الدكتور طارق حجي العديد من المقالات والدراسات والابحاث حول الاسلام السياسي  والتى يتضح من اطلاق عليها لقب "شجرة الارهاب " المامه الكبير بهذه الجماعات التى يدور كتابه  "الطاعون" والذى كتبه باللغة الإنجليزية ؟  لأن الكتاب في الاصل  يتضمن عدة محاضرات القاها حجي  خلال السنوات العشر الأخيرة فى أوروبا بوجهٍ عام وفى بريطانيا وفرنسا وإيطاليا وروسيا بوجه خاص  وذلك للمهتمين من الأساتذة والساسة والبرلمانيين والذين كانوا بحاجة لكتاب موجز عن حقيقة المتأسلمين. وقامت  سلسلة "كتاب اليوم" نشره تحت عنوان " الطاعون ..قراءة في فكر الإرهاب المتأسلم" بعد ان قامت  بترجمته من الإنجليزية د. سحر شوشان ويقول الكاتب في اهدائه  . "الدين" مطلق ، والسياسة "نسبية". وكل من يريد أن يخلط بين المطلق والنسبي يصل به خلطُه لمنتج ضد العقل وضد العلم وضد الإنسانية وضد مسيرة التقدم الإنساني. وأهدي هذا الكتاب الذى سطّرته بالإنجليزية ونشر بها وبالفرنسية فى أوروبا قبل أن تتبني سلسلة "كتاب اليوم" ترجمته ونشره بالعربية لكل من يُدافع عن حماية الدين (المطلق) من السياسة (النسبية) ... وجاء علي  الغلاف الأخير للكتاب : الدارسُ للتاريخِ وللأديانِ يدرك أنها تبقي كمصدرِ سلامٍ ما بقيت كأديانٍ. أما عندما يأخذها البعضُ خارج دائرتها كأديانٍ أي كشأنٍ خاص وشخصيّ ويحاول أن يستعملها لتأسيسِ سلطةٍ سياسيةٍ ومجتمعية له أو لمجموعته أي سلطة تزعم أنها تمثل الدينَ خارج دائرة كونه "ديناً" ، فإننا نكون بصددِ مشروعٍ دينوي صرف هدفه الحكم والسيطرة. وقد شَكَّلَ هذا الفهم واحدة من أهم محطات مسيرة التقدم الإنساني. فعن طريقه وضع حداً تاريخياً للثيوقراطية أي حكم البعض لمجتمعاتهم بإسم الدين. والذى كان و لايزال عملاً دنيوياً سياسياً بحتاً وإن صوره البعض على خلاف ذلك. وتجربة مجتمعنا ومجتمعات منطقتنا خلال السنوات المائة الأخيرة تؤكد أن ما يروج له البعض وكأنه "حكم الدين" ما هو فى حقيقته وفى الواقع المُعاش إلا "حكم رجال الدين" وهو ما يُعرف يالثيوقراطية. كما أن هذه التجربة تؤكد أنه بينما يوجد على سطح الكرة الأرضية مئات الملايين من المسلمين المعتدلين وهم الذين تعاملوا مع الإسلام كدينٍ ، فإن كل المتأسلمين أي من إتخذوا الإسلام كمسوغٍ و ومبررٍ و إطار لحكمهم ليس من بينهم (ولا يمكن أن يكون من بينهم) معتدل واحد -. والكتاب يقدم دراسة وافية عن جماعات الإسلام السياسي التي تقف وراء أحداث العنف والإرهاب في جميع أنحاء العالم بداية من ظهور  الحركة الوهابية في شبة الجزيرة العربية .مروراً بجماعة الإخوان المسلمين والقاعدة وداعش وغيرها من حركات الجهاد والجماعات التكفيرية التي استخدمت الدين كوسيلة للسيطرة وخداع الناس للوصول إلى السلطة والمال والتضليل الديني و"الحكم باسم الدين" لتبرير أعمالهم . ويتناول الكتاب تاريخ الحركة الوهابية منذ نشأتها وهى حركة إحياء المتزمتين التي أطلقها محمد بن عبد الوهاب من نجد والتي تمركزت ووصلت إلى وسط المملكة العربية السعودية ,والتي تأثرت بمذاهب ومدارس فكرية مختلفة كان للإسلام نصيبه من المتشددين والمتعصبين على مر العصور حتى وقتنا الحاضر ,وتفاصيل الصراع بينها وبين آل سعود في شبه الجزيرة العربية .و ظهور جماعة الإخوان المسلمين التي تأسست عام 1928 واعتناقها لأفكار البنا وسيد قطب, ومراحل تطويرها بالإضافة إلى بنيتها الهيكلية وأيديولوجيتها لاستعادة "الخلافة الإسلامية ",وظهور التعصب الديني.ويقول حجي منذ القرن الأول للتقويم الإسلامي عرف الإسلام الطوائف المتطرفة التي طالبت بالالتزام الأعمى بقراءتها الجامدة لنصوص العقيدة جنب إلى جنب مع الاتجاه السائد للإسلام المعتدل، الذي يتجنب أتباعه اتباع العنف والتطرف ولا يعتنقون عقد احتكار الحقيقة .

