ذكرت العديد من التقارير الصحفية الأمريكية أن الحكومة الأمريكية قد تعمدت إيذاء القحطاني من خلال العزلة والحرمان من النوم والتعري القسري والتعرض للبرد، وأنه كان في حالة تهدد الحياة. اعترفت الحكومة الأمريكية في يناير 2009 بالتعذيب ولكن عدتها متوافقة مع القانون. كانت هذه هي المرة الأولى التي يعترف مسئول في إدارة بوش بتعذيب المعتقلين في جوانتانامو. أجراه معه موقع العربية أكد المعتقل السعودي في "جوانتانامو" محمد القحطاني أنه تعرض للضرب والإهانة والتحقير في سجنه، وهو ما دفعه للإدلاء بأقواله حول معرفته المسبقة بالتخطيط لهجمات 11 سبتمبر في الولايات المتحدة الأمريكية.

وكشفت الوثائق الأمريكية الرسمية بحسب موقع العربية أن القحطاني الذي تقول الولايات المتحدة إنه الخاطف "رقم 20" من منفذي هجمات سبتمبر، تعرّض للتعذيب في معتقله، بما يشمل الضرب والإبقاء زمناً طويلاً في وضع غير مريح جسدياً، والتهديد بالكلاب، والتعرض لضوضاء الموسيقى المدوية. إلى جانب وضعه في أماكن درجة حرارتها متدنية للغاية، وإرغامه على خلع ملابسه والوقوف عارياً تماماً أمام سجانات أمريكيات.

وأكد الضابط في سلاح الجو الجنرال آندال شميدت، الذي قاد التحقيق في عمليات التعذيب، أن من أنماط التعذيب التي أُخضع لها القحطاني إرغامه على ارتداء ملابس نسائية، كما أنه هُدِّد بالكلاب، وأُبقي في حجز انفرادي 160 يوماً. وفي إحدى الفترات كان يتم استجوابه بين 18 و20 ساعة يومياً لمدة تتراوح بين 48 و54 يوماً.

وخلص شميدت إلى أنه على رغم أن القحطاني أسيئت معاملته، إلا أنها كانت في نطاق السياسة المتبعة، ولم تكن تعذيباً؛ لأنه لم يحرم من الطعام ولا الماء ولا الرعاية الصحية، كما أن المحققين لم يلحقوا به أذى بدنياً.

وقال المعتقل السعودي: إن هذه الإجراءات دفعته للإقرار بالاتهامات الأمريكية، من أنه سافر إلى أفغانستان عام 2001، حيث تلقى تدريباً في العمليات الإرهابية، والتقى زعيم تنظيم القاعدة أسامة بن لادن، ووافق على المشاركة في مهمة "استشهادية لمصلحة القاعدة".

لكن القحطاني نفى ذلك كلّه، وفق ما نقلت الطبعة السعودية من صحيفة "الحياة" الأحد 9-9-2007، قائلاً، بعد أدائه القسم: "أنا رجل أعمال. أنا رجل مسالم. ليست لدي صلة بالإرهاب أو العنف أو المقاتلين".

وأبلغ القحطاني لجنة "مجلس المراجعة الإدارية" أنه "حين توقف ذلك التعذيب، شرحت مراراً وتكراراً أن كل ما قلته ليس صحيحاً. ليست لديّ نية في قتل أشخاص أبرياء أو أي شيء من ذلك القبيل".

وتعتبر هذه المرة الأولى التي تسمح فيها السلطات الأمريكية بنشر أقوال على لسان القحطاني، منذ احتجازه في سجن جوانتانامو. وتقول سجلاته العسكرية، إنه أوشك أن يكون الخاطف الـ 20 للطائرات التي استُخدمت لتنفيذ هجمات سبتمبر، ولم يحل بينه وتحقيق ذلك سوى قرار ضباط الهجرة في مطار أورلاندو في ولاية فلوريدا منعه من دخول الأراضي الأمريكية.

وأوضح المتحدث باسم وزارة الدفاع الأمريكية البحري جيفري غوردون، أن السلطات عثرت عند القبض على القحطاني على 2400 دولار بحوزته، ولم يكن يملك تذكرة عودة، وأن زعيم مختطفي الطائرات المصري محمد عطا كان بانتظاره. وأضاف: "نحن نعتقد أنه إرهابي خطير".

وزعم غوردون أن الولايات المتحدة تعامل المعتقلين بطريقة إنسانية، وأنها تشجب استخدام التعذيب. لكن محققين عسكريين خلصوا في عام 2005 إلى أن القحطاني أخضع لمعاملة قاسية أقرها وزير الدفاع السابق رامسفيلد، بدعوى أن المعتقل لن ينكسر أمام التحقيق.

قالت محامية القحطاني: إن معتقل جوانتانامو أن الإدارة الأمريكة أسقطت جميع التهم عن موكلها محمد مانع القحطاني من بينها اتهامه بأنه "الخاطف رقم 20".

وأضافت المحامية غوتيرنر يوم الأربعاء 21 مايو 2008 أن الإدارة الأمريكية لم تقدم أي توضيحات أو أسبابا؛ لإسقاط جميع التهم من ملف الادعاء على المعتقل القحطاني. ونقلت صحيفة الحياة عن مجلة "ميامي هيرالد" الأمريكية مقابلة هاتفية مع المحامية غيتا نجالي غوتيريز زعمت فيها "أن القحطاني شعر بضيق وقلق وتوتر شديد بعدما علم بأن الجيش الأمريكي اتهمه بالقتل وجرائم الحرب، وطلب الحكم بإعدامه، بدعوى أنه يعد الخاطف الـ 20 للطائرات التي اختطفت لتصطدم بالبنتاجون في واشنطن ومركز التجارة العالمي في نيويورك في 11 سبتمبر2001". وكان تنظيم القاعدة في جزيرة العرب قد أصدر فيلماً أواخر يونيو 2006 مدعما ببيان رسمي يظهر فيه تركي بن فهد المطيري الذي عرفته الأوساط الجهادية في بلاد الحرمين باسم "فواز النشمي" وقاد سرية القدس التي نجحت في اقتحام مجمعات سكنية للعاملين الأجانب في الشركات النفطية، وأدت إلى مقتل العشرات منهم اعترفت حكومة آل سعود بـ 25 قتيل وأكثر من 30 جريح من العاملين الأجانب في شركات النفط في الخبر وينبع. وكانت السلطات الصليبية الأمريكية قد وجهت تهمة "الخاطف رقم 20" للأخ زكريا الموسوي وتمت محاكمته في القضاء الأمريكي وفق هذه التهمة، وأصدرت المحكمة الأمريكية حكما يقضي "بالسجن المؤبد" على زكريا الموسوي بتهمة تؤكد لائحة اتهام القحطاني أنه متهم بها أيضا.