التحق بكتاب القرية، وبعد إتمامه حفظ القرآن ثم التحق بمعهد أسيوط الديني عام 1922، وحصل منه علي الشهادة الثانوية عام1928 بالقسم العالي، وقيل عنه: إنه حفظ الْمُعلَّقات العشر قبل أن يبلغ السابعة عشرة من عمره، وكان شاعرًا مُجيدًا ، انتقل إلى القاهرة عام 1929م، وحصل منه علي شهادة العالمية عام 1932، ثم حصل علي شهادة التخصص في البلاغة والأدب عن رسالته (أثر القرآن في اللغة العربية) سنة 1935  وقيل 1936

بعد تخرجه عين مدرساً للغة العربية وعلوم البلاغة في معهد القاهرة الأزهري، ثم نقل مدرساً بكلية اللغة العربية، وبعدها نقل وكيلاً لمعهد أسيوط العلمي الديني، ولم يلبث أن نقل وكيلاً لمعهد القاهرة الديني الأزهري عام 1947، وفي سنة  عين شيخاً للمعهد الديني بالمنيا

مدرس اللغة العربية وعلم البلاغة في معهد القاهرة الديني، عام 1936 ثم    مراقب بكلية اللغة العربية ثم  وكيل معهد أسيوط الديني، عام 1947 وعين    وكيل معهد القاهرة الأزهري الديني ثم     شيخ المعهد الديني في مدينة المنيا1950 ثم عين وزيرًا للأوقاف في ثورة يوليو 1952، ثم وزير الأوقاف في الجمهورية العربية المتحدة حتى عام 1959 ثم  مدير جامعة الأزهر، عام 1964  ومستشار برئاسة الجمهورية.

انضم إلى  الإخوان المسلمين  عام 1933، وهو طالب في الأزهر في قسم التخصص وبايع حسن البنا، وفي 8 نوفمبر 1934م قرر قسم من طلبة الأزهر الإضراب عشرة أيام  بعد تعيين الشيخ الظواهري شيخ الأزهر وكان منهم الباقورى، ثم تابعه جميع طلاب الأزهر، واستمروا في المظاهرات رغم فصل زعماء الطلاب فصلاً نهائيًا وكان  على رأسه  أحمد حسن الباقوري والشيخ محمد المدني، واضطر الملك إلى قبول استقالة الشيخ الظواهري في 27 أبريل 1935م، وعاد المراغي شيخًا للأزهر للمرة الثانية، فأعاد على الفور المفصولين والمنقولين وغير ذلك من الإجراءات الجزئية.

وانتصرت ثورة الأزهر التي لمع فيها اسم الباقوري زعيم الثورة، ودعا الشيخ المراغي الشيخ أحمد حسن الباقوري وقدم له هدية منه "مصحفًا ومسدسًا" تقديرًا منه لجهوده في إعادته للأزهر، وصار في نظره وهو طالب أهم عنده من جميع مشايخ الأزهر، وله مكانة رفيعة في الأزهر.

وفي الانتخابات التي جرت بعد سقوط وزارة إبراهيم عبد الهادي وحزب السعديين دفع به الاخوان  في دائرة الخليفة بالقلعة،  مع مرشحي الإخوان مصطفى مؤمن، وفهمي أبو غدير، وطاهر الخشاب، والشيخ عبد المعز عبد الستار وغيرهم ولكن  لم يحالفه النجاح في النهاية

كانت تربطه مع حسن البنا علاقة وثيقة والبنا هو الذي خطب له كريمة الشيخ محمد عبد اللطيف دراز أحد كبار علماء الأزهر ووكيل شئون الأزهر في ذلك الوقت، وهو الذي وضع نشيد الإخوان الرئيسي الذي كان الإخوان يرددونه، "يا رسول الله هل يرضيك أن" بعد أن كلفه البنا بوضعه 

وعندما حُلَّتْ جماعة الإخوان المسلمين في ديسمبر سنة 1948 واعْتُقِلَ كُلُّ كبارِ أعضائها لم يُعْتَقلْ الشيخ الباقوري لصلته وصهره بالشيخ دراز فبعد حل الإخوان واعتقال أعضائها توقع الإمام البنا الاعتقال أو القتل فاستدعى الباقوري ذات ليلة لمقابلته في دار الشبان المسلمين، وعهد إليه برعاية أسر المعتقلين حتى يقضي الله أمره.

ولما رُفِعَتْ الأحكام العرفية سنة 1951م وعاد الإخوان إلى الوجود قدَّمَ الشيخ الباقوري تقريرًا بما قام به وسلَّمَ الأمر إلى الإخوان ليختاروا مرشدا لهم.

وكان الباقوري أحد الأربعة الذين رُشِّحُوا لمنصب المرشد العام مع (أحمد عبد الرحمن البنا شقيق الإمام، وصالح عشماوي، وعبد الحكيم عابدين) ولما لم يتم الاتفاق على أحدهم جاء ترشيح  حسن الهضيبي القاضي السابق في محكمة الاستئناف والذي كان على صلة وثيقة- وإن لم تكن مُعلنة بالبنا 

وحين اختارت الجماعة  الهضيبي مرشدًا عامًا، كان الباقوري أول من بايعه، وكان الهضيبي يصطحب الباقوري كثيرًا في رحلاته إلى محافظات مصر، ويقدمه للحديث إلى الجماهير، وقد صحبه  في رحلتين كان الباقوري رفيقه في كلتيهما: إحداهما إلى مدينة السويس، والأخرى إلى كفر الشيخ وظل  الباقوري عضوا في مكتب الإرشاد مع الهضيبي، وعضو الهيئة التأسيسية.

1- مجمع اللغة العربية

2- مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر الشريف

3- المجلس الأعلى للأزهر.

4- المجلس الأعلى للشئون الإسلامية

5- جامعة الشعوب الإسلامية والعربية

6-  رئيس ومدير جمعية ومعهد الدراسات الإسلامية

7-  عضو المجلس القومي للتعليم والبحث العلمي والتكنولوجيا

8-  عضو المجلس القومي للتعليم، شعبة التعليم الجامعي.

9-  عضو لجنة التعليم بالحزب الوطني

10- عضو لجنة التنسيق بين الجامعات وأكاديمية البحث العلمى.

11-   مستشار اليونسكو، الشعبة القومية بالقاهرة.

الإدراك المباشر عند الصوفية، عام 1949.

سيكولوجية التصوف، عام 1950.

دراسات في الفلسفة الإسلامية، عام 1958.

ابن عطاء الله السكندري وتصوفه، عام 1958.

ابن عباد الرفدي حياته ومؤلفاته، عام 1958.

علم الكلام وبعض مشكلاته، عام 1966.

الإسلام في إفريقيا، عام 1970.

إخوان الصفا ودورهم في التفكير الإسلامي.

مدخل إلى التصوف الإسلامي، عام 1974.

الإسلام والفكر الوجودي المعاصر، عام 1978.

العلاقة بين الفلسفة والطب عند المسلمين، عام 1981.

وجوب استقلالية الثقافة المصرية بين التيارات الفكرية المعاصرة، عام 1984.

مع كتاب الله،  مع الصائمين،   مع القرآن،  أثر القرآن الكريم في اللغة العربية،     كتاب "عروبة ودين" ويشتمل على موضوعات شتى تمثل خلاصة لمجموعة الخطب التي ألقاها في مناسبات مختلفة وفي حفلات عديدة    "خواطر وأحاديث "    "من أدب النبوة" وهو عبارة عن شرح من الناحيتين الشرعية واللغوية لحوالي مائتي حديث من الأحاديث النبوية.    سعى في نشر كتاب «المختصر النافع» في فقه الإمامية،  له تقديم لكتاب العلم يدعو للإيمان وسائل الشيعة ومستدركاتها،

له مذكرات نشرت بعد وفاته باسم مذكرات الدعوة والداعية وكتب في سيرته «روح وريحان من حياة داع ودعوة» لأحمد أنس الحجاجي،

له مشاركة واسعة في المقالات الادبية والدينية، والأحاديث في الإذاعة والتلفزيون،    كتاب عن مصطفى كمال أتاتورك يكشف فيه عن تحقيق أحلام المستعمرين من هدم الدولة الإسلامية وتفتيت وحدتها على يد أتاتورك الذي كان معاديا للدين ومتلهفا على الحكم.

أما كتابه الذي نشر بعد وفاته عن مركز الأهرام للترجمة والنشر، الطبعة الأولى 1408هـ/1988م فهو بقايا ذكريات، في هذا الكتاب يروي الباقوري أسرار وملابسات مشاركته في حركة الإخوان المسلمين التي أنشئت في الإسماعيلية عام 1927م وفي حركة طلاب الأزهر التي بدأت عام 1934م وفي ثورة يوليو 1952م.

مؤتمر فلسفة العصر الوسيط، بون، ألمانيا الغربية.

مؤتمر التعليم الإسلامي، مكة، المملكة العربية السعودية 1978.

مؤتمر السنه والسيرة، قطر 1980.

مؤتمر الطب الإسلامي، الكويت 1981.

مؤتمر الإسلام، فرنسا 1982.