إن عملية تنفيذ حكم الإعدام تدور حولها بعض الشبهات حيث يشكك البعض في تنفيذها، فقد صرحت السيدة رقية السادات في أكثر من صحيفة في نهاية ثمانينيات وبداية تسعينيات القرن الماضي أنها شاهدته في السعودية وكذلك هناك من دلل على عدم تنفيذ الحكم بأن أسرته لم تستلم جثته حتى الآن ولا تزال تطالب بها. وحول هذا الموضوع أجرت والدته حوارا في صحيفة الوفد المصرية الخميس 1 سبتمبر 2011 كشفت فيه العديد من الأسرار حول أحداث اغتيال السادات وحول عملية إعدام نجلها خالد، مؤكدة أن نجلها خالد تم إعدامه بالفعل، وأن شهادة وفاته معها، وأن النظام السابق رفض إعطاء جثته لدفنها في مقابر الأسرة بملوي بمحافظة المنيا، وأكد أن نجلها خالدا قال لشقيقه صباح يوم تنفيذ الإعدام إن ضباط السجن أيقظوه فجراً ليخبروه أن مبارك رفض الطعون التي تقدم بها، وأنه طلب منهم أن يرى والدته وأباه وجميع أشقائه قبل إعدامه، وقالت: إن مبارك كان مرعوبا من عائلة الإسلامبولي؛ ولذلك رفض عودة نجلها محمد شوقي الإسلامبولي الذي ظل 24 عاما خارج مصر مطارداً من نظام مبارك الذي لفق له قضيتين "العائدون من أفغانستان" و"العائدون من ألبانيا"، وأصدر في حقه حكمين بالإعدام، لافتة أن مبارك رفض طلب نجلها خالد بأن يشهد على أحداث اغتيال السادات، مشيرة أن مبارك كان يتجسس عليها ويرسل ضباط أمن الدولة إلى منزلها حتي هاجرت خارج مصر منذ عام 1987 وحتي عام 2001، متوقعة الإفراج عن نجلها خلال الفترة المقبلة، واصفة نجلها بأنه شهيد قتل من قتله هواه فسقط، واصفة السادات بأنه ديكتاتور مثل هتلر.. على حد قولها.

بعد اتفاقية كامب ديفيد واستضافة السادات لشاه إيران المخلوع محمد رضا بهلوي بعد الثورة الإيرانية، العلاقات بين مصر وإيران توترت بقوة، وبعد اغتيال السادات ونكاية بالسياسة المصرية وكره الحكومة الإيرانية وقتها للسادات- تمت تسمية شارع في طهران باسم خالد الإسلامبولي، وفي سنة 2004 تم تغيير اسم الشارع إلى شارع الانتفاضة نسبة للانتفاضة الفلسطينية.