- بكالوريوس الهندسة الكهربية بتقدير (ممتاز) 1974 م من المعهد العالي الصناعي بـ(شبين الكوم)، والذي تحوَّل فيما بعد إلى كلية الهندسة- جامعة المنوفية، ثم عُيِّن مُعيدًا في نفس المعهد 1974 م.

- الماجستير في الهندسة الكهربية 1979 م من كلية الهندسة- جامعة المنوفية بـ(شبين الكوم)، ثم عُيِّن مدرسًا مساعدًا بنفس الكلية 1979 م.

- الدكتوراه من جامعة ولاية كلورادو بالولايات المتحدة الأمريكية 1984 م.

- عُيِّن مدرِّسًا بكلية الهندسة- جامعة المنوفية 1984 م، ثم أستاذًا مساعدًا بذات الكلية عام 1992 م.

- اختير أستاذًا زائرًا لجامعة ولاية كارولينا الشمالية بأمريكا 1998 م.

- حصل على درجة الأستاذية عام 2006 م.

- رُشِّح بشر في مجلس الشعب في عام 1995 م في الدائرة الأولى منوفية، ثم أُعيدت الانتخابات بينه وبين د. "أمين مبارك"، قيل وقتها إن فوز بشر بهذه الانتخابات كان مؤكدا، لولا التزوير الذي قام به الحزب الوطني لصالح مرشحه.

- فاز في انتخابات نقابة المهندسين في شعبة (الهندسة الكهربية) 1985 م.

- ثم انتُخب أمينًا مساعدًا للصندوق في النقابة العامة للمهندسين 1987 م،

-ثم أمينًا عاما للنقابة العامة للمهندسين منذ عام 1991 م وحتى فرض الحراسة عليها 1995 م.

- وأمينًا عاما لاتحاد المنظَّمات الهندسية في الدول الإسلامية عام 1989 م وحتى عام 1997 م.

قُبِض عليه في 14/10/1999 م فيما عُرِف بـ(قضية النقابيين)، وأُحيل إلى المحكمة العسكرية هو وعشرون نقابيًّا؛ حيث ألقي القبض على المتهمين أثناء اجتماعهم بمقر اتحاد المنظمات الهندسية للدول الإسلامية بضاحية المعادي جنوب القاهرة. وباشرت نيابة أمن الدولة العليا التحقيق معهم حتى صدور قرار إحالتهم للقضاء العسكري، حيث استكملت النيابة العسكرية التحقيقات معهم ووجهت إليهم تهمة "نشر أفكار المنظمة المحظورة والمساس بالأمن العام ومحاولة السيطرة على النقابات المهنية، والعمل على إحياء أنشطة جماعة الإخوان المسلمين المحظورة.

وكانت الاتهامات التي حوتها مذكرة معلومات جهاز مباحث أمن الدولة، وتبنتها نيابة أمن الدولة والنيابة العسكرية لاحقاً، هي «محاولة اختراق النقابات المهنية»، ثم أضيف إليها بعد ذلك دراسة موقف الرأي العام وأعضاء جماعة الاخوان من الأوضاع على الساحتين الداخلية والخارجية ومنها القضية الفلسطينية، ودور حركة «حماس» في الشارع الفلسطيني، والعمل على استغلال القضية الفلسطينية في تأليب الرأي العام ضد نظام الحكم في مصر، إلى جانب وضع خطة موسعة تستهدف توسيع دائرة المشاركة في جميع الانتخابات المقبلة، سواء المتعلقة بالنقابات المهنية أو البرلمان، والبدء منذ الآن في التحرك وسط الجماهير لكسب أصواتهم للمرشحين في مختلف المواقع المهنية والطلابية، والمناطق الجغرافية على مستوى الجمهورية.

وأضافت المذكرة الأمنية التي قدمت كأساس للقضية أن "الاجتماع خُصص للسيطرة على النقابات المهنية في الانتخابات المقبلة، وإعادة تشكيل هياكلها سواء في النقابات العامة أو الفرعية بالمحافظات، كما أن المجتمعين تدارسوا التحرك التنظيمي داخل القطاع الطلابي، على مستوى المدارس وكذلك استغلال الأنشطة المدرسية في استقطاب النشء وتحديد الحركة التنظيمية على جميع المحاور الجماهيرية والنقابية والطلابية".