بدأت هذه الظاهرة بظهور الخوارج " الأكراد" في 660 م – وهو منتصف القرن الأول من الإسلام وقد عظموا التفسير الحرفي والصارم ومارسوا نسخه من الخطاب تكفر من لا يتبعهم أو يتبنى أفكارهم، كانت هذه أول طائفة و كان من أوائل هؤلاء القادة حمدان بن قرمط، مؤسس طائفة إسلامية متطرفة أنشئت في شرق الجزيرة العربية قرب نهاية القرن التاسع الميلادي الذي أخفى الحجر الأسود في الكعبة أقدس مزار للإسلام.

والأخير هو أسامة بن لادن الذي اختبأ في كهوف وزيرستان إلى عام 2011 وبين هذا وذاك سيد قطب، الذي جاء مع نظريته التي ستظل جدارا يفصل المسلمين عن بقية البشرية دون أي أمل في التقدم حتى يتم هدمه .يحتوى الكتاب على العديد من الفصول الهامة منها، الإسلام هو من يشكل العقل، الظاهرة ظهور التعصب الإسلامي، عرقلة التقدم والحداثة , وهم الأحزاب الدينية، الهوية المصرية أمام الهوية الإسلامية، الاستيلاء على السلطة، وأسئلة مشروعة.وفي مقال له بعنوان "شجرة الإرهاب" يقدم صورة بانورامية عن تاريخ الفكر المتاسلم فيقول فيها  مثل أية شجرة لها جذور وساق وفروع. أما الجذور فهى "السلفية" التى تمثلها كتابات عددٍ من الفقهاء والدعاة الحنابلة مثل إبن تيمية وإبن القيّم (إبن قيّم الجوزية) والشيخ محمد بن عبدالوهاب (القرن ١٨ الميلادي) الذى له تنسب الوهابية. وأما ساق الشجرة فهو "مدرسة جماعة الإخوان" التى أسسها سنة ١٩٢٨ حسن البنا (١٩٤٩/١٩٠٦) ولكنها اليوم تمثّل أفكار سيد قطب (١٩٦٦/١٩٠٦) أكثر مما تمثل أي شخصية إخوانية أخرى. وأخيراً ، فإن الفروع هى التنظيمات العديدة مثل الجماعة الإسلامية والجهاد وحماس والقاعدة والمحاكم (الصومال) و بوكو حرام (غرب إفريقيا) و الشباب (الصومال) وداعش والنصرة وبيت المقدس ... إلخ. وكل هذه الكيانات (كيانات الجذور وكيانات الساق وكيانات الفروع) تشترك فى الأدبيات التى تشكّل أسسها الفكرية. وتشترك فى الأهداف الإستراتيجية. ولكنها توزع المهام فيما بينها : فالتخطيط والسياسة والتعامل مع العالم هى مهمة جماعة الإخوان وبالتحديد "هى مهمة التنظيم الدولي للإخوان". وتغيير الواقع بالقوة هى مهمة الأذرع المسلحة مثل القاعدة وداعش والنصرة وبيت المقدس وبوكو حرام. ونظراً لأن هذه التقسيمات والتفريعات والإنطلاق من نفس الأفكار وتوزيع المهام هى حقائق وظواهر نمت فى بيئات خارج المجتمعات الغربية ، فإن كثيراً من الغربيين يبقون عاجزين عن رؤية الصورة على حقيقتها أي كون كل هذه الفسيفساء تشكّل كياناً واحداً هو "مشروع الإسلام السياسي" الذى يهدف (إستراتيچياً) لإقامة كياناً عالمياً يتجاوز فكرة الأوطان المعاصرة ، وهذا الكيان العالمي هو "الدولة الإسلامية" التى تقوم على أسس تتصادم كلها مع كل مفاهيم الحداثة وتتعارض تعارضاً كلياً مع الأنساق القيمية الحديثة : الحريات وفى مقدمتها حرية الإعتقاد وحرية التعبير والتعددية والغيرية (قبول الآخر) والتعايش المشترك والتسامح الديني والثقافي والعقل النقدي وحقوق المرأة وحكم القانون ومدنية الدولة والدساتير والقوانين والتعليم الحر -