في أكثر من مرة رفض الدكتور أحمد الطيب شيخ الجامع الأزهر تكفير ما يسمى بتنظيم الدولة في العراق والشام "داعش" ونعلم أن لديه الحق في عدم رمي هذا التنظيم بالكفر؛ حيث إن تكفير العموم: وهو تكفير الناس كلهم عالمهم وجاهلهم، والمتأول منهم وغير المتأول، ومن قامت عليه الحجة ومن لم تقم- من أكبر الكبائر، وهي طريقة أهل البدع والجهل بأحكام الله. وعلى هذا النهج قال الدكتور علي جمعة، عضو هيئة كبار العلماء ومفتي الديار المصرية السابق: "إن جماعة "بوكو حرام" الإرهابية، لا علاقة لها بالإسلام، لكن لا يمكن أن نكفرهم رغم جرائمهم".

بينما يكتفي شيخ الأزهر والمفتي السابق علي جمعة بعدم تكفير داعش وبوكو حرام، والتواطؤ بالصمت على محاكمة المفكرين والمبدعين إن لم يكن الأزهر نفسه طرفًا في محاكمتهم، كما حدث مع إسلام البحيري وفاطمة ناعوت وأحمد ناجي، فيكتفي وكيل الأزهر الدكتور عباس شومان تعليقًا على حبس إسلام بحيري بتهمة ازدراء الأديان والتي تحركت ضده بمباركة من الأزهر، بقوله: "إن الأزهر ليس له علاقة بسجن إسلام بحيري، مضيفًا قد يظن كثير من الناس أن سجن إسلام بحيري يشعرنا في الأزهر بالفرحة أو الانتصار، وليعلم القاصي والداني أنه لا علاقة لنا بما حدث له، ولم نكن نتمنى هذا المصير له ولا لغيره، فقد خاصمنا القناة التي كان يعمل فيها وليس الشخص بعينه، وذلك بعد أن تجاوز الأداء حدود التعبير عن الرأي إلى ما لا يمكن للأزهر غض الطرف عنه من واقع الأمانة التي يحملها وواجبه نحو بيان صحيح الدين ودفاعه عنه. فالفكر يقابل بالفكر، وهو ما فعله بعض شباب الأزهر مع بحيري، أما وقد اختصمه آخرون فهذا حق مكفول لسائر المواطنين، فإذا رأى القضاء فيه رأيًا وأصدر فيه حكمًا فلا تعقيب على أحكام القضاء. فلماذا لا ينتفض الأزهر وشيخه دفاعًا لحرية الرأي والتعبير طالما أن للمجتهد المخطئ أجرًا؟ ألم يعد ما يفعله بحيري وغيره اجتهادًا؟ أو أن ما تقوم به داعش وبوكو حرام وأخواتهما هو الاجتهاد الذي لا يوجب تكفيرًا؟