب، لأنه لم يطق الرأى الآخر. وقال الزمر، إنه تعرض للتعذيب خلال السنوات التى قضاها فى السجن، ثم الابتزاز السياسى فى مقابل الإفراج عنه، وكان من أهم المساومات تأييد ما يكتبه مكرم محمد أحمد عن المراجعات والتى صاغها بصفة خاصة لصالح الحزب الوطنى، وكذلك تركنا العمل السياسى ولكننا رفضنا تلك المساومات. وتابع الزمر، قائلاً إن مبارك كان ينوى الإبقاء عليه هو وعبود الزمر فى السجن، فنظام مبارك وضع القضاء المصرى فى مأزق ورفض الإفراج عنا بعد انتهاء العقوبة القانونية بدعوى عدم الاختصاص، وهذا يدل على أن جهات سيادية كانت وراء هذا، وأعتقد أن النظام أراد أن نكون ورقة ليلعب بها مع أمريكا والداخل بدعوى أننا نؤيد الإرهاب. وقال الزمر، رداً على ما إذا كان بصدد إنشاء حزب سياسى وكذلك ترشيح عبود الزمر نفسه كرئيس قادم لمصر، "حتى الآن نفكر بمنطق المصلحة والحفاظ على الأوضاع الحالية وسندفع الجميع للمشاركة لإقامة دولة الحريات والقانون، وأعتقد أن وجودنا خارج الحلبة السياسية فى تلك المرحلة أفضل". وبشأن مستقبل العلاقات بين الإخوان والجماعات الإسلامية التى شهدت نوعاً من التوتر، قال الزمر نحن مستعدون للتعاون مع الإخوان وكل التيارات الوطنية والإسلامية لإقامة دولة القانون والحريات التى تضمن حقوق الشعب وحريته. وحول التعديلات الدستورية، قال الزمر أعتقد أن التعديلات الدستورية التى تمت تعد جيدة كمرحلة أولى، لأننا مازلنا فى مرحلة انتقالية، وأعتقد أن وضع دستور دائم يمكن أن يتم بعد انتخاب رئيس جديد ومجلس شعب جديد، ولذلك سوف أذهب إلى صندوق الانتخابات وأصوت لها. وعن مستقبل الجماعات الإسلامية، قال بالتأكيد ستعيد الجماعة ترتيب أوضاعها وبناء هيكل جديد وتحديد الإطار الدعوى الذى سوف تعمل فيه بجانب الإطار السياسى. وفى نهاية الحوار أعلن طارق الزمر عن أنه سوف يقوم مع عبود الزمر بتوثيق الفترة التى قضياها فى السجن وما حدث بها وتقييم الدلائل حول المسئول عن العنف فى التسعينات.

في 21 ابريل 2011 طالب بالافراج عن الشيخ عمر عبد الرحمن المحبوس في الولايات المتحدة الامريكية لضلوعه في الارهاب والدعوة له، حيث أكد طارق الزمر عضو الجامعة الإسلامية، أنه من الواجب على الأمة الدفاع عن الدكتور عمر عبد الرحمن، لأنه تصدى إلى الفساد، وكان يدافع عن قضايا الأمة، ودافعاً للمجاهدين ضد الاحتلال الإسرائيلى، مضيفاً: أننا نعمل بقوة لخلع نظام الفساد وإنجاح ثورة 25 يناير التى أثمرت إنجازات كبيرة، واليوم نطالب بالإفراج عن المعتقلين السياسيين وعلى رأسهم الدكتور عمر عبد الرحمن، مشيراً إلى أنه يجب على عقلاء السياسة الأمريكية الإفراج عن الدكتور عمر عبد الرحمن، وذلك لتحسين علاقة أمريكا بالجماعات الإسلامية وتوضيح صورتها.

في 2 مايو 2011 كان تعليقه على مقتل بن لادن أن مقتل أسامة بن لادن ليس انتصاراً لأمريكا، وأوضح الزمر أنه على قدر استنكاره لأعمال بن لادن التى استهدفت المدنيين فهو يستنكر أيضا العملية العسكرية الأمريكية التى استهدفت قتل أسامة بن لادن، مؤكدا أن تلك العملية خارج القانون. وأضاف الزمر أن أمريكا اخترقت سيادة دولة باكستان وقدمت مصلحتها الشخصية فوق مصلحة القانون الدولى واحترام سيادة الدول بما يتناقض مع مبادئها الأساسية، مشيرا إلى أن فرحة الأمريكان اليوم هى فرحة منقوصة بلا طعم، وتكشف فشل الاستخبارات الأمريكية التى لم تنجح فى القبض على بن لادن وتقديمه لمحاكمة عادلة خلال السنوات العشر الماضية، إلا عبر عملية عسكرية أنهت حياته.

