وعلى الرغم من انها تختلف عن  جماعات الجهاد من حيث الهيكل التنظيمي وأسلوب الدعوة والعمل بل وحتى الانتشار حيث تتركز الجماعات الجهادية فى الدلتا والقاهرة والجماعة الاسلامية 

تنتشر  بشكل خاص في محافظات الصعيد وبالتحديد أسيوط والمنيا (الصعيد ) 

الجماعة الاسلامية استخدمت  اسلوب المواجهة الارهابية المسلحة ضد رموز السلطة وقوات الأمن المصري والاقباط واستهداف السياحة  طوال فترة الثمانينيات وفترات متقطعة من التسعينيات ،وتلقت ضربات أمنية متلاحقة من قبل الأمن المصري والذي شمل اعتقال معظم أعضائها وضرب قواعدها.

وقد نشأت الجماعة الإسلامية في الجامعات المصرية في أوائل السبعينات من القرن الماضي على شكل جمعيات دينية، لتقوم ببعض الأنشطة الثقافية والاجتماعية البسيطة في محيط الطلاب ونمت هذه الجماعة الدينية داخل الكليات الجامعية، واتسعت قاعدتها، فاجتمع بعض من القائمين على هذا النشاط واتخذوا اسم: "الجماعة الإسلامية" ووضعوا لها بناءً تنظيميًّا يبدأ من داخل كل كلية مجلس للشورى على رأسه "أمير" وينتهي ب"مجلس شورى الجامعات" وعلى رأسه "الأمير العام" الجماعة الإسلامية"

وكان للجماعة العديد من المواقف السياسية برزت في موقفها من معاهدة كامب ديفيد وزيارة الشاه وبعض وزراء إسرائيل لمصر فأقامت المؤتمرات والمسيرات ووزعت المنشورات خارج أسوار الجامعة للتنديد بذلك والمطالبة بتطبيق الشريعة الإسلامية مما أدى إلى تدخل الحكومة في سياسات الاتحادات الطلابية، فأصدرت لائحة جديدة لاتحادات الطلاب تعرف بلائحة 1979 م التي قيدت الحركة الطلابية. وازداد الضغط الإعلامي والأمني على قيادات الجماعة واشتدت مطاردتهم في جامعات الصعيد بوجه خاص، حيث تم اعتقال بعض قيادتهم وفصلهم من الجامعة كما تم اغتيال البعض على أيد الشرطه.

ففي الثاني عشر من أكتوبر 1990،  نفذ مسلحون ينتمون للجناح العسكري للجماعة الإسلامية في مصر بقيادة صفوت عبد الغني عملية اغتيال رفعت المحجوب رئيس مجلس الشعب المصري وقتها، بدأ تنفيذ العملية من أعلى كوبري قصر النيل أثناء مرور موكبه أمام فندق سميراميس في القاهرة، عندما أطلق على الموكب وابل من الرصاص نتج عنه مصرع المحجوب فورًا، ثم هرب الجناة على دراجات بخارية في الاتجاه المعاكس، وتكشف فيما بعد أن العملية كانت تستهدف في الأساس وزير الداخلية في ذلك الوقت، (عبد الحليم موسى) ولكن تصادف مرور موكب المحجوب فاعتقد الكمين الإرهابي أنه الهدف المقصود فبادروا بإطلاق النار عليه.

ولد د. رفعت المحجوب في مدينة الزرقا في محافظة دمياط الساحلية شمال مصر، في عام 1972 اختير من قبل الرئيس الأسبق محمد أنور السادات في منصب وزير برئاسة الجمهورية، وتلك كانت بداية عدة مناصب سياسية تقلدها. عين في عام 1975 في نائبًا لرئيس الوزراء برئاسة الجمهورية، كما أنتخب أمينا للاتحاد الاشتراكي العربي بعام 1975.

في 21 أكتوبر 1992 فقد قتل سائح بريطاني قرب ديروط الجنوبية. وأعلنت الجماعة الإسلامية مسؤوليتها

    وفي 26 فبراير 1993 قتل سائح تركي وآخر سويدي، وشخص ثالث مصري في انفجار قنبلة بمقهى في قلب القاهرة. وقد جرح 19 شخصا آخرين بما في ذلك 6 سياح.

