جدل كبير اثارته زيارة البابا تواضروس للقدس، حيث لم يقتنع كثيرون بالحجة التي قدمتها الكنيسة وهي الصلاة على جثمان مطران القدس الراحل، فالقول بأنه من الضروري ان يصلي البابا علي الأسقف لم يحدث عندما توفي الانبا ميخائيل مطران أسيوط فلم يذهب البابا تواضروس لأسيوط للصلاة علي جثمانه كما ان البابا شنودة الثالث  قد صلي علي جثمان أسقف القدس الاسبق  بكنيسة العذراء بالزيتون  ومبكرا  اكد مؤسس التيار العلماني كمال زاخر في تصريحات صحفية ان الزيارة  لا تعتبر تطبيعا حيث قال أنَّه من القواعد الأساسية أن يصلي على الأسقف في إيبارشيته، مشيرًا إلى أنَّ الأنبا إبراهام أوصى بأن يُصلى عليه في مكانه، ويتاح لرعيته ومن خدموا معه المشاركة في الصلوات.

وأوضح: "الأسقف يُصلى عليه ويدفن إيبارشيته، وإذا كانت له وصية بأن يدفن بمكان معين، فيدفن فيه مثلما أوصى البابا شنودة بدفنه بدير الأنبا بيشوي والبابا كيرلس في دير مار مينا".

وأوضح زاخر: "لا علاقة لقرار المنع الصادر سابقًا بهذه الزيارة، القرار صادر بحق الذين ينون السفر للتقديس في القدس من الأقباط المصريين في أسبوع الآلام وعيد القيامة، ولا تمتد آثاره خارج الكنيسة القبطية".

وذكر زاخر: "لم تعد قضية التطبيع مطروحة، وبخاصةً أنَّ رئيس فلسطين يطالب بدعم الفلسطنيين بدعوته الأقباط لزيارة القدس لمقاومة تهويد المدينة المقدسة"

وعن عودة سفر الأقباط بشكل عام للقدس، قال: "هذا الأمر يحتاج إلى لحظة ليست ضاغطة مثل لحظة رحيل المطران الآن، وأن يراجع هذا القرار وفقًا للقواعد الكنسية وليس السياسية إذا كنا جادين في المطالبة بفصل ما هو ديني عن ما هو سياسي".

في حين انتقد الكاتب الصحفي عبد الله السناوي القرار واعتبره سوف يتسبب في احتقان طائفي بين الأقباط والمسلمين في مصر 

وقال الحقوقي صفوت سمعان مدير مركز الارض لحقوق الانسان 

بعد زيارة البابا للقدس للتعزية في مطران القدس 

وبعد مطالبة الرئيس عباس للمصريين بزيارة القدس دعما لاقتصاد الفلسطينيين 

يكون قد انتهى عصر مقاطعة زيارة القدس لأسباب سياسية 

فمقاطعة الزيارة هو تدمير لاقتصاد فلسطينيي القدس

زيارة القدس ليس معناها تطبيع مع اسرائيل وانما اثبات ان القدس ملك للفلسطينيين 

طبعا المزايدون لن يسكتوا ولكن السؤال متي يزور المسيحيون القدس 

الدكتور جرجس يوسف استاذ  اللاهوت والابائيات  قال لقد أكد البابا تواضروس الثاني أن القضية الفلسطينية لها الأولوية في المنطقةوتحتل المرتبة الأولى على مستوى الفكر والعمل وأضاف خلال لقائه الرئيس الفلسطينى محمود عباس أبو مازن بالكاتدرائية اليوم: هناك ثلاث طرق لحل الخلافات بين الناس وبين الدول أيضا هي: الحوار والشجار والجدار وبالتأكيد فإن أفضلها الحوار.

