وعرف عن السنانيري خصوصية علاقاته بقيادات الدول العربية والإسلامية في العديد من الدول، وقد بدأت علاقته مع هؤلاء خلال توليه مسئولية العمل الإخواني مع طلبة البعوث الإسلامية بالقاهرة لعدة سنوات قبل اعتقاله عام 1954، وبعد عشرين عاماً قضاها السنانيري في سجون عبد الناصر كان عدد كبير من هؤلاء الطلاب قد أصبحوا قيادات للعمل الإسلامي في العديد من الدول، وقد تواصل السنانيري مع هؤلاء في جولاته الخارجية التي قام بها بعد الإفراج عنه، كما كان للسنانيري دوره المعروف في توحيد الصف الأفغاني في مواجهة الاحتلال السوفيتي لأفغانستان، وكانت أجهزة الأمن المصرية والأمريكية ترى في السنانيري أحد كبار الداعمين للجهاد في أفغانستان، ومن هنا كانت الأهمية الخاصة للتحقيق معه.

وجدير بالذكر هنا أن المخابرات الأمريكية هي الممول والمدرب الرئيس للمجاهدين الأفغان في حربهم ضد السوفيت، وهذا ما أثبتته الأيام والخلافات بينهما، فلم يكن للمخابرات الأمريكية ولا الحكومة المصرية مصلحة في قتل السنانيري، كما يروج لهذا جماعة الإخوان.

تم الإعلان عن وفاة السنانيري في الثامن من نوفمبر 1981، وتدعي جماعة الإخوان أن هذا الإعلان جاء بعد ساعات من زيارة مجموعة من كبار ضباط مباحث أمن الدولة لسجن استقبال طره للتحقيق مع كمال السنانيري، في محاولة أخيرة للحصول على معلومات طلبتها أجهزة الأمن الأمريكية، في إطار التنسيق والتعاون الأمني بين الأجهزة الأمنية المصرية والأمريكية في عهد مبارك.

وهذه شهادة اللواء فؤاد علام رئيس قسم مكافحة النشاط الديني في مباحث أمن الدولة، وأحد الذين حققوا مع المعتقلين عام 1981، حول واقعة مقتل السنانيري قوله في حديث لصحيفة المصري اليوم في عدد 14 سبتمبر 2006:

".. حينما رأيت الإخوان يستغلون هذا الموضوع ويريدون عمل قضية منه، بدأت أبحث فيه فعرفت أنه مات مشنوقاً داخل دورة مياه، أخذ ملاءة سرير وربطها في الشباك ورفع الكرسي من تحته ومات، وكان كاتب على الحائط قبلها «إنه يئس من الحياة ولذلك انتحر وإنه يهدي ساعته إلى علي نويت» وكان من الإخوان المسلمين (يقصد علي نويتو) وحتى اليوم لا أعرف سر إهداء هذه الساعة له- الله أعلم- فقد يكون مديناً بها أو بشيء آخر له، وحينما جئت ورأيت التحقيق طلبت تصوير ما هو مكتوب بخط يده ومضاهاته بخطوط يده"، ويقول علام إنه التقى القيادي الإخواني المستشار الدكتور علي جريشة في ألمانيا الذي طلب منه في هذا الوقت أن يبعث له تحقيقات من النيابة حتى يطمئن؛ لأنه أصلاً كان وكيل نيابة- يقصد الدكتور جريشة- وبعث بخطاب بخط يده يشكرني فيه، وقال إنه بحث الموضوع وتأكد أن السنانيري مات منتحراً وهذا موجود بخط يده في مباحث أمن الدولة، وجاء رد الدكتور جريشة بتكذيب كلام فؤاد علام وقال لصحيفة المصري اليوم: إن فؤاد علام قال له إن السنانيري انتحر.

ولكن يرد الدكتور جريشة لجريدة (المصري اليوم): ".. بالقطع أملك أدلة كثيرة على قتل السنانيري، وفتحها لا شك سيؤدي بفؤاد علام إلى الملاحقة القانونية، وسيكشف مزيداً من جرائم التعذيب المتورط فيها، والتي اعترف لي شخصياً بكثير منه". 

ولكن حتى الآن لم يقدم الدكتور جريشة ولا أحد من جماعة الإخوان دليلا على مقتل السنانيري؛ مما يجعل الكثيرين يشكون في رواية الجماعة.