شارك في مكافحة الشاه في الحركات الطلابية في أوائل سنة 1960، وسجن مرتين، وأصيب خلال انتفاضة عام 1963، ثم فر إلى فرنسا وانضم إلى مجموعة المقاومة الإيرانية بقيادة الخميني. وعاد إلى إيران مع الخميني في أيام الثورة التي بدأت في فبراير 1979، وكان نائب وزير الاقتصاد والمالية والقائم بأعمال وزير الخارجية لفترة قصيرة خلال عام 1979، ووزيراً للمالية من 1979 إلى 1980، درس المالية والاقتصاد في فرنسا (بكالوريوس وماجستير في إدارة الأعمال).

انتخب رئيساً لأربع سنوات في 25 يناير 1980، بنسبة 78.9 بالمائة من الأصوات وذلك في انتخابات تنافسية ضد: أحمد مدني، حسن حبيبي، صادق الطباطبائي،  داريوش فرهود، صادق قطب زاده، سامي كاظم، ومحمد ماكري، وحسن غفور يفرد، وآية حسن. وبدأ تولي الرئاسة فعلياً في 4 فبراير 1980، ولكن بقى الخميني هو القائد الأعلى لإيران، مع السلطة الدستورية لإقالة الرئيس. استمرت الخطابات من المستشفى حيث كان الخميني يتماثل للشفاء من أمراض قلبية.

لم يكن أبو الحسن بني صدر رجل دين، ولهذا حاز على هذا المنصب وذلك لإصرار الخميني في بداية حكمه على أن رجال الدين لا ينبغي لهم الترشح للمناصب في الحكومة.

في أغسطس وسبتمبر 1980 نجا من حادث تصادم بين مروحيتين بالقرب من الحدود الإيرانية العراقية.

اختلف أبو الحسن بني الصدر مع الخميني بعد أن اتهمه الأخير بضعف الأداء في قيادة القوات الإيرانية في الحرب العراقية الإيرانية، تمت تنحيته في ١٠ يونيو ١٩٨١ من موقع مسؤوليته بسبب معارضته لاستمرار الحرب بين إيران و العراق

أُتهم أبو الحسن بني الصدر بالتقصير في 21 يونيو 1981 من قبل رئيس المجلس (البرلمان الإيراني) بدعوى أنه يتحرك ضد رجال الدين في السلطة، وعلى وجه التحديد ضد محمد بهشتي رئيس السلطة القضائية في ذلك الوقت. ويبدو أن الخميني هو الذي حرّض على إقالته التي وقعها في اليوم التالي 22 يونيو 1981. وحتى قبل أن يوقّع الخميني على وثائق اتهامه، استولت الباسدران على المباني السياسية والحدائق وسجنت الكتـّاب الذين يعملون لحساب صحيفة ترتبط ارتباطاً وثيقاً بأبو الحسن بني صدر.

وفي الأيام التي تلت ذلك أُعـدِم عدد من أصحابه المقرّبين، ومنهم حسين نواب، رشيد صدر الحفاظي، ومنوشهر مسعودي.

وكان آية الله العظمى حسين علي المنتظري هو واحد من القلائل في الحكومة الذين دعموا أبو الحسن بني صدر، وكيفما كان فإن حسين علي المنتظري كان قد جُـرّد من سلطته في وقت لاحق وسُـجِن لسنوات.

وأفشى في وقت لاحق أن مجموعة من الحرّاس الذين عُـيـّــنوا في مهمة القبض على أبو الحسن بني صدر قيل لهم بأن القضاء عليه مفضّل على الحصول عليه لإلقائه في السجن.

بقي أبو الحسن بني صدر مختبئاً لمدة ستة أسابيع. وفي 10 يوليو 1981 قام بحلق شاربه وارتدى الزي الرسمي للقوات الجوية الإيرانية وركب على متن طائرة بوينج 707 يقودها الطيـّار العقيد بهزاد موعضي، وسلكت الطائرة طريق قريب للحدود التركية قبل أن تنحرف في المجال الجوي التركي حيث أن الطائرات الإيرانية لا يمكن أن تطارد، ثم طار أبو الحسن بني الصدر من تركيا إلى كاتشان في فرنسا برفقة مسعود رجوي، زعيم منظمة "مجاهدي خلق" المعارضة لنظام لنظام الملالي.