انضم إلى جماعة الإخوان في فترة مبكرة من عمره وكان من الكوادر النشطة بلجنة الطلاب بالجامعة، وعقب تخرجه انضم إلى قسم المهنيين بالجماعة، ودفعت به الجماعة في عضوية مجلس الشعب عن الدائرة الانتخابية ببركة السبع محافظة المنوفية وفاز بالمقعد، وأصبح عضوًا بالمجلس عن الدورة البرلمانية عامي 2005- 2010م، وعقب قيام ثورة 25 يناير 2011 دفعت به الجماعة في انتخابات نقابة المهندسين يوم 27 نوفمبر من نفس العام، وفاز بمقعد رئيس النقابة الفرعية للمهندسين بمحافظة المنوفية، ثم نقيبًا للمهندسين بالمنوفية بحصوله على 1920 صوتًا مقابل 590 صوتًا لمرشح النور السلفي المهندس صلاح عبد المعبود، كما فازت قائمة تجمع مهندسي مصر الإخوانية بنسبة 100% في انتخابات المهندسين.  

انضم إلى حزب الحرية والعدالة المنحل الذراع السياسية لجماعة الإخوان وتم انتخابه في 25-6-2011م عضوًا باللجنة العليا لحزب الحرية والعدالة عن محافظة المنوفية، وتم الدفع به في انتخابات مجلس الشعب عام 2012م عن دائرته الانتخابية، وفاز بعضوية المجلس وتم انتخابه رئيسًا للجنة النقل والمواصلات بالمجلس، حتى تَمَّ حَلّ المجلس في عام 2012م، ورشحته الجماعة للتعيين محافظًا للمنوفية في أبريل 2013م خَلفًا للمهندس محمد علي بشر، الذي تم تعيينه وزيرًا للتنمية المحلية في عهد المعزول محمد مرسي، ولكن تم رفضه من الأوساط السياسية بالمحافظة المنوفية، ثم انضم إلى اعتصام رابعة العدوية وهرب بعد فض الاعتصام حتى تم القبض عليه.

له العديد من الآراء المؤيدة بشكل تنظيمي لجماعته الإخوانية، ومنها: "المرشد لا يخطئ حتى يعتذر" 

 اعتبر أن مرشد الجماعة محمد بديع لا يخطئ حتى يعتذر، وذلك بعد الإساءة التي وجهها محمد بديع مرشد الإخوان إلى المجلس العسكري، قائلًا: «إن جنود مصر تتولى أمرهم قيادات فاسدة»، ولأن قرارات المجلس العسكري غير مقبولة. 

أعلن أن هناك حالياً دراسة تعدها جماعة الإخوان لتحويل عملة قناة السويس إلى الجنية المصري، وهو الأمر الذي تعد له جماعة الإخوان. 

 اعتبر أن التحالف الديمقراطي الذي يمثل الإخوان في مجلس الشعب 2012م مستمر وبشكل ناجح، وأننا لا نريد نوابًا تسعى للاستفادة من الحصانة، وليس من المعقول أن يحصل طالب على تقدير امتياز ولا يلتحق بالنيابة العامة.

قال: "إنه إذا كانت هناك أدلة على خروج المشير حسين طنطاوى وزير الدفاع السابق، والفريق سامى عنان رئيس أركان حرب القوات المسلحة السابق، على القانون، فالجهات المسئولة عن هذا من حقها أن تحاكمهما". وأضاف عامر في حواره مع «الوطن»: «يمكن أن يجلس قيادات الإخوان مع قيادات الجيش إذا استمرت العلاقة بينهما في توتر».