التقى السيد عبد المجيد الخوئي الأمين العام لمؤسسة الإمام الخوئي الخيرية في لندن في 10 يوليو 2001 الدكتور محمد سيد طنطاوي، شيخ الأزهر.

وسعى الخوئي إلى تأسيس كلية الاجتهاد ضمن كليات جامعة الأزهر في القاهرة، والتي تمت مناقشتها مع الشيخ طنطاوي على هامش مشاركته في المؤتمر العام الثالث عشر للمجلس الأعلى للشئون الإسلامية.

وكان الخوئي يهدف من وراء تأسيس كلية الاجتهاد إلى تأهيل رجل الدين الذي من الضروري أن يستعرض ويدرس آراء جميع علماء المسلمين، ومن مختلف المذاهب؛ مما يعطي الطالب أفقا أوسع للمعلومات، ويسمح له بمقارنة أدلة كل منهم.

وقال إنه عندما تكون هناك كلية للاجتهاد تحت قبة الأزهر تتعرض إلى آراء الجميع عن واقع معرفة صحيحة تتصدى لمعظم التصورات التي كانت مأخوذة خطأ ومستقرة في الأذهان، من جهة أخرى تكون هذه الكلية مركزا للقاء وتبادل المعلومات والتعايش المباشر بين مختلف علماء المذاهب الإسلامية؛ مما يوطد علاقات الأخوة الإيمانية فيما بينهم.

وكشف عبد المجيد الخوئي الأمين العام لمؤسسة الإمام الخوئي الخيرية في لندن عن أن الدكتور محمد سيد طنطاوي، شيخ الأزهر كان يتلقى دروسا ومحاضرات على يد والده الإمام أبي القاسم الخوئي في الحوزة العلمية في مدينة النجف، وذلك خلال الأعوام من 1966 وحتى 1969، وعندما كان الشيخ طنطاوي طالبا في جامعة البصرة.

من أقواله: إن واحدة من المسائل المختلف عليها قديما بين المذاهب الإسلامية هو موضوع جواز الاجتهاد من عدمه في الأحكام الشرعية، الاجتهاد يكون في الفروع واستنباط الأحكام من الأصول والقواعد الأساسية الثابتة في الدين الإسلامي من خلال المصدرين الأساسيين الكتاب والسنة.

وأكد الخوئي الذي كان قد ولد وترعرع ودرس في الحوزة العلمية في النجف وحصل على أعلى الدرجات في العلوم الفقهية على أهمية فتح باب الاجتهاد، وقال إنه بتجدد الأحكام واستحداث الوقائع التي ينبغي على المسلمين معرفة حلالها من حرامها فإن هناك واقعا فرض نفسه بقوة بضرورة فتح باب الاجتهاد للعلماء، مشيرا إلى أن الشيخ طنطاوي نفسه ألف كتابا أسماه الاجتهاد، والشيخ يوسف القرضاوي يطل على المسلمين أسبوعيا ويفتي والناس تتبع آراءه.

وأضاف الخوئي أن ما يفعله بعض العلماء أو رجال الدين الإسلامي في مناطق مختلفة من البلاد الإسلامية خلط المسائل الدينية بالسياسية، وما يفعله مثلا العلماء القائمون على حكومة طالبان في أفغانستان وما يطبقونه من ضرورة عدم ترك الأمور كما هي مَكَّن من حصول خلط +وشرح كبيرين بين آراء العلماء، وبالتالي توليد شك أكبر لدى عموم المسلمين بموضوع الحكم الديني؛ حيث تتضارب الآراء إلى حد التناقض، وكل يدعي أنه مجتهد يحق له الإدلاء برأيه، حتى من غير المتخصصين والمؤهلين.

كان الخوئي يسعى دائما إلى التقريب بين المذاهب، ويشدد على أن عملية التقريب بين المذاهب تأتي في مقدمة أولويات وضرورات المسلمين في العالم؛ حيث إن معظم الخلافات المرسومة والمصورة في أذهان البعض هي ناتجة إما عن تعصب وتطرف وتشدد، أو ناتجة عن الجهل بالطرف الآخر.

وأكد الخوئي أن موضوع التقريب بين المذاهب هو ضرورة دينية، بالإضافة إلى كونها حقيقة ملحة تفرض نفسها على واقع المسلمين المعاش.