وحول طاعة ولي الامر قال طارق الزمر خلال حواره ببرنامج "الأسئلة السبعة" الذى يقدمه الإعلامى خالد صلاح ويذاع على قناة "النهار" في أغسطس 2012، أن الرئيس محمد مرسى جاء إلى الحكم نتيجة لثمار ثورة 25 يناير، ومن ثم يجب على الجميع دعمه ومساندته، مؤكدا أن طاعة الحاكم فيما لا يخرج بمقتضى العقد الذى تم انتخابه به من طاعة الله، مشيرا إلى أن أى صورة يمكن بها تغيير الحاكم أو إصلاحه، تكون واجبة، إذا خالف العقد الذى تم انتخابه بموجبه.

وفي 2 ديسمبر 2012 قد ايد حصار المحكمة الدستورية العليا حيث قال أن التحرك الجماهيرى للاعتصام حول المحكمة الدستورية العليا أمر طبيعى وحق مشروع فى إطار ثورة 25 يناير، معللا ذلك بأن المحكمة الدستورية أحجمت ذاتها فى العمل السياسى وتهدم كل ما يبنيه الشعب، على حد وصفه. ودعا "الزمر" المحكمة الدستورية التحلى بالتقاليد القضائية وعدم الانخراط فى السياسية، مضيفا: "كل من يتدخل فى المجال السياسى من غير أهله فهو يتعرض لحرج بالغ فالحكمة الدستورية درها مثل رجال الدين وضباط القوات المسلحة بعيد كل البعد عن المجال السياسى". وأضاف المتحدث باسم الجماعة الإسلامية: "المحكمة الدستورية تدخلت فى المجال السياسى بشكل كبير، وهو الأمر الذى يتنافى ويتناقض مع التقاليد السياسية المستقرة وعلى هذا فهى قد وضعت ذاتها فى محل النزاع السياسى فلا تلوم إلا نفسها". وتابع قائلا: "كما أن الشعب الذى يرى المحكمة الدستورية وهى تحل بجرة قلم مجلس شعب منتخبا من 32 مليون ناخب وتسعى لحل مجلس الشورى المنتخب والجمعية التأسيسية كما أنها تهدد بعزل الرئيس المنتخب".

في مايو 2013 رفض فكرة التظاهر ضد المعزول محمد مرسي ووصفها بالجريمة حيث قال أن الجماعة الإسلامية لن تنظم أى فعاليات إزاء تنظيم عدد من القوى السياسية لمليونية ضد النظام، بميدان التحرير حتى لا تصبح البلاد فى فوضى. وقال "الزمر"، أحذر أن تأخذ المظاهرات منحنى يخرجها عن الإطار القانونى" مضيفاً: "المظاهرات التى تطالب بإسقاط الرئيس المنتخب وجاء بإرادة شعبية هى جريمة يعاقب عليها القانون.

فقد أعلن طارق الزمر، رئيس حزب البناء والتنمية، الجناح السياسى للجماعة الإسلامية، في 23 يوليو 2013 "أنه من الممكن أن يوافق التيار الإسلامى على الدخول فى مرحلة انتقالية جديدة، فى حال وجود ضمانات لعدم الإقصاء بعد ذلك. وفى سياق آخر أشار الزمر عبر تدوينة له بموقع "تويتر" بأنه من الضرورى أن يحتمل الشعب المصرى تبعة فشل النخبة السياسية فى التوافق.