وتابع البابا : ولنا رجاء أن يكون الغد أفضل من اليوم ، ونأمل أن تقود الجهود الدبلوماسية القضية الفلسطينية نحو حل جذري في القريب العاجل ، حتى اتمكن من اصطحاب فضيلة الإمام شيخ الأزهر ونزوركم بالقدسو من جانبه رد الرئيس عباس قائلا: زيارة القدس في كل الأحوال هي بمثابة دفعة قوية للشعب الفلسطيني، فالزيارة للسجين وليس للسجان وأضاف : إن عدم زيارة القدس يؤدي إلى تجفيف الاقتصاد الفلسطيني بينما الزيارة تمنحنا تعزيزا على مستوى البقاء والصمود.

   وها هو الأنبا تواضروس يزور  القدس رغم عدم زوال الجدار واستمرار الشجار لا بالحجر بل بالسكاكين والرصاص،  ورغم فشل الحوار، ترى لم كسر القاعدة وزار القدس رغم المنع  والحظر الذى فرضهما سابقه الانبا شنودة

      مجبر أخوك لا بطل، وعلى نفس القافية نقول إن الأنبا توضروس ورغم فشل الحوار واستمرار الجدار والشجار، زار القدس عشان المزار، لا مزار قبر قيامة المسيح، ذلك القبر الفارغ، بل مزار جثمان الراحل مطران القدس. .

وقال مينا ثابت عضو اتحاد ماسبيرو حول سفر بطريرك الكنيسة القبطية الارثوذكسية إلي القدس لحضور جنازة المتنيح الأنبا إبرام مطران القدس؛ البعض يراها بمثابة " الانقلاب " على قرار سالفه البابا شنودة؛ وآخرون يرونه نوعًا من التطبيع والخيانة ... إلخ 

رؤية:

1 - البابا تواضروس لم يذهب إلى القدس في نزهه أو لزيارة معالم سياحية ولا حتي دينية؛ لقد ذهب لتأدية شعائر دينية في ظرف خاص جداً ومحدد وهو وفاة مطران القدس وهو قيمة كبيرة جداً لدى الكنيسة القبطية الأرثوذكسية.

2 - قرار البابا شنودة بعدم الذهاب للقدس حتي تحريرها؛ كان قراراً سياسياً من الدرجة الأولى؛ له محدداته وظروفه ومضى عليه عقوداً من الزمن وأعتقد أنه أن الأوان لإعادة النظر فيه.

3 - لو كانت الكعبة في القدس؛ لحج إليها ملايين المسلمين من كل أنحاء العالم سنوياً؛ و اعتمر الملايين شهرياً؛ ولصدرت عشرات الآلاف من الفتاوى بجواز السفر لها وأداء فريضة الحج.

4 - من حق المسيحيين الذهاب للقدس؛ ومن حقهم أداء شعائرهم الدينية؛ ولا أحد يزايد عليهم؛ فبالأحرى لا أحد يزايد على بطريركهم.

لا يوجد لدينا أدنى مشكلة في السلام مع إسرائيل؛ علي أن يكون قائماً علي العدل ... أوربا والدول المتقدمة ها .. كانوا مقطعين بعض حروب والنهاردا مبقاش في مفهوم المواطن البريطاني و لا الفرنسي قد ما هو موجود " المواطن الأوربي" .. الناس دي عرفت تتوصل لصياغة تعيش فيها مع بعض بسلام.