وكانت وقائع هذه القضية قد بدأت عندما وصلت معلومات لجهاز مباحث أمن الدولة مؤداها أن المتهم سعد زغلول العشماوي يعمل (كما ورد بمذكرة الأمن) على إحياء نشاط جماعة الإخوان المسلمين المحظور نشاطها عقب الافراج عنه في القضية رقم 11 لسنة 1995 (ادارة المدعي العام العسكري) وذلك بالاتفاق مع المتهمَين محمد علي إسماعيل بشر ومحمد بديع عبد المجيد سامي وأنهما في سبيل ذلك عقدا عدة لقاءات تنظيمية وقررا خطة تحرك بإجراء الاتصالات بالعناصر التي سبق لها الانتماء لجماعة الإخوان مع استقطاب عناصر جديدة وعقد اجتماعات تنظيمية لهم بمنزليهما، وانتهيا إلى تكوين هيكل هرمي تنظيمي يكون من مجموعة قيادية ثم لجان نوعية متخصصة في مختلف المجالات تحت مسميات قسم التربية وقسم نشر الدعوة وقسم المهنيين وقسم الطلبة وقسم الاخوات وقسم العمال تضطلع كل لجنة منها بمسؤولية مباشرة التحرك التنظيمي في أوساط القطاع المختصة به، وقد قامت المجموعة القيادية لهذا التنظيم بإقرار أهدافه التي تمثلت في تكوين رأي عام جماهيري مناوئ لتوجهات وسياسات الحكومة القائمة ودعوة المواطنين وتحريضهم ضدها، ودفعهم للتظاهر والإضراب عن العمل. وتحقيقاً لأهدافهم أعدوا مخططاً لاستقطاب العناصر الطلابية في مختلف مراحل التعليم والتحرك في الأوساط العمالية وفي المساجد الأهلية والانضمام للنقابات المهنية والجمعيات الخيرية واختراق القنوات الشرعية والقانونية من خلال الترشيح في الانتخابات البرلمانية الجارية، واستغلال فرصة الدعاية الانتخابية للترويج لنشر أفكار ومبادئ التنظيم في مختلف الأوساط الجماهيرية واستثارتها ضد الحكومة الشرعية القائمة لاكتساب تعاطفها مع مرشحي التنظيم. يذكر أن من بين المتهمين العشرين، 12 من أعضاء المجالس الإدارية لست نقابات مهنية هي نقابات المهندسين والأطباء والمحاسبين والصيادلة والأطباء البيطريين والمحامين . وحكمت عليه المحكمة العسكرية برئاسة اللواء "أحمد الأنور" بالسجن ثلاث سنوات؛ بتهمة الانتماء إلى (الإخوان المسلمون)، والإعداد لانتخابات النقابات المهنية، وأُفرِج عنه في 8/10/2002 م.

في ديسمبر 2006 أحاله الرئيس المصري حسني مبارك إلى محاكمة عسكرية استثنائية ضمن 40 من قيادات ورجال أعمال الإخوان المسلمين رغم حصوله على عدة أحكام براءة من القضاء المدني المصري، وفي 12 يوليو 2009 حكم القضاء المصري بالإفراج عن بشر ضم 13 من قيادات الإخوان لاستكمالهم ثلاثة أرباع المدة لكن النظام المصري رفض الإفراج عنهم ، وتم الإفراج عنه في 15 يناير 2010 بعد قضاءه ثلاث سنوات في السجن.

جددت محكمة جنايات القاهرة، المنعقدة بمعهد أمناء الشرطة بطرة، برئاسة المستشار سعيد الصياد، يوم الأربعاء 30 نوفمبر 2016، حبس القيادي الإخواني الدكتور محمد على بشر وزير التنمية المحلية الأسبق و5 أخرين 45 يوما على ذمة التحقيقات، لاتهامه بالتخابر مع دولة أجنبية للإضرار بأمن البلاد، وتنظيم مظاهرات الهدف منها تعطيل عمل مؤسسات الدولة.

كانت نيابة أمن الدولة العليا قد أسندت إلى محمد على بشر، وباقي المتهمين عدة تهم منها ارتكاب جرائم التخابر مع دول أجنبية، بقصد الإضرار بمركز مصر السياسي والاجتماعي والاقتصادي، والاشتراك في اتفاق جنائي بغرض قلب نظام الحكم، والانضمام إلى جماعة إرهابية مؤسسة على خلاف أحكام الدستور والقانون، الغرض منها الدعوة إلى تعطيل القوانين ومنع مؤسسات الدولة من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحرية الشخصية للمواطنين والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي وتتخذ من الإرهاب وسيلة لتنفيذ أغراضها.

كما ضمت نيابة أمن الدولة العليا في مصر، الثلاثاء 29 نوفمبر 2016، العضو بمكتب هيئة الإرشاد بجماعة الإخوان المسلمين «محمد علي بشر» وزير التنمية المحلية في عهد المعزول «محمد مرسي»، إلى قضية محاولة اغتيال النائب العام المساعد المستشار «زكريا عبد العزيز»، وقررت حبسه 15 يوما على ذمة التحقيقات.