وتأتي في مقدمة هذه الملفات بحث الأوضاع المتأزمة في العراق، وسيكون الملف الأمني أهم الملفات التي ستطرح بين الجانب المصري والعراقي، ويتصدر الملف الأمني  مواجهة الإرهاب والتنظيمات المسلحة عقب سيطرة الدولة الإسلامية (داعش) على عدد من المدن شمال وغرب بغداد.

فقد كشف الرئيس عبد الفتاح السيسي عن أنه حذّر وأبلغ الأميركيين منذ أكثر من عام أن داعش «سيخرج من سوريا، وسينتقل إلى دول الجوار، وسيحاول دخول الأردن والسعودية».

وأكد الدكتور معتز سلامة، رئيس وحدة دراسات الخليج بمركز الأهرام للدراسات الإستراتيجية، إلى أن الأزمة العراقية مؤثرة على الأوضاع في مصر، ومستقبل المنطقة بشكل عام، فسيطرة "داعش" على العراق أو سوريا لا يهددهما فقط، وإنما يهدد أيضا دول الخليج ذات الأهمية الخاصة لمصر.

وشدد سلامة على خطورة الأزمة العراقية وتأثيرها على مصر قائلا: " تمثل الأزمة تهديدا مستقبليا كبيرا، خاصة في ظل التوتر على الحدود المصرية الشرقية، وأيضا فيما يتعلق بسيناء والأوضاع داخل سيناء، فكما نعرف جميعا أن جماعات الإسلام السياسي مرتبطة ببعضها بشكل كبير، واليوم على سبيل المثال، هناك حديث عن إعلان إمارة في مناطق من سيناء من قبل تنظيمات إسلامية مثل أنصار بيت المقدس وغيرها".

كما ذكرت تقارير صحفية أن من ضمن الملفات التعاون العسكري بين القاهرة وبغداد وتدريب القوات المسلحة والشرطة العراقية في مصر، بما يسهم  في رفع المستوي القتالي لجيش والاجهزة الأمنية العراقية، ويأتي سعي مصر لتدريب رجال الأمن العراقيين في سياق الرغبة المصرية في رؤية العراق دولة مستقلة ذات سيادة يحميها أبناؤها ويحفظون أمنها بأنفسهم.

ونقلت تقارير إعلامية عن  ضابط رفيع المستوى في هيئة رئاسة أركان الجيش العراقي، اوضح، أن السيسي وعد المالكي بتوفير ذخائر وأسلحة متوسطة وخفيفة لقوات الجيش والشرطة العراقية لمواجهة خطر "الجماعات الإرهابية".

قال عضو القيادة القطرية في حزب البعث الحاكم بسوريا خلف المفتاح،  إن "أمن مصر مرتبط بأمن بلاد الشام، ويتوقع من مصر السيسي ألا تكون أسيرة للعلاقة مع السعودية والمال السعودي.

وقال مساعد وزير الدفاع الأسبق والخبير العسكري اللواء نبيل فؤاد، إن الأمن القومي العربي جزء من الأمن القومي المصري، وبالتالي فأي تأثير علي وحدة العراق سيؤثر علي وحدة مصر والعالم العربي، موضحا أن موقف الرئيس عبد الفتاح السيسي وحديثه عن دعم العراق بالسلاح والدعم السياسي أمر طبيعي، وفي صالح مصر، مضيفاً أن مصر دولة محورية مركزية في الدول العربية، وبالتالي لا بدا أن يكون لها تأثير رئيسي في المنطقة.

كما يأتي ملف وحدة وسلامة الاراضي العراقية، وانتهاء الازمة السياسية ضمن الملفات التي ستكون علي طاولة وزير الخارجية المصري مع رئيس الوزراء العراقي نوري المالكي.

وأشار شكري - في بيان لوزارة الخارجية - إلى أنه تلقى تكليفاً من الرئيس عبد الفتاح السيسي بالتوجه إلي بغداد لاستكمال المشاورات حول السبل الكفيلة بإعادة الوفاق الوطني بين كافة أبناء الشعب العراقي في مواجهة التهديدات الخطيرة لأمن وسلامة العراق ووحدة أراضيه، وكذا أمن دول الجوار والمنطقة العربية بأسرها.

ودعا رئيس الوزراء العراقي نوري المالكي الرئيس المصري عبد الفتاح السيسي، الى توسيع التعاون بما يعزز "العلاقة التكاملية" بين البلدين، شاكرا إياه على موقفه الرافض لتقسيم العراق.

وذكر بيان صادر عن رئاسة الوزراء العراقية أن المالكي أكد للسيسي في اتصال هاتفي على ضرورة استمرار  التعاون " من أجل وحدة الموقف والتنسيق بين البلدين". وشكر المالكي السيسي على "موقف مصر الداعم للعراق في مواجهته للارهاب"، وعلى موقف الرئيس المصري "في الدفاع عن وحدة العراق والتحذير من أي محاولة ترمي الى التقسيم". وكان الرئيس المصري اعتبر في لقاء في القاهرة مع رؤساء تحرير صحف مصرية وكتاب ان الاستفتاء المحتمل حول استقلال اقليم كردستان العراق "كارثي"، محذرا من تقسيم العراق. 

و اعتبر الرئيس المصري عبدالفتاح السيسي أن الاستفتاء حول استقلال إقليم كردستان العراق «كارثي»، وحذّر من تقسيم العراق.

وقال في لقاء مع رؤساء تحرير صحف مصرية وكتاب «الاستفتاء الذي يطالب به الأكراد ما هو في واقع الأمر إلا بداية كارثية لتقسيم العراق إلى دويلات متناحرة، تبدأ بدولة كردية». واضاف: إن الدولة التي يرمي الاستفتاء إلى تكوينها «ستتسع بعد ذلك لتشمل أراضي في سوريا يعيش عليها الأكراد». وحذّر السيسي من مخطط يهدف الى «تقسيم المنطقة بشكل مختلف، يقوم على أسس دينية وعقائدية وعرقية».

وتابع «انظروا إلى ما فعلته داعش في سوريا، وما تفعله في العراق، هذا كان مخططا له أن يتم في مصر لولا جيش مصر العظيم، أقوى جيوش المنطقة».

ضمن الملفات المتوقع بحثها مع وزير الخارجية، دعم مصر ببترول العراق، من أجل مواجهة أزمة الطاقة التي تعيشها مصر خلال المرحلة القادمة، فقد اكدت تقارير اعلامية ان  القاهرة تسعي الي شراء النفط العراقي للخروج من ازمة الطاقة التي تواجها البلاد، وفتح تعاون اقتصادي مع بغداد  يساهم في الاستفادة من الاسواق العراقية أمام المنتجات المصرية، مع حصول مصر علي بترول العراق وتنوع مصادر الطاقة المصرية.

قال الدكتور أحمد الأطرش أستاذ الاقتصاد بجامعة القاهرة أن التعاون المشترك مع الدول العربية سيلعب دورا قويا في معالجة الاقتصاد المصري وعودة العلاقات الاقتصادية علي غرار استيراد موارد الطاقة، وأشار إلى أن اتجاه مصر للاستيراد من العراق يؤكد دعم التبادل التجاري بين البلدين والذي يرجع تاريخه إلي أكثر من 25 عامًا، مؤكد إن مصر في هذه الفترة تحاول النهوض بالوضع الاقتصادي واتجاهها للعراق خطوة جيدة لان الدول العربية علي أتم استعداد للوقوف معها في هذه الفترة الحرجة.

وأضاف أن الاستيراد من العراق موارد البترول سيكون له مردود ايجابي علي تشجيع حركة السياحة للبلدين وتوفير عمالة مصرية في العراق، بالإضافة إلي توفير أكثر من 5 ألاف طن سولار لسد جزء من الفجوة التي تمثل أكثر من 25 إلف طن يوميا بمعدل استهلاك يصل الي 30 الف طن يوميا وأشار الي إن مثل هذا التعاون في مثل هذا الوقت سوف يساعد الاقتصاد علي الهروب من الانهيار.

وفي مارس 2013 ووقعت وزارتا البترول المصرية والعراقية اتفاقا يقضي بموافقة الجانب العراقي على تلبية الطلب المصري لتزويد الهيئة المصرية للبترول بأربعة ملايين برميل شهريا من نفط خام البصرة وعن طريق شركة تسويق النفط.

وقال وزير البترول أسامة كمال: إن الاتفاق ينص على تكرير هذه الكمية في معامل التكرير المصرية، بما يعمل على توفير حوالي 4 آلاف طن سولار لسد جزء من الفجوة بين إنتاج مصر من السولار الذي يبلغ 22 ألف طن يوميا والاستهلاك الذي يصل إلى 35 ألف طن.

كما من المتوقع ان يكون ملف العمالة، علي طولة المباحثات بين المالكي وشكري، وهو فتح سوق العراق امام العمالة المصرية، مع عودة الاستقرار الي العراق والمساهمة في تنمية واعمال بلاد الرافدين،  وكان السوق العمالة العراقي من أفضل الاسواق امام العمالة المصرية قبل سقوط نظام الرئيس السابق صدام حسين، وهو ما يفتح باب جديدا للمصرين في الخارج.

وأكد الكاتب والمحلل السياسي العراقي واثق الهاشمي أن ملف مكافحة الإرهاب يشكل نقطة تقاطع بين الطرفين، إضافة إلى الدعم الاقتصادي الذي يمكن أن يقدمه العراق لمصر، والشرعية العربية التي يمكن أن تقدمها مصر للمالكي.

وفي 25 ستمبر 2013 التقي وزير الخارجية السابق نبيل فهمي، ووزير خارجية العراق، لبحث سبل تطوير العلاقات بين البلدين خاصة في المجال السياسي والاقتصادي.

واتفق الوزيران على سرعة عقد اللجنة المشتركة بين البلدين بما يسمح بطفرة إضافية في العلاقات لصالح الشعبين، فضلًا عن تكثيف المشاورات السياسية بين مصر والعراق وفتح سوق العراق أمام المنتجات والعمالة المصرية.