في حين استنكر الكاتب والحقوقي جرجس بشرى الزيارة التي قام بها البابا تواضروس الثاني للقدس المحتلة بهدف حضور تشييع جثمان الانبا ابراهام مطران الكرسي الأورشليمي والشرق الادنى والمقرر لها السبت القادم ، وقال بشرى في تصريحات صحافيه له اليوم الخميس أن موقف الكنيسة القبطية الارثوذكسية الوطني واضح تجاه الكيان الصهيوني الغاشم المغتصب للاراضي الفلسطينية والذي يقتل بلا هوادة المدنيين العزل في فلسطين وغزة  وينتهك حرمة المقدسات الدينية والإسلامية وسط صمت دولي فاضح ، مؤكدا أن  البابا شنودة الثالث المتنيح دفع اثمانا باهظة بسبب اصراره على موقفه الرافض للتطبيع مع دولة إسرائيل المحتلة ودخل في مواجهات لا صعبة لا تحتمل مع السادات بسبب رفض لزيارة اسرائيل ، وانتصر في النهاية لانه كان مؤمنا بقضية إنسانية ، كما اصدار البابا شنودة الثالث كتيبا عن "موقف المسيحية من إسرائيل " واوضح بشرى أن خطورة زيارة البابا تواضروس للقدس المحتلة تأتي انطلاقا من رمزيتها ودلالاتها حيث انه يمثل اكبر رمز ديني للكنيسة القبطية الارثوذكسية والكرسي المرقسي حول العالم كله ، وكان له ان ينيب غيره من الاساقفة الاجلاء للقيام بهذه الزيارة ، خاصة وأن إسرائيل هي التي دبرت وما زالت تدبر ثورات الربيع العربي بهدف اسقاط الدول العربية وجيوشها الوطنية وخاصة الجيش الوطني المصري ، وقال بشرى أن موقفه الوطني ثابت ولن يتغير تجاه اسرائيل ككيان محتل مغتصب ، وانه ايضا يؤكد على وطنية الكنيسة القبطية الارثوذكسية والمواقف الراسخة للبابا تواضروس في دعم الدولة المصرية والجيش والشرطة وثورة 30 يونيو ، إلا انه يرفض شكلا وموضوعا هذه الزيارة وفي هذا التوقيت الحرج الذي يرى البعض انه يضفي شرعية لدولة اسرائيل المحتلة ، وطالب بشرى البابا تواضروس ان يعلنها صراحة من عمق القدس المحتلة رفضه التام لجرائم الاحتلال الإسرائيلي لفلسطين وان يدين بشدة في مؤتمر عاجل او بيان سريع جرائم دولة اسرائيل بحق الفلسطينيين العزل واستباحة المقدسات المسيحية والاسلامية ، وان يوضح في البيان او المؤتمر ان الكنيسة المصرية الوطنية ترفض التطبيع مع دولة إسرائيل الى ان تتخلى اسرائيل عن جرائمها بحق الفلسطينيين وتوقف مؤمراتها بحق العرب وجيوشهم الوطنية وان تعيد للاقباط حقهم في در السلطان  ووقتها سيصفق له الجميع  ، مؤكدا انه تحت اي حال من الاحوال لا مبرر على الاطلاق لهذه الزيارة في هذا التوقيت لان الحكمة تقتضى ذلك ، واوضح بشرى ان اسرائيل لو بادرت بالسلام مع العرب وتخلت عن احلامها الاستيطانية سنذهب جميعا مسلمين واقباط للقدس ، محذرا من تداعيات زيارة البابا تواضروس للقدس حاليا على الاقباط

الكاتب القبطي عادل جرجس قال لا يمكننا الحكم على ذهاب البابا الى القدس الان فمطران القدس الراحل  هو المتقدم فى الكرامة عن كل اباء المجمع المقدس ومن اللائق ان يرأس صلاة الجناز عليه البابا والمفترض ان البابا الهدف المعلن للكنيسة من زيارة البابا هو الصلاة على مثلث الرحمات المتنيح ولكن المستغرب هنا هو ان البابا يذهب الى القدس قبل موعد شعائر الجنازة بومين وهو ما يثير الشكوك عما سيفعله البابا فى هذين اليومين كما اننا لا نعرف الى متى يظل البابا فى القدس وما هى المقابلات التى سوف يجريها وكان الاحرى بالبابا ان يذهب صباح يوم الجنازة ويصلى على الانبا ابراهام ويعود فى نفس الطائرة التى اتى فيها، فلو أن الأمر اقتصر فقط على واجب العزاء كما قيل، فلمَ لم يكن السفر يوم السبت، الموعد المحدد للمراسم والصلاة؟

وقال البابا تواضروس الثاني  في كلمة له من القدس انه للمكانة الكبيرة التي يحتلها الانبا ