بطريركية الإسكندرية للروم الأرثوذكس أسسها مرقس الرسول  ، وهى عضو في مجلس الكنائس المصرية. 

وكنيسة الروم الأرثوذكس تعتبر كنيسة صغيرة بعد انفصال "اللا خلقدونيين" الرافضين لمجمع خلقدونية في القرن الخامس، كان عدد الخلقدونيين أكثر، مما هو عليه الآن، إذ أن عدد الكنائس الخلقدونية كانت سبعين كنيسة في القرن السابع بعد أن اعتلى يوحنا الرحيم الكرسي البطريركي.

يتبع الكنيسة حوالى 12 مليون في كل أفريقيا .

 البابا ثيودوروس الثاني  بطريرك الإسكندرية ، ولغاتها الطقسية هي العربية واليونانية.

البطريركية موجودة بمصر منذ2000 سنة، والتعريف باسم كنيسة الروم الأرثوذكس هو في الأساس تعبير عن إنتماء كنسي وليس انتماء قوميا أو عرقيا، فهو ليس انتماء إلي دولة معينة أو شعب معين، سواء كانت الإمبراطورية الرومانية، الرومية، بشكل عام، أو كانت دولة اليونان بشكل خاص، كما يعتقد البعض.

يتم اختيار بابا وبطريرك الإسكندرية وسائر أفريقيا للروم الأرثوذكس حسب النظام الذي كان سائدا منذ تأسيس النظام البطريركي منذ القرن الرابع الميلادي، ويكون علي مرحلتين في المرحلة الاولي يتم انتخاب ثلاثة من بين المتقدمين لتبوؤ سدة البطريركية،  وفي المرحلة الثانية يتم اختيار واحد من الثلاثة المنتخبين عن طريق القرعة المقدسة، ثم يرفع اسم البابا الجديد إلي رئاسة الجمهورية ويصدر قرار من رئيس جمهورية مصر العربية بالتصديق علي انتخابه لمزاولة مهامه البطريركية،  بما فيها من التزامات أمام الجهات الرسمية في الدولة، ومن قرارات تخص البطريركية، ومسئولياته في إدارة الشئون الداخلية لرعيته، ذلك بحسب ما كان سائدا خلال تاريخ الدول الإسلامية المتعاقبة، وإن لم يكن البابا مصريا يمنحه رئيس الجمهورية الجنسية المصرية، ليكون خاضعا للقانون المصري.

عدد بطريركيات وكنائس الروم الأرثوذكس في العالم27،  وعدد أتباعها800 مليون علي مستوي العالم ايضا وبطريرك الإسكندرية هو الوحيد من بين كل بطاركة الروم الأرثوذكس الذي يحمل لقب بابا، وأول بابوات الإسكندرية،  متفق عليه هو هيراكليوس (231-247).