    و    في 8 يونيو 1993 تم إلقاء قنبلة على حافلة سياحية قرب الأهرام ما أسفر عن مقتل مصريين وجرح 15 سائحا، من بينهم سائحان بريطانيان

وفي 26 أكتوبر 1993 قتل أمريكيان وفرنسي وإيطالي، وجرح سائحان آخران في هجوم شنه رجل على فندق سميراميس بالقاهرة. وقالت الشرطة إن المنفذ مختل عقليا. وقد تم اعتقال المهاجم وإيداعه مستشفى للأمراض العقلية، لكنه هرب لاحقا وفجر حافلة قرب المتحف المصري بالقاهرة

    وفي 4 مارس 1994 تبنت الجماعة الإسلامية هجوما على عبارة سياحية على النيل في جنوب مصر. وقد أسفر الهجوم عن جرح سائح ألماني لفظ أنفاسه الأخيرة فيما بعد

    أما في 26 أغسطس 1994  تم إطلاق النار على حافلة سياحية في بين الأقصر وسوهاج ما أسفر عن مقتل شاب أسباني

     في 27 سبتمبر 1994 قتل ألمانيان ومصريان في منتجع بالبحر الأحمر. وقد اعدم عضوان من الجماعة الإسلامية بتهمة تنفيذ الجريمة في 1995

 وفي 23 أكتوبر 1994 تبنت الجماعة الإسلامية هجومين في جنوب مصرما أسفر عن مقتل بريطاني وجرح خمسة أشخاص آخرين.

    الرئيس المصري السابق حسني مبارك أستهدف من عناصر متبنية  في أديس أبابا عام 1995 وقتل جميع أفرادها آنذاك من قبل الحرس الرئاسي المرافق 

        وفي 18 أبريل 1996 فقد قتل 18 سائحا يونانيا وأصيب 14 بجروح في هجوم على واجهة فندق أوروبا قرب أهرام الجيزة. وتبنت الهجوم "الجماعة الإسلامية" قائلة إنها استهدفت سياحا إسرائيليين

        وفي 18 سبتمبر 1997، قتل تسعة مصطافين ألمان وسائقهم المصري بعد أن تم تفجير حافلتهم خارج المتحف المصري وسط القاهرة.[بحاجة لمصدر]وفي 17 نوفمبر عام  1997 قتلت الجماعة  58 في خلال 45 دقيقة شخصا معظمهم سياح سويسريون بالدير البحري بالأقصر  فيما عرفت بمذبحة الأقصر أو مذبحة الدير البحري. وفيها هاجم ستة رجال مسلحين بأسلحة نارية وسكاكين حيث كانو متنكرين في زي رجال أمن مجموعة من السياح كانوا في معبد حتشبسوت بالدير البحري

تعد الجماعة الاسلامية من أكثر الحركات الاسلامية التى جمعت أكبر عدد من الارهابين الذين قاموا بعمليات ارهابية وعلى رأسهم احمد عبد الرشيد عباس وكان  أمير الجماعة وعمر عبد الرحمن أمير عام الجماعة والذي يقضي عقوبة السجن المؤبد في الولايات المتحدة الأمريكية وكرم زهدي الأمير السابق للجماعة وأسامة حافظ عضو مجلس شورى وعضو مؤسس لها وصلاح هاشم عضو مجلس شورى وعضو مؤسس لهاحمدى عبد الرحمن عضو مجلس شورى سابق وعضو مؤسس لهاو    ناجح إبراهيم عضو مجلس شورى وعضو مؤسس لها وعلاء عبدالكريم امير الجماعة السابق بأسيوط و عضو مؤسس لهاو    فؤاد الدواليبى عضو مجلس شورى سابق عصام دربالة  أمير الجماعـة حاليا ،عاصم عبد الماجد عضو مجلس شورى واحد المؤسسين على الشريف عضو مجلس شورى سابق     وصفوت عبد الغنى عضو مجلس شورى ورئيس  المكتب السياسى لحزب  البناء والتنمية الذراع السياسي للجماعة وعلى الديناري عضو مجلس شورى ،    طارق الزمر عضو مجلس شورى والمتحدث الرسمى لها وعبد الاخر حماد مفتى الجماعة وطلعت فؤاد قاسم  عضو مجلس شورى سابق وتم تسليمه لمصر من كرواتيا واعدم في مصر بشكل سرى وخالد الإسلامبولي قاتل الرئيس السادات

المراجعات الفكرية التي قام بها القادة التاريخيون للجماعة سرعان ما أيدها كل أفراد الجماعة الإسلامية بلا استثناء بعد فترة طويلة من الحوارات والنقاشات التي دارات داخل السجون المصرية منذ عام 2002 وحتى عام 2005.

 و أصدرت الجماعة أربعة كتب رئيسية تؤسس لفكرة المراجعات، أشرف على صياغتها كبار قادة الجماعة من سجونهم، هي: (مبادرة وقف العنف)، و(تسليط الأضواء على ما وقع في الجهاد من أخطاء)، و(النصح والتبيين في تصحيح مفاهيم المحتسبين)، و(حرمة الغلو في الدين وتكفير المسلمين)، ثم توالت الإصدرات لتصل إلى 25 كتابًا، وبعدها بدأت السلطات في الإفراج عن أعضاء الجماعة الإسلامية الذين بلغ عددهم داخل السجون ما يزيد عن 12000 معتقل تم الإفراج عنهم جميعًا، إضافة إلى كل القيادات التاريخية للجماعة الإسلامية.

بعد أن قامت الجماعة بمراجعاتها الفكرية، وخرج أفرادها وقادتها من السجون؛ حرصت الجماعة منذ ذلك الوقت على التأكيد على العمل السلمي، وأنه لا عودة للعنف تحت أي ظرف من الظروف، وصبت معظم بيانات الجماعة في تلك الفترة في اتجاه تأييد الحكومة المصرية، ومهاجمة مخالفيها، وخاصة جماعة الإخوان المسلمين التي كانت الجماعة الإسلامية تطالبها بعمل مراجعات فكرية مثلها، حتى إن الكثيرين في ذلك الوقت كانوا يرون أن الجماعة الإسلامية أصبحت مخلب قط للحكومة المصرية في مواجهة التيارات الإسلامية بصفة عامة، والإخوان المسلمين بصفة خاصة.

ومنذ تصدر الإسلاميون المشهد السياسي في مصر بعد نجاح ثورة 25 يناير، ووصول الإخوان المسلمين إلى سدة الحكم، تمكنت جماعة الإخوان من إقامة شبكة من التحالفات  التي لم تشهدها الحركة الإسلامية من قبل طوال تاريخها، وهو التحالف مع الجماعة الإسلامية وبقايا تنظيم الجهاد والجبهة الشرعية للحقوق والإصلاح والجبهة السلفية، وهو التحالف الذي أطلق عليه لاحقًا بعد عزل الرئيس محمد مرسي في 3 يوليو الماضي "التحالف الوطني لدعم الشرعية"، والذي يمكن اعتباره نوعًا مما يمكن أن يطلق عليه "التحالفات فوق الأيديولوجية"، فهذه التيارات السابقة -وعلى رأسها الجماعة الإسلامية التي تحالفت مع جماعة الإخوان المسلمين- بينها وبين الأخيرة عداء فكري شديد كان يمنعها قبل ثورة يناير حتى من الصلاة خلف أئمة الإخوان المسلمين في الأعياد، أو حتى الاجتماع معًا في المناسبات، أو التعاون معها في مجالي الدعوة والعمل الخدمي.

 تَوَثَّق تحالف الجماعة الإسلامية مع الإخوان المسلمين بشكل أكبر مع وصول الدكتور محمد مرسي إلى رئاسة مصر؛ إذ أضحت الجماعة أكبر داعم ومساند للإخوان

وعقب فض اعتصامي رابعة العدوية وميدان النهضة، وفشل تظاهرات الإخوان وحلفائهم التي أصبح عدد المشاركين فيها يتناقص يومًا بعد يوم إثر الضربات الأمنية المؤلمة التي وجهها الأمن لجماعة الإخوان المسلمين، والتي أصابت التنظيم بما يشبه الشلل؛ أضحت الجماعة الإسلامية تعيش حالة من القلق بعد أن أدركت أنها أمام مأزق حقيقي، حيث إن تحالفها مع جماعة الإخوان، الذي ظنت أنه سيكون سلم الصعود للحصول على مكاسب سياسية ومالية ضخمة؛ تحول بعد ثورة 30 يونيو 2013 إلى طوق ثقيل معلق في رقبتها لا تعرف كيف تتخلص منه، خاصة أن قادة الجماعة الذين ارتدوا عن المراجعات الفكرية ينتظرون بين الحين والآخر أن يلقوا نفس مصير قادة الإخوان الموجودين في السجون حاليًّا

الجماعة الإسلامية تواجه مصير مجهول بعد أن ارتدت  مرة اخرى الى العنف  بعد التحالف مع الاخوان  وهذا ما يؤكد على أن هناك حالة من المراجعة الداخلية التى ستؤدى بدون شك الى 

 الاطاحة بقيادات الجماعة الحالية لصالح  قيادات الصف الثاني والثالث والذى سيؤدى الى حدوث صراعات بين قيادات الصف الثاني والثالث لتولي قيادة الجماعة،  التى ستعانى من مشكلة عدم وجود كفاءة فكرية أو تنظيمية متميزة تتمكن من حسم الصراع على القيادة.