نشأ موسوى في  أسرة عربية  من أصول مغربية هاجرت  الى فرنسا في حقبة   الستينات  من القرن الماضي، وفى سن مبكرة من عمره حدث طلاق بين أمه عائشة الوافي وأبيه موسوي،  وكان عمره وقتها 14 عام وأضطر للعمل معها في حرف بسيطة مثل أعمال النظافة ولم يتلقى خلال تلك الفترة أي تعليم ديني وانما تلقى بعض الدراسات الفنية البسيطة وعاش منذ عام  1982 م مع أسرته المكونة من شقيقه عبد الصمد وشقيقاته، في بيت من طابق على حافة بلدة ناربون الفرنسية، ثم انتقل  مع عائلته إلى جنوب فرنسا  وبالتحديد في منطقة (نوربو)  وخلال فترة أقامته في فرنسا كان لديه صديقة فرنسية  عاش معها 10سنوات قبل سفره الى لندن  في بريطانيا ليدرس في  قسم التجارة  بجامعة ساوث بارك يونيفرستي عام 1993  وفى عام  1995م حصل على درجة الماجستير في إدارة الأعمال الدولية

عاش موسوى في لندن حياة بائسة ولم يحصل على عمل بسبب عدم معرفته اللغة الإنجليزية، فأقام في مأوى للمشردين  وهو ما دفعه الى  الانضمام  إلى الجماعات الإسلامية الموجودة هناك، وفى لندن التقى ريتشارد ريد،  أحد الجهاديين  في  جماعة المهاجرين "المغتربين"   والتحق بمسجد بريكستون  وتعرف على أحد الجهاديين الذى كان هو طريقه للانضمام الى القاعدة  وكان لديه اتصالات مع  الجهاديين الموجودين في مسجد فينسبري بارك،  الذى كان يخطب فيه أبو حمزة المصري، وتأثر خلال تلك الفترة بكتابات وخطب يوسف القرضاوي وعمر عبد الرحمن، وابن تيمية وسيد قطب،  وكان عمره وقتها 25 عامًا،  وكان يعود إلى عائلته في فرنسا  كل 6 أشهر، ومن هنا بدأت تظهر عليه التصرفات المتشددة،  حيث كان يحاول أن يتفادى أن يلتقي بأمه، وعندما  كان يلتقي بشقيقه عبد الصمد وأخواته البنات كان يتحدث معهم في أمور دينية عن الاحتشام والعفة، حيث روت  شقيقته "أنه عندما  كانا جالسيْن مرة في المنزل، بدأت أخته ترتدي ثيابها وتحاول أن تخرج من المنزل للتبضع نظر إليها فوجدها تلبس ثياباً غير محتشمة جداً في نظره صرخ فيها واتهمها بأنها تخرج كأنها عاهرة من المنزل"  وبدأ في الحديث عن أن المرأة مكانها هو المنزل، ووصل الأمر الى أنه حاول في إحدى المرات  أن يعطى لأهالى منطقة" نوربو"  درسا في الدين  قائلا "أنني أريد أن أعطيكم درساً وتجادل مع الامام مما جعله يتعرض للطرد من المسجد،  ووصل الأمر إلى انه قطع علاقته مع  شقيقه عبد الصمد وزوجته معتبرا  أن ما يقومون  به بدع. 

وخلال عامي 1995،2001م  انضم الى تنظيم القاعدة ومع بداية عام 1996م بدأت السلطات الفرنسية تراقب موسوي  بسبب علاقته مع الجهاديين في لندن،  وفي عام 1998  سافر إلى أفغانستان،  وانضم إلى معسكر لتدريب الجهاديين، وفي سبتمبر 2000م  زار ماليزيا  للتخطيط  لأحداث سبتمبر مع  يزيد صوفات وفي أكتوبر 2000م، وقعت مراسلات مع زعيم الجماعة الاسلامية رضوان فوج  ووفر له مبلغ  35 الف دولار  ووثاثق سفر من ماليزيا  الى الولايات المتحدة

بدأت علاقته بهذه التفجيرات منذ انضمامه الى تنظيم القاعدة وخلال الفترة من 26 فبراير إلى 29 مايو 2001م، كلف من تنظيم القاعدة  بحضور  دورات التدريب على الطيران في مدرسة الطيران في مدينة  نورمان بولاية أوكلاهوما   ودرس 57 ساعة من دروس الطيران،  وهى نفس المدرسة التي تلقى فيها محمد عطا ومروان الشحي، اللذان  قادا  طائرات الشمال والجنوب وفجرا  برجي مركز التجارة العالمي.

وفى ولاية مينيسوتا  أقام مع جهادى آخر هو حسين العطاس وتلقى منه مبلغ     14 الف دولار، جاءت اليه عبر تحويلات بنكية من جهاديين في مدينة  دوسلدورف  التابعة لمدينة هامبورغ، في  ألمانيا، في أوائل أغسطس وهو ما ساعده  على سداد ثمن التدريب على الطيران بعد حوالي أسبوعين  من التدريب في  الأكاديمية الدولية للطيران في إيجان، بولاية مينيسوتا.

و في 13 أغسطس سدد مبلغ  6800  دولار كفواتير للمؤسسة العامة للتدريب (NATCO) وهي منشأة تدريب تابعة لخطوط نورث ويست، لتلقيه  تدريبًا على  جهاز محاكاة  على طائرات 747-400  وكلفته القاعدة بذلك باعتباره بديلا عن زياد الجراح، الذي هدد في  وقت ما بالانسحاب من مخطط تفجيرات 11 سبتمبر  ولكن لسوء حظ موسوى شك فيه كلارنس بريفوست، مدرب الطيران المخصص له  بسبب سلوكه فهو ليس من الاثرياء لكى يتلقى تدريبًا على طائرة جامبو بالإضافة الى قيامه بتوجيه العديد من الأسئلة التى ليس لها علاقة بشخص يتدرب على قيادة طائرة  وطلبه قراءة كتيبات التدريب على طائرات جامبو  747،  مع انه لم يفهم أصلا مبادى الطيران، ومما زاد من شكوكه هو طلبه تطبيق برنامج المحاكاة  مع أنه كان يفتقر إلى المعرفة الأساسية  بالطيران  فقام بالاتصال بمكتب التحقيقات الفيدرالي.

في 16 أغسطس عام 2001م، ألقي القبض عليه في  ولاية مينيسوتا  من قبل مكتب التحقيقات الفيدرالي ووجهت إليه  تهمة انتهاك قوانين الهجرة وعندما اعتقل  كان معه جهاز كمبيوتر محمول، و سكينان، وجميع كتيبات التدريب على الطيران  بطائرة  بوينغ 747، وبرنامج كمبيوتر لمحاكاة الطيران، وقفازات وقرص كمبيوتر به معلومات حول رش المحاصيل وهو ما دفع مكتب التحقيقات الفيدرالي الى التأكد من أن هذه العوامل قد تكون دليلًا على ان هذا الشخص لديه نوايا عنيفة، لذلك حاول مكتب  ولاية مينيسوتا  الحصول على إذن  للكشف على 70 رسالة تلقاها  بريده  البريد الإلكتروني في غضون أسبوع على  الكمبيوتر المحمول الخاص به،  وقدم وكيل مكتب التحقيقات الفيدرالي كولين رولي طلبًا صريحًا للحصول على إذن للبحث  في غرفة  موسوي الشخصية ولكن  تم رفض هذا الطلب لأول مرة من قبل  نائب المستشار العام  الأمريكي ماريون "سبايك" بومان،  لأنه ضد قواعد قانون مراقبة المخابرات الأجنبية،  القانون الوطني الأمريكي الذى تم تعديله  بعد أحداث 11سبتمبر

وفي 11 ديسمبر 2001، وجهت  له  مع رمزي بن الشيبة ومصطفى هوساوي من قبل هيئة محلفين المحكمة الجزئية للمنطقة الشرقية من ولاية فرجينيا كبرى المحاكم الاتحادية في الولايات المتحدة الأمريكية  التهم الجناية التالية 

1- التآمر لارتكاب أعمال الإرهاب التي تتخطى الحدود الوطنية

2- التآمر لارتكاب القرصنة بالطائرات

3- التآمر لتدمير الطائرات

4- التآمر لاستخدام أسلحة دمار شامل

5- التآمر لقتل موظفي الولايات المتحدة الأمريكية

6- التآمر لتدمير الممتلكات.

وذلك لدورهم في "قتل الآلاف من الأبرياء في نيويورك وفيرجينيا وبنسلفانيا."

 واعتبرت المحكمة أنه كان من الممكن أن يكون بديلا عن رمزي بن الشيبة أو زكريا الصبار، فما كان من موسوي إلا أن قام بازدراء المحكمة  وقام بالرد بنفسه عليها قائلا " في البداية انه لم يشارك في هجمات 11 سبتمبر، ولكنه كان يخطط من تلقاء نفسه لهجوم آخر، وهو ما أكدته القاعدة في بيان لها بأنه بالفعل كان ضالعا في مؤامرة أخرى  غير 11 سبتمبر، بل طالب بالقبض على أعضاء تنظيم القاعدة  وعرض شهادتهم  أثناء الإجراءات،  ورفض المدعين  قصته  ووجدوا أنه يستحق العقوبة 

في جلسة 2 يناير 2002، رفض موسوي  المثول أمام المحكمة لنه غير مذنب 

 في جلسة 22 أبريل 2002، رفض موسوى مساعدة محاميه الذي عينته المحكمة، وطلب أن يدافع عن نفسه. 

في جلسة  13 يونيو 2002،  وافق المحكمة على طلبه  وع ذلك طلب عرضية من المحامين لمساعدته مع المسائل التقنية ثم اعترف  بأنه عضو في تنظيم القاعدة لكنه غير متورط  في هجمات  11 وأنه كان يستعد لهجوم  منفصل ثم قدم طلبات للحصول على وثائق سرية  حول القضية مع استدعاء أعضاء تنظيم القاعدة كشهود، وبالتحديد بن الشيبة وخالد شيخ محمد، ومصطفى أحمد الهوساوي

في جلسة  22 أبريل 2005، فاجأ موسوي المحكمة باعترافه بأنه مذنب  في جميع التهم فيما عدا تفجيرات 11 سبتمبر،  وأنه كان ينوى القيام بخطف طائرة بوينغ 747-400،  والوصول بها إلى أفغانستان من الولايات المتحدة دون أي توقف  وكان سيطالب بالإفراج عن الشيخ عمر عبد الرحمن. 

في جلسة 6 فبراير 2006، صاح في المحكمة "أنا تنظيم القاعدة  والمحامين  لا يمثلونني  فهي أمريكيين  " فتم إخراجهم من قاعة المحكمة أمام 120 من المحلفين المحتملين 

في جلسة 27 مارس 2006،  اعترف موسوى بأنه كان يخطط لتفجير طائرة مخطوفة في البيت الأبيض في هجمات 11 سبتمبر لتناقض هذه  الشهادة مع شهادته السابقة وعندما سئل لماذا كذبت في السابق قال "يسمح لي بالكذب من أجل الجهاد وبأي أسلوب لهزيمة عدوك"، وعلقت وسائل الإعلام على الأمر بأن موسوي  يريد أن يموت  على أن يتلقى حكما بالسجن مدى الحياة باعتباره عضوًا في مخطط  لم يحققه

  في22   أبريل 2002  حاول موسوي إطلاق النار على  محامي الدفاع الذين عينتهم المحكمة فقامت المحكمة بالبحث عن  محام مسلم وبدأ يقوم بأفعال مثل  الاستشهاد بعدة سور من القرآن الكريم، ثم صلي من أجل عودة الأندلس (إسبانيا والبرتغال)  وعودة سبتة ومليلة والهند وكشمير للمسلمين. وتدمير عدد من الدول، بما في ذلك إسرائيل (والشعب اليهودي ككل)، وروسيا، وكندا، والمملكة المتحدة، وأستراليا، والولايات المتحدة، وتحرير فلسطين والشيشان وأفغانستان مما دعا  المحكمة  الى إجراء تقييم للأمراض النفسية  له .

 وفى 7 يونيو 2002: أعلنت المحكمة  الطبيب النفسي الذي عينته المحكمة لموسوي  الذى اوصى بالعلاج النفسي الفوري في  وحدة متخصصة 

 في جلسة 18 يوليو 2002 اعترف موسوى بأنه عضو في تنظيم القاعدة  وأنه تعهد بالبيعة لأسامة بن لادن ورفضت المحكمة  الإقرار بالذنب دون بحث وأمرت  موسوي بإعادة التفكير في  اعترافه . 

في جلسة 28 يوليو 2002 أعترف موسوى  بأنه مذنب في أربع  تهم من الست ونفى اتهامات التآمر لقتل موظفي الولايات المتحدة الأمريكية وتدمير الممتلكات. 

في جلسة 3 أبريل 2006،   رفضت المحكمة تنفيذ عقوبة الإعدام عليه  فرد عليهم صائحا داخل  قاعة المحكمة، "لن تحصلوا على  دمي لعنة الله لكم جميعا! وقال انه "مندهش للغاية" أنه لم يحكم عليه بالإعدام وأرى الآن أنه من الممكن أن أستطيع الحصول على محاكمة عادلة حتى مع الأمريكيين في هيئات المحلفين" 

وفي 3 مايو عام 2006م، قررت هيئة المحلفين الحكم عليه السجن مدى الحياة دون إمكانية الإفراج المشروط  وعقب صدور الحكم، أنكر شهادته في المحكمة قائلا إنه لم يكن عضوا في 11 سبتمبر 2001،  وأنه جزء من مؤامرة أخرى لتنظيم القاعدة  كانت ستحدث بعد 11 سبتمبر".

في 13 مايو 2006، أمرت  المحكمة بنقله مع مجموعة من الحراس من الزنزانة المحتجز في  مدينة الإسكندرية،  بولاية فيرجينيا  إلى ولاية كولورادو ليقضي عقوبته  في سجن "الكاتراز من جبال روكي " بالقرب من فلورنسا بولاية كولورادو.

في 20 نوفمبر 2007، ذكرت القاضية التى حاكمت موسوى أن الحكومة الأمريكية  قدمت معلومات غير صحيحة حول الأدلة في محاكمة موسوي وأنه نظرا لتلك الإجراءات، فإنها تدرس طلب محاكمة جديدة  له وأنها لم تعد قادرة على الثقة  في  وكالة المخابرات المركزية ووكالات حكومية أخرى  حول تحقيقاتها المتعلقة بقضايا الارهاب 

في 23 مايو 2006،  ظهر تسجيل صوتي منسوب لأسامة بن لادن  قال فيه  " أن موسوى لا علاقة  له على الإطلاق  بأحداث 11 سبتمبر  وأن زكريا موسوي كان لا يزال يتعلم أن يطير، وان عدد المجموعة لم يكن 20، كما زعمت حكومتكم ". 

 ومازال موسوى يثير الجدل حوله حيث اتهم  خلال جلسة استماع أثناء محاكمته، أمراء سعوديين بأنهم يدعمون  تنظيم القاعدة، بل والمشاركة في التحضير لهجوم على الأراضي الأمريكية وهو الأمر الذي  نفته السفارة السعودية  قائلة "اعتداءات 11 سبتمبر خضعت لتحقيق هو الأكثر دقة في التاريخ والخلاصات لا تظهر أي ضلوع للحكومة السعودية أو لمسئولين سعوديين وأن أي دليل لا يثبت مزاعم موسوي وأن أقواله لا تتمتع بأي صدقية".