عندما جاء مرقس الرسول ليبشر المصريين بالمسيحية عام 68م أنشأ مدرسة بالإسكندرية لتعليم العقيدة والفكر المسيحي ظلت قائمة لقرون عديدة حتى انهارت بعد دخول العرب لمصر، وانتقلت بعد ذلك إلى دير أبو مقار في وادي النطرون، ثم انقطع تعليم اللاهوت في الكنيسة القبطية إلا من صوات منفردة، حتى جاء عصر التنوير الحديث على يد رئيس الشمامسة حبيب جرجس الذي ولد سنة 1876م. بالقاهرة وصار أشهر واعظ في جيله بعد القمص +فيلوثيؤس إبراهيم، وكان في وعظه جهوري الصوت، قويًا، غزير المعلومات، يؤثِّر في سامعيه. قام بإنشاء جمعيات خيرية جديدة، كما قام بتشجيع الجمعيات القائمة وأنشأ جمعيات أخرى للوعظ. وأسس الكلية الإكليريكية أي كلية اللاهوت – البديل الحديث لمدرسة الإسكندرية اللاهوتية – ونقل فكرة مدرسة الأحد – عن الإرساليات الأجنبية – لتعليم الأطفال بالكنائس – فكان له الفضل – في يقظة الكنيسة القبطية الحديثة على مستويات عديدة. 

مرَّ وقت كان فيه حبيب جرجس هو المعلم الأول حتى أخرج للكنيسة جيلًا من المعلمين. وشمل عمله في التعليم الكلية الإكليريكية ومنابر الكنائس والجمعيات، كما علَّم بقلمه من خلال الكتب التي ألفها. وتعتبر مدارس التربية الكنسية من أهم ميادينه في التعليم.

أصدر حبيب جرجس مجلة الكرمة .وهي من أعمق المجلات الدينية الوعظية، كما أصدر أكثر من ثلاثين كتابًا في شتى العلوم الدينية: في الروحيات والعقيدة والتاريخ والإصلاح الكنسي وكلها كتب تعليمية تخدم الفكر الديني منها (الصخرة الأرثوذكسية – سر التقوى – النهضة التعليمية)،

أصدر أيضًا كتبًا في الترانيم وفي الشعر.

أنشأ مدارس الأحد سنة 1918 لتعويض النقص الذي يعانيه الطلبة الأقباط في دراسة مادة الدين في المدارس الأميرية وبعض المدارس الأهلية. فإنه وإن كان قد نجح مرقس بك مليكة في تقرير دراسة الدين المسيحي في المدارس الأميرية سنة 1908 لكن عدم وجود أساتذة متخصصين واعتبار مادة الدين إضافية أدى إلى إهمال تدريسه .حددت اللجنة العليا لمدارس الأحد هدفها الذي تركز في خلق جيلٍ محبٍ للكتاب المقدس والحياة الكنسية والسلوك المسيحي بروح وطني، مع الاهتمام بالرحلات الدينية والخلوات الروحية. تقدمت مدارس الأحد بسرعةٍ فائقةٍ، فصار لها في سنة 1935: 20 فرعًا بالقاهرة، 18 بالوجه البحري، 44 بالوجه القبلي، 30 بالسودان.

في عهد البابا كيرلس السادس رسم نيافة الأنبا شنودة أول أسقف على المعاهد الدينية والتربية الكنسية (مدارس الأحد) وباختياره بابا للإسكندرية صار أيضًا مسئولًا عن هذه الأسقفية.

يُعْتَبَر القديس حبيب جرجس المؤسس الحقيقي للإكليريكية في عصرها الحاضر، فهو الذي اشترى لها الأرض وأسس لها المباني في مهمشة، وأعد القسم الداخلي لمبيت الطلبة. أنشأ الإكليركية في 29 نوفمبر 1893 والتحق بها, وصار الواعظ الأول ومدرس اللاهوت بالكلية في الربع الأول من القرن العشرين. وتسلم نظارتها سنة 1918 إلى نياحته سنة 1951.

وأنشأ كذلك القسم الليلي الجامعي سنة 1946م. وكان أول أستاذ لعلم اللاهوت في الكلية الإكليريكية، وتولى تدريس زملائه وهو طالب.

اختير عضوًا للمجلس الملّي العام، ورُشِّح مطرانًا للجيزة سنة 1948 م. ولكن لم يقبل البابا يوساب رسامته؛ لأنه لم يكن راهبًا.

مرض لمدة عام قبل أن يتوفى ليلة عيد السيدة العذراء 21 أغسطس سنة 1951م.

وقد اعترف المجمع المقدس للكنيسة القبطية الأرثوذكسية برئاسة قداسة البابا تواضروس الثاني بقداسة حبيب جرجس في جلسته بتاريخ 20 يونيو 2013م.