أبدى نشاطًا واضحًا داخل الجماعة، ما دفع القائمين على التنظيم الخاص  الذى كان الهدف من إنشائه، تدريب الشباب تدريباً قتالياً عالياً، إلى ضمه للتنظيم ليكون من أنشط أعضاء الجهاز سرية وانضباطاً، وتنفيذًا لما يطلب منه، ليُعتقل عام 1948 في القضية  المعروفة  باسم قضية السيارة الجيب وحكم عليه بثلاث سنوات قضاها كاملة في السجن. 

وفي يونيه 1954م اعتقل مرة ثانية  في مرسى مطروح من مقر عمله، ونقل إلى السجن الحربي  عام 1955، ثم عرض على محكمة الثورة، لتحكم عليه بالسجن عشر سنوات مع الأشغال الشاقة، ثم نقل إلى سجن (ليمان طره) ثم نقل إلى معتقل (الواحات الخارجية) وكان عبارة عن عدد من الخيام المفتوحة ومحاطة بالحراس  وبالأسلاك الشائكة وخرج من  المعتقل  عام 1964م، واعتقل مرة ثالثة  عام  1965 م،  وتم الإفراج عنه  عام 1971 م ليبلغ عدد سنوات سجنه 16 عامًا 

عقب خروجه من السجن بادر إلى الاتصال بالجماعة، ليعود للتنظيم الإخوانى مرة أخرى، وعندما بويع عمر التلمساني مرشداً ثالثاً للجماعة، كان من أقوى أعوانه، وكان يعمل مع لفيف من الإخوان الكرام لتأسيس التنظيم وتثبيت أركانه،  وفى عام1981م سافر إلى الكويت بعد مقتل  الرئيس السادات، مع  أعضاء  من مكتب الإرشاد، ثم سافر إلى ألمانيا، واستقر فيها خمس سنوات عمل خلالها على تأسيس  التنظيم الدولي للجماعة انطلاقا من  هناك وبالتحديد في مدينة فرانكفورت، استطاع والإخوان هناك إرساء دعائم التنظيم الدولي (التنظيم العالمي لجماعة الإخوان المسلمين)،  وكان مشهور  صاحب الكلمة الفصل في الشئون الاستراتيجية

وبعد وفاة التلمساني  ومن خلال صفقة مع النظام المصري  بواسطة صلاح شادي، عاد مصطفى مشهور  إلى القاهرة عام (1986)، وتسلم منصب نائب المرشد العام  الذى كان وقتها محمد حامد أبو النصر، وكان هو المتحكم في جميع شئون الجماعة  من خلال  مكتب الإرشاد الذى كان يسيطر عليه،  وكان القائد الفعلي للجماعة منذ رحيل المرشد حسن الهضيبي، وفي الأيام الأخيرة من حياة أبي النصر الذي كان يرقد على فراش المرض استبق الإخوان موته،  وبايعوا مصطفى مشهور مرشدًا للجماعة، حال وفاة المرشد أبي النصر، وتكتموا على هذا الأمر، إلى ما بعد وفاة المرشد ودفنه في فبراير 1996، عندها أعلن المستشار محمد المأمون الهضيبي نبأ انتخاب مشهور فتقدم الأخ الأستاذ لاشين أبو شنب وبايع المرشد الجديد، وطلب من الإخوان أن يتقدموا ويبايعوه، فتقدم عدد كبير من الإخوان وبايعوا الأستاذ مصطفى مشهور مرشداً للجماعة لمدة ست سنوات، ثم جدد انتخابه مرة ثانية في  عام 2002 لمدة ست سنوات أخرى حسب لائحة الجماعة. 

عقد مصطفى مشهور عددًا من التحالفات الانتخابية  مع الأحزاب وجماعة الإخوان في ظل نظام مبارك، وكانت البداية مع  حزب الوفد عام 1984  وفقا لقاعدتين، أولاهما أن الجماعة محظورة سياسيا، وبالتالي فهي ليست حزبًا سياسيًا، وطبيعي أن  تبحث عن الغطاء الحزبي الشرعي «انتخابيا»، أما القاعدة الثانية فتتمثل في أنها الأكثر تنظيمًا وعددًا، مما يحقق الفائدة للقائمة الحزبية التي تخوض الانتخابات تحتها،  واعتبر مشهور أن التحالف يتم في مناخ سياسي يقوم على معارضة نظام مبارك، وأيضا  يعطيهم مرونة التعامل معهم  على أنهم "فصيل وطني" في ظل هذه المعارضة، 

وحدد مشهور سياق هذه التحالفات فبعضها كان «وقتيا»، كتحالف حزب  الوفد ، والآخر كان أيدلوجيا كتحالف حزب العمل.  

 فحزب الوفد، في تحالفه في انتخابات 1984 لم يتخل عن ليبراليته الأصيلة،، وعلى العكس نجد تحالف «العمل والإخوان والأحرار» عام 1987، والذى خاض الانتخابات تحت شعار «الإسلام هو الحل»، وأدى هذا التحالف إلى انقلاب حزب العمل على هويته، فلم يعد «اشتراكيا» كما يشير اسمه «حزب العمل الاشتراكي»، وأصبح بفضل «عادل حسين» فرعًا لجماعة الإخوان، يخوض معاركها، ويتحدث عن خطه «الإسلامى» الجديد، وأصبحت جريدة «الشعب» المتحدثة بلسان الحزب تتحدث بلسان الإخوان،  وكان مصطفى مشهور هو المستفيد من هذه التحالفات على الرغم من أنه كان يروج أن التحالفات تتعارض مع مبدأ التمكين الإخواني.

بتاريخ 3 أبريل 1996 تم إلقاء القبض على 13 شخصًا من قادة الإخوان المسلمين على رأسهم محمد مهدي عاكف عضو مكتب الإرشاد.. وقُدموا إلى محكمة عسكرية بتهمة التحايل على الشرعية من خلال تشكيل حزب الوسط ليكون واجهة لجماعة الإخوان المسلمين المحظورة، وفي 15 أغسطس 1996 أصدرت المحكمة العسكرية حكمها بسجن 7 من قيادات الإخوان المسلمين لمدة ثلاث سنوات، وتبرئة 5 من بينهم مؤسسو حزب الوسط. 

مصطفى مشهور رفض الحزب وقال " إنه ليس حزب الإخوان وليس واجهة الإخوان ولم ترخص به الجماعة، والذين شاركوا في ذلك الحزب أعلنوا أنهم تصرفوا من أنفسهم.

شدد مشهور على ان علاقة الاخوان بالسعودية لا تأخذ منحنى نحو الهبوط ليس من ناحيتهم، بل من ناحية المملكة.. هي التي اتخذت هذا الموقف 

وقال "لكننا سعداء بالسعودية أيام 54، وعبد الناصر، وكان يأوي الإخوان إلى السعودية ويجدون الراحة والأمن.. وتدخل الملك فيصل للوساطة حول المحكوم عليهم بالإعدام، وخفف عن البعض حكم الإعدام.. ونقدر هذا الموقف، ونذكره للسعودية دائماً.. لكننا لم نقف ضد السعودية، ولم نهاجم السعودية في أي موقف لكن هي التي اتخذت موقفاً منا نحن لم نخذلها.. نحن خَطَّأنا أن تقود أمريكا المعركة، وتبدو وكأنها هي المنقذة.. فلو أن العرب اتفقوا مع بعضهم، وحشدوا قواتهم ضد العراق كانت ستنتهي المسألة، ولم يكن العراق ليواصل اعتداءه.. لكننا استعنا بالأعداء.. وهم بالفعل أعداء.. ولا نعتبر أمريكا صديقة أبداً.. هذا هو ما كنا نقوله، ولذلك حشدوا جيوش ستين دولة في السعودية لأنهم يعرفون أن البترول يهم هذه الدول كلها.

في يوم الجمعة 15 نوفمبر 1996 نشرت جريدة "المسلمون" لمصطفى مشهور حوارًا أكد فيه أنه رجل الكواليس وإنه صاحب اللمسة الخفية في بعض قرارات الإخوان وقائد التنظيم السري للإخوان منذ زمن طويل

يقول مشهور خلال الحوار: إن "البنا نفسه قال لنا إنكم ستتعرضون لمتاعب وإلى فتن ومحن، وسوف تلصق بكم تهم باطلة، وسوف تحاربكم كل الحكومات، وتسجنون وتقتلون، وحينئذٍ تكونون سلكتم طريق أصحاب الدعوات، وقد يطول بكم الامتحان، فهل أنتم مصرون على أن تكونوا أنصار الله؟ أي إنه "فهمنا الطريق من أوله" ولذلك فنحن نعتبر أن ما يصيبنا من محن دليل على أننا في الطريق الصحيح؛ لأن المحن سنة الله في الدعوات {آلم أحسب الناس أن يُتركوا أن يقولوا آمنا وهم لا يفتنون ولقد فتنا الذين من قبلهم فليعلمن الله الذين صدقوا وليعلمن الكاذبين} فهذه ليست ضربات قاضية أو معجزة.. أبداً بل هي للتمحيص، لماذا؟ لأن ربنا لأجل أن يمكن للناس لا بد أن يكونوا صابرين ثابتين على هذا الدين، أما أن يعطيهم التمكين وهم ليس لديهم صبر ولا ثبات فسوف يضيعون وهذه المحن هي سنة الله في الدعوات، للتمحيص، حتى يكونوا أهلاً لها، والحمد لله، ترك البنا أصولاً لأشياء تضمن للجماعة استمرارها، وعدم انتهائها، وعدم انحرافها عن طريقها الإسلامي.

 وقال "نحن لم نواجه الساسة. هم الذين واجهونا.. هم لا يريدون أن يكون لنا دور في السياسة.. لا يريدون أن نزاحمهم في السياسة.. «تؤتي الملك من تشاء وتنزع الملك» – انتزاعاً- تشبثاً- «ممن تشاء». إنهم يرون أن أي نشاط سياسي للإخوان، وهو دين الفطرة، وسوف يستجيب الناس له، ويطمئنون إليه، ويمكن أن يعرضهم لانتزاع ملكهم وإنهم لا يريدون أن نتدخل في السياسة، وخصوصاً لما رأوا أننا ننجح في النقابات المهنية. لماذا لأن الانتخابات حرة فيها. فسنوا القوانين وقالوا: غير شرعي.. وغيره من الأقاويل..نحن نفهم الإسلام بشكل عادي في إطار شموله.. غير أنهم لا يريدون لنا أن نقتحم عليهم ميدان السياسة.

 شدد مشهور على "أن بيعتنا للالتزام بنظم الجماعة، وتقاليدها، وأهدافها، حتى تؤدي الرسالة التي قامت من أجلها وأي حزب يصمم له أهدافاً، ويقسم بأن يلتزم بأهداف الحزب ونحن أيضاً – كجماعة - لنا أهداف والتزامات، ووسائل نلتزم بها فالالتزام بالبيعة لأجل حماية الإسلام من الانحرافات كالتكفير وأيضاً أعضاء الجماعات الإسلامية والجهاد الذين يرتكبون أعمال عنف في الصعيد.. هذا ليس أسلوبنا.. فالالتزام بمثل هذا الأمر مطلوب هذه البيعة لمثل هذا.. ولكيلا تضيع العملية وتصبح فوضى.. «كل واحد يعمل اللي هو عاوزه»، هذا هو مفهوم البيعة.

 قال  مشهور: "ندعو المسلمين جميعاً إلى أن يتحدوا، وأن يزيلوا الخلافات، وأن يوحدوا صفوفهم، وأن يقيموا دولة عالمية والمفروض أن يجمع المسلمين جميعاً كيان واحد، وأمة واحدة، وقبلة واحدة، وجسد واحد، وإمام، تكون هذه جماعة المسلمين.. هذا هو ما نسعى إليه وأمريكا- مثلاً- فيها عدة ولايات: فلو قام المسلمون بحكومات إسلامية في بلادهم ثم نسقت فيما بينها، وكونت «كياناً لدولة إسلامية عالمية».. فهذا هو المطلوب ونحن لكي نقيم دولة عالمية.. إذا استغرقت قرناً من الزمان ليس كثيراً علينا..

 ويقول عن سيد قطب: "سيد قطب قرأ كتب المودودي، وهو في السجن..المودودي كان يعمل في قارة بها مسلمون، وغير مسلمين. فكان لا بد من المفاصلة بين المسلمين وغير المسلمين فهو أخذ بعض الانطباعات من قراءاته للمودودي: الحاكمية.. مثلاً.. ولعلها أثرت في بعض كتاباته. لكنه هو نفسه لم يكفر أحداً، لكن بعض الإخوان الشباب الذين اتصلوا به، وهو في سجن طره، ثم انتقلوا إلى سجن القناطر هم الذين غيروا أفكاره! فقالوا «الحاكمية» يعني: الحاكمية لله.. يبقى ما دمنا لا نحكم بشرع الله فكلنا كفرة.. وغيروا. وقال سيد قطب في ذلك: «حملت رسالتي على حمار أعرج».. فهؤلاء فهموا خطأ ونشروا فكر التكفير، ونسبوه إليه. ولكن عمر التلمساني، وعبد العزيز عطية قابلا قطب في السجن خلال هذه الفترة، وسألاه فأنكر تماماً أنه يكفر الناس حتى إن أحد الإخوان توجه إليه من سجن القناطر، وقال له: أنت تكفر الناس؟ فنادى سيد قطب على مسجون من المساجين العاديين (الحرامية والقتلة.. إلخ)، وقال: أنت ما اسمك؟ قال: محمد، قال: مسلم؟ قال: نعم.. قال: تصلي؟ قال: لا، قال: هل تسب الدين؟ قال: نعم، عندما أكون متضايقاً، قال: لو قال واحد عنك إنك كافر ماذا تفعل؟ قال: أقتله! قال: إذا كان هذا الذي لا يصلي ويسب الدين لو قلنا إنه كافر يغضب هكذا.. يبقى نكفر الناس الذين يصلون فإذن: سيد قطب أنكر أنه يكفر الناس، ولكن هناك المفاصلة، ومحاولة تحديد خط الإسلام من الحكام الذين لا يحكمون بما أنزل الله حتى نقيم الحكم الإسلامي وهكذا تفهم هذه المسألة خطأ، ويفهم أنه كفر.. أما بقية الناس.. «بتوع التكفير، والجهاد..إلخ» فقد بينا لهم أننا لا نلجأ إلى العنف، وضربت لهم مثلاً هو أننا في أيام الرسول صلى الله عليه وسلم كانت هناك قلة تعذب ولم يفكر أن يرسل أحداً من المسلمين لقتل أبي جهل أو أبي لهب.. بل قال صلى الله عليه وسلم: "صبراً آل ياسر.. إن موعدكم الجنة.." كان من قبلكم ينشرون بمناشير لا يصرفهم ذلك عن دينهم".

وعن إقناع الناس  عن طريق الدين يقول " إقناع الناس بالدين  حتى إذا ما انتخبوا أناساً مسلمين، ينتخبون حينها الناس الذين سيخدمون الإسلام، أما النظم الأرضية: اشتراكية..قومية..إلخ..هذا من صنع البشر العاجز، ولا تحل شيئاً وقد طبقنا الاشتراكية، وشاهدنا الخراب الذي سببته من باب الإقناع بأن الإسلام هو الحل فعلاً؛ لأنه من عند الله- سبحانه وتعالى- وتطبيق الشريعة هو الأساس. وفي الدستور نفسه:«الشريعة مصدر التشريع» نحن نطالب بهذا. لا نستثير الناس، ولا نحركهم على أن ينقلبوا على الحكام بالقوة، ولا بالعنف. 

وقال "لا يمكن لنا أبداً فصل السياسة عن الدين.. حكاية «لا دين في السياسة ولا سياسة في الدين» كلام غير مضبوط، بل الإسلام دين ودولة.. وليس عبادات فقط أو أخلاقاً فقط.. فلا بد من إصلاح الأحوال من الناحية السياسية.

 وعن الاحزاب يقول: "نحن لسنا حزباً.. ولا نقر التحزب.. لكننا لا نكره الناس على أن يأخذوا الفكر الذي يريدونه.. إننا ندعو إلى الفكر العام.. الإسلام العام.. الذي يجمع كل المسلمين، لكن كون بعض الناس يختارون جزءاً من الفهم، ويتحزبون عليه، ويطردون غيرهم، فهذا نحن لسنا مسئولين عنه. 

يقول مشهور: "عبد الناصر هو الذي عمل لنا التنظيم العالمي.. كيف؟ «طفش» كثيراً من الإخوان في عامي 1954 و1965م من مصر، فانتشروا في العالم، وتجمع عليهم شباب على فكر الإخوان الذي هو دين الفطرة الصحيح، ليس فيه انحراف.. فهذا الوجود الإخواني، والكيانات الإخوانية، والتجمعات الإخوانية التي تكونت في البلدان المختلفة اعتبرت تنظيماً عالمياً  وإن دعوة الإخوان دعوة عالمية.. لأن الإسلام عالمي، والأعداء عالميون، ولا يمكن أن تنحصر في داخل قطر بمفرده.. إننا نريد دولة عالمية، فلا بد من أن ننشر هذا الفكر وأن ندعو المسلمين جميعاً إلى تحقيق هذا الهدف الكبير، وإقامة الدولة العالمية وأفراد التنظيم لا يتحركون بأوامر أبداً.. كل واحد منهم يحمل فكر الإخوان، ويدعو إليه، ويتجمع الناس حوله، وإن هناك مجلساً تنسيقياً إلى حد ما.. في المؤتمرات يحضرون وينسقون". 

ليس لنا هيمنة مصرية على الدول العربية.. كل دولة أدري بشئونها، ولكن الخطوط العامة الموجودة في رسائل جماعة الإخوان، وكتبها.. إلخ.. هي ما يلتزم به الإخوان، وينفذونه لكن لا نتدخل في الشئون الداخلية وهم يكيفون ظروفهم مع الحكم الذي يتبعونه، على أساس محاولة تحقيق الهدف العام، ودعوة الناس إلى تطبيق الشريعة.

 يؤكد مشهور أن الشيخ الغزالي عاد إلى الإخوان والتزم، وكان حبيباً لنا.. وكتب أنه تتلمذ على يد المرشدين كلهم، وكانت علاقته بهم جيدة والشيخ القرضاوي «قعد» في قطر.. و«استلين» هناك.. ولكن لا تزال كتاباته والتزامه بالإخوان لم يتغير.

1- جماعة الإخوان المسلمين.

2- الجهاد هو السبيل.

3- تساؤلات على طريق الدعوة.

4- مناجاة على الطريق.

5- مقومات رجل العقيدة على طريق الدعوة.

6- وحدة العمل الإسلامي في القطر الواحد.

7- زاد على الطريق.

8- القدوة على طريق الدعوة.

9- الدعوة الفردية.

10- الحياة في محراب الصلاة.

11- الإسلام هو الحل.

12- من فقه الدعوة 1 - 2.

13- القائد القدوة الإيمان ومتطلباته.

14- بين الربانية والمادية.

15- قضايا أساسية على طريق الدعوة.

أصيب مصطفى مشهور بجلطة دماغية أدخلته في غيبوبة استمرت سبعة عشر يوماً، منذ التاسع والعشرين من أغسطس وحتى وفاته في الساعة السادسة مساء الخميس الرابع عشر من  سبتمبر عام 2002م وشُيعت جنازته يوم  15/9/2002) من مسجد السيدة رابعة العدوية بمدينة نصر في القاهرة  ودفن في مقابر (الوفاء والأمل). 

 بوفاته أُسدل الستار عن  واحدٍ من الشخصيات الغامضة والأكثر نفوذا  داخل الجماعة، منذ أن كان نائبًا ومرشدا فعليا لها، والذي دشن مع رفاقه تيار الصقور في التأسيس الثاني  فبداية من اختطاف "التنظيم الخاص" للجماعة  ومشهور  كان حائط  ضد جميع محاولات المرشد عمر التلمساني، الذي حاول أن يستعيد منهج الدعوة والتربية،  ليستولى بشكل رسمي عام 1986 وبعد وفاة التلمساني على التنظيم .

" تلاميذه النجباء في التنظيم القطبي" بداية من محمد بديع، ومحمود عزت وخيرت الشاطر، أطراف الحلقة الأضيق في صناعة قرار الجماعة حاليا، قضوا على الجماعة نهائيا بأفكار سيد قطب  بعد أن قام  مشهور   بإحياء  رسالة التعاليم، التي كتبها خصيصاً لأعضاء "التنظيم الخاص"،  وعممها على جميع أعضاء التنظيم 

مشهور الذى أحيا  "التنظيم القطبي" هو من عزل الجماعة على الرغم من موته بتلاميذه  الذين جعلهم  الاستعلاء الإيماني برسائل وأفكار قطب والبنا في حالة من الانكفاء على أنفسهم وتحولوا إلى "الجيتو" في المجتمع المصرى،  ليصنعوا في النهاية إرهابًا جديدًا للمجتمع بدأه مشهور منذ سنوات بارتداده للتنظيم الخاص وأفكار القتل والإرهاب.