في 31 يوليو 2013 انتهت نيابة قسم الجيزة برئاسة المستشار حاتم فضل رئيس النيابة من تفريغ وفحص تحريات الأمن الوطنى التى تسلمتها النيابة أمس حول أحداث النهضة الأولى وميدان بين السرايات التى راح ضحيتها 23 قتيلا وأصيب 267 آخرون. وأثبتت التحريات، أنه عندما ازدادت موجة الاحتجاجات ضد الرئيس السابق محمد مرسى ونظام الإخوان المسلمين وكثرت الدعوات لنزول أفراد الشعب الى الميادين للمطالبة بإسقاط حكم الإخوان المسلمين وضع مكتب الإرشاد خطة محكمة، حيث قام مكتب الإرشاد وقيادات حزب الحرية والعدالة بعمل اجتماعات مكثفة لبحث سبل التصدى لتلك الاحتجاجات والتظاهرات وإيجاد كافة الطرق لإفشالها لعدم تأثيرها على الرئيس وحكمه. وأكدت التحريات، أنه بعد خروج الشعب يوم 30 وانضمام الجيش للشرعية الشعبية والذى أمهل الرئيس السابق محمد مرسى وجماعته 48 ساعة للخروج من الأزمة اجتمعت الجماعة مرة أخرى للتصدى لدعوة الجيش. وأضافت التحريات، أنه من ضمن ما تم الاتفاق فى اجتماعات مكتب الإرشاد وحزب الحرية والعدالة هو خروج الرئيس السابق محمد مرسى بخطاب يتمسك فيه بالشرعية ويحض أنصاره على عدم التنازل عنها وهو الخطاب الذى سبق أحداث النهضة بحوالى ساعة واحدة فقط. كما تضمنت التحريات أن قيادات الإخوان المحبوس 6 منهم، وهم الشيخ حازم صلاح أبو إسماعيل رئيس حزب الراية تحت التأسيس وعبد المنعم عبد المقصود محامى جماعة الإخوان المسلمين وحلمى الجزار القيادى بالجماعة ومحمد العمدة البرلمانى السابق وأبو العلا ماضى رئيس حزب الوسط ونائبه عصام سلطان المحامى، بالإضافة إلى أسماء صدر قرار بضبطهم وإحضارهم، ومنهم صفوت حجازى وعصام العريان ومحمد البلتاجى ساهموا فى التحريض على الأحداث، خاصة طارق الزمر وعاصم عبد الماجد الذين اتفقوا مع قيادات مكتب الإرشاد على تمويل أنصارهم بالأموال والسلاح للاعتصام بأماكن مؤثرة تصيب البلاد بشلل تام فى خدماتها وحركة المرور، كما اتفقوا على التعدى على المواطنين وإثارة الفوضى والعنف كنوع من التهديد للرافضين لحكم الرئيس السابق وإفشال التظاهرات ضده. وأمرت النيابة العامة بإشراف المستشار أيمن البابلى المحامى العام الأول للنيابات جنوب الجيزة بسرعة ضبط وإحضار المتهمين الباقين والذى وردت أسماؤهما بالتحريات، كما أمرت بسرعة تحريات الأمن الوطنى التكميلية لمعرفة وجود متهمين جدد من عدمه.

في ديسمبر 2013 أكد محمد حسان حماد مدير المكتب الإعلامى للجماعة الإسلامية، أن طارق الزمر ما زال رئيسًا لحزب البناء والتنمية الذراع السياسى للجماعة الإسلامية، موضحاً أن الزمر فى مهمة رسمية خارج مصر تم تكليفه بها من الحزب. وقال "حسان" ، إن الجماعة الإسلامية وذراعها السياسى حزب البناء والتنمية سيعلنان قريباً عن مكان تواجد الدكتور طارق الزمر رئيس الحزب، مشيراً إلى أن الزمر لم يفوض صلاحياته لأى كيان داخل الحزب حتى اليوم.

وفي 22 ديسمبر 2013 ظهر طارق الزمر، لأول مرة منذ فض اعتصامى رابعة العدوية والنهضة، على شاشة قناة الجزيرة بعد سفره خارج مصر. وقال الزمر، إن ثورة 25 يناير تعرضت لمحنة بسبب أخطاء التيارين الإسلامى والليبرالى، مضيفاً: "مرسى أخطأ فى تخيل أن الثورة يمكن أن تحقق أهدافها فى ظل مؤسسات الدولة الملغومة بفلول نظام مبارك".

كما نفى طارق التهم الموجهة إليه، بالتحريض على العنف والقتل، مشيرًا إلى أنه لم يكن داخل البلاد وقت أحداث قسم كرداسة. وأضاف "الزمر" أن "الذين يتهموننا بالعنف هم الذين مارسوا العنف طيلة عام من حكم مرسى، فنحن مصممون على السلمية".

وفي ابريل 2014 أفادت مصادر قريبة من الجماعة الاسلامية في تصريحات صحفية بأن عاصم عبد الماجد وطارق الزمر، القياديين بالجماعة الإسلامية، قدما طلبا للجوء السياسى إلى لندن وينتظران الرد لمغادرة قطر التى يقيمان بها منذ اندلاع ثورة 30 يونيو، التى أطاحت بالرئيس السابق محمد مرسى وحكم جماعة الإخوان الإرهابية. وكانت قطر قد واجهت ضغوطا عربية وعالمية بسبب استضافتها للإرهاب على أرضها ودعمها للجماعة الإرهابية، وإقامة العديد من القيادات الإخوانية لديها، أبرزهم يوسف القرضاوى، بالإضافة إلى عاصم عبد الماجد وطارق الزمر القياديين بالجماعة الإسلامية، ووفقا للمصادر الأمنية فإن قطر لوحت إلى العناصر الإرهابية المقيمة على أرضها بطردها فى القريب العاجل، بسبب الضغوط التى تتعرض لها، وهو الأمر الذى جعل عبد الماجد والزمر يقدما طلبا للجوء السياسى للندن.

وفي 27 أغسطس 2014  ظهر طارق الزمر، على فضائية "ليبيا" التابعة للمليشيات الإسلامية، وحرض على استهداف القوات المسلحة المصرية. وتطاول الزمر، خلال ظهوره على الفضائية الليبية على الشعب المصرى، وثورة 30 يونيو، كما حرض العناصر الإرهابية على استهداف عناصر الأمن فى مصر بما فيها القوات المسلحة.

في مايو 2015  دعا طارق الزمر، رئيس حزب البناء والتنمية القيادى بالجماعة الإسلامية والهارب إلى قطر، جموع التيار الإسلامى بعمل ما أسماه إعادة بناء مظلة 25 يناير وفق مشروع وطنى جامع، بمشاركة كل رموزها وكياناتها دون استبعاد أحد، فيما أكدت قيادات بالتيار الإسلامى أن الدعوة للمصالحة هو طلب الإخوان. وطالب "الزمر"، خلال كلمة ألقاها بمنتدى الجزيرة، بإجراء مصالحة اجتماعية، قائلا: "على التيار الإسلامى عامة وجماعة الإخوان خاصة توسيع نطاقهم والقبول بكل المعارضين"، مضيفاً: "لابد من تأسيس البديل الوطنى الجاهز لبناء الدولة والقادر على التعامل مع العالم وفق ظرفه ومعطياته بالغة التعقيد". وأوضح "الزمر"، أنه لابد من التعامل الذكى والمتطور مع التغيرات الإقليمية والدولية الأخيرة التى تهيئ المنطقة لتضع البلاد فى ظروف جديدة تؤهلها لاستكمال ثورتها.

وقد تم في مايو 2017 انتخاب طارق الزمر رئيساً لحزب التنمية (الجناح السياسي للجماعة الإسلامية المصرية) وبعد إدراجه على قوائم الإرهاب، استقال من رئاسة الحزب. أعلن حزب البناء والتنمية الذراع السياسي للجماعة الإسلامية  بشكل رسمي في أغسطس 2017، عن اختيار الدكتور محمد تيسير رئيسًا للحزب خلفًا للدكتور طارق الزمر رئيس للحزب

وسبق قرار المحكمة المصرية الأخير في 10/1/2019 بإدراج 318 من قيادات البناء والتنمية على قوائم الإرهاب، قرار في أكتوبر 2018 بإدراج طارق الزمر و164 قيادي ينتمون جميعًا لحزب البناء والجماعة الإسلامية، أبرزهم "طارق الزمر وعاصم عبدالماجد، ومحمد شوقي الإسلامبولي، وصفوت عبدالغني) بتهمة دعم وتمويل انشطة إرهابية في مصر.

 ثم أعلنت الجريدة الرسمية إدراج قيادات الجماعة الإسلامية فى قوائم الإرهاب شهر أكتوبر الماضى، ومنذ هذا الوقت الارتباك يسيطر على الجماعة الإسلامية، فتارة أعلنت تبرؤها من الجماعة الإسلامية، وتارة أخرى جمدت نشاط القيادات المدرجين على قوائم الإرهاب، وأخيرا أعلن مجموعة من قيادات الحزب استقالتهم زاعمين تأسيس حزب جديد.

وقال المستقيلون فى بيان لهم، وأبرزهم  محمد الصغير رئيس الهيئة البرلمانية السابق لحزب البناء والتنمية، وعامر عبد الرحيم  وإسلام الغمرى عضو الهيئة العليا لحزب البناء والتنمية السابق وممدوح على يوسف عضو الهيئة العليا للحزب وأسامة رشدى المستشار السياسى للحزب سابقا: "نعلن الاستقالة من عضوية حزب البناء والتنمية وقطع الصلة به".