وتساءل العديد من الخبراء، هل يساعد القانون على مكافحة الجماعات الإرهابية والإرهاب؟، ويغلظ مشروع القانون العقوبات في جرائم الإرهاب، ويقصر التقاضي في القضايا المتعلقة بالإرهاب على درجتين فقط، بعد أن كانت تمر بثلاث درجات، كما يمنح القاضي حق إقرار تدابير أخرى على المدانين، منها حظر الإقامة في مكان معين أو في منطقة محددة، أو الإلزام بالإقامة في مكان معين، أو حظر الاقتراب أو التردد على أماكن أو محال معينة، أو حظر العمل في أماكن معينة أو مجال أنشطة محددة، أو حظر استخدام وسائل اتصال معينة، أو المنع من حيازتها أو إحرازها.

كما أثارت المادة 33 من مشروع القانون، التي تنص في صيغتها الحالية على أنه يعاقب بالحبس الذي لا تقل مدته عن سنتين، كل من تعمد نشر أخبار أو بيانات غير حقيقية عن أي عمليات إرهابية، بما يخالف البيانات الرسمية الصادرة عن الجهات المعنية، وذلك دون إخلال بالعقوبات التأديبية المقررة في هذا الشأن، وهو الأمر الذي اعتبره حقوقيون وإعلاميون مخالف للدستور.

وبحسب العديد من المراقبين أنه على الرغم من أن مجلس القضاء الأعلى، سجل العديد من الملاحظات الخاصة بالمسائل الإجرائية التي تضمنها القانون، إلا أن الدولة يبدو انها عازمة على إقرار القانون، بدلالة إسراعها بدفع مشروع القانون إلى أروقة المؤسسة القضائية لإقراره، قبل وضعه على مكتب الرئيس السيسي الذي يملك في الوقت الراهن سلطة التشريع لغياب البرلمان.

وقالت مصادر القضائية إن القانون سوف يرسل إلى وزارة العدالة الانتقالية، ستراجع مشروع القانون تمهيدا لإحالته إلى قسم التشريع بمجلس الدولة مجددا، لإجراء المراجعة القانونية بشأنه على ضوء ملاحظات المجلس، وأوضحت المصادر أن قيام مجلس القضاء الأعلى بمراجعة مشروع القانون يأتي في إطار الدستور وقانون السلطة القضائية، الذي منح المجلس اختصاص النظر في كافة مشروعات القوانين المتعلقة بالعدالة وإجراءات التقاضي.

مخاوف نقابة الصحفيين، كانت في المادة 33 التي تُعاقب كل من يروي واقعة تخالف الرواية الرسمية بغض النظر عن حقيقة الواقعة، معتبرين انه مادة قامعة  للحريات، وأعلنت نقابة الصحفيين رفضها ما أطلقت عليه قيود جديدة في مشروع قانون "مكافحة الإرهاب"، ليضعها على الصحافة وحريتها، في مخالفة واضحة لنصوص الدستور المصري الحالي، مضيفة، "حيث جاء مشروع القانون، الذى أعلنت عنه الحكومة منذ يومين، ليعيد من جديد القيود التي ناضلت الجماعة الصحفية لإلغائها عبر عقود من تاريخها، وتم تتويج هذا النضال في نصوص دستور 2014". 

وشددت النقابة، في بيان لها، على أن مشروع قانون "مكافحة الإرهاب" حفل بالعديد من المواد التي تخالف بشكل صريح المادة (71) من الدستور، وما نصت عليه من "حظر توقيع أي عقوبة سالبة للحرية في الجرائم التي تُرتكب بطريق النشر أو العلانية، أما الجرائم المتعلقة بالتحريض على العنف أو بالتمييز بين المواطنين أو بالطعن في أعراض الأفراد، فيحدد عقوباتها القانون"، خصوصًا في مواده (26، 27، 29، 33، 37). 

وأشارت نقابة الصحفيين إلى أنها توجه نظر المسئولين في الدولة، وكل من يهمه أمر هذا الوطن، إلى أن يعيدوا قراءة نص المادة (33) من مشروع قانون "مكافحة الإرهاب" جيدًا، وهى المادة التي تنص على "يُعاقب بالحبس الذى لا تقل مدته عن سنتين، كل من تعمد نشر أخبار أو بيانات غير حقيقية عن أي عمليات إرهابية بما يخالف البيانات الرسمية الصادرة عن الجهات المعنية، وذلك دون إخلال بالعقوبات التأديبية المقررة في هذا الشأن".