وشاركت مؤسسة الخوئي الخيرية في إعداد البحوث والدراسات، والحضور في الندوات والمؤتمرات الإسلامية العامة، وبالخصوص تعاونها الوثيق مع مؤسسة "آل البيت" المجمع الملكي لبحوث الحضارة الإسلامية في الأردن، في إقامة عدد من الندوات المهمة للحوار بين المسلمين، والعمل المشترك البناء في مجال التقريب بين وجهات النظر لعلماء المسلمين من المذاهب السبعة (الشيعة الامامية، والزيدية، والحنفية، والشافعية، والمالكية، والحنبلية، والإباضية) والتي عقدت الندوات الثلاث الأولى منها في عمّان، والندوة الرابعة في لندن باستضافة المؤسسة، والخامسة في ضيافة "المنظمة الإسلامية للتربية والعلوم والثقافة- إيسيسكو" في الرباط، والسادسة في ضيافة وزارة الأوقاف والشئون الدينية في مسقط بسلطنة عمان، وكذلك الحضور والمشاركة في مؤتمرات الحوار الإسلامي- المسيحي، ومؤتمرات حوار الأديان السماوية الثلاثة.

تأسيس مؤسسة الخوئي كمؤسسة ثقافية خيرية تغطي أكبر مساحة ممكنة لتقديم الخدمات الاجتماعية والدينية للمسلمين عموما ولا سيما أبناء الطائفة الشيعية، وتم تسجيلها القانوني في بريطانيا "عام 1989م". وتأسست الفروع، وفتحت المراكز، وباشرت المؤسسة بتقديم خدماتها، بفضل الرعاية الإلهية والعمل الدءوب للإخوة القائمين عليها. 

تولى عبد المجيد الخوئي منصب الأمين العام للمؤسسة عقب مقتل الأمين العام الأول السيد محمد تقي الخوئي "عام 1994م" حتى مقتله في 2003.

وتقدم المؤسسة واحدة من أهم مجالات خدمة أبناء الجالية الإسلامية في ديار الغرب، من خلال المدارس الإسلامية "الإمام الصادق، والزهراء" للبنبن والبنات في لندن، ومدرسة "الإيمان" في نيويورك؛ للحفاظ على اللغة والخلق والتربية والثقافة الإسلامية للأجيال الناشئة، وتطويرها بما يليق من الناحية الإدارية والأكاديمية والمالية؛ لضمان استمراريتها.

وكذلك فإن للمؤسسة دوراً بارزاً بحضورها الفعال في المجالات المختلفة، للتعريف بالتشيع والتبليغ الديني، والعمل على زيادة الوعي الثقافي لأبناء الطائفة، والتعاون والتنسيق مع المراكز والمؤسسات الإسلامية، ومراكز ومؤسسات أتباع أهل البيت بالخصوص، وكذلك بمشاركتها في الندوات الخاصة بالتعريفات الدينية والمذهبية في الجامعات الغربية؛ مما أعطاها قوة في إثبات دورها وفعاليتها ومصداقيتها واعتدالها.

وسجلت المؤسسة كواحدة من المنظمات الدولية غير الحكومية بصفة "مستشار عام" في هيئة الأمم المتحدة في يونيو عام 1998م.

اغتيل في 10 أبريل 2003 في مقام علي بن أبي طالب، ليكون ثاني نجل من أنجال المراجع الذين يُقتلون في النجف، حيث يعتقد أن أتباع رجل الدين السياسي مقتدى الصدر قاموا باغتياله، وذلك بعد يوم واحد من سقوط بغداد. 

وأصدر قاضي التحقيق العراقي (ر. ج) المكلف التحقيق في قضية مقتل رجل الدين الشيعي المعتدل واثنين آخرين في النجف قبل عام على موقفه بإلقاء القبض على زعيم ميليشيا «جيش المهدي» مقتدى الصدر؛ باعتباره الطرف الرئيس المتهم بإصدار الأوامر والتحريض على قتل الثلاثة، والمتسبب بجروح وأضرار لأشخاص آخرين، كما أعربت المستشارة القانونية الأمريكية (ر.و) عن جدية سلطة التحالف في السعي لإلقاء القبض على الصدر؛ «من أجل تحقيق العدالة وحتى يعرف الناس أهمية احترام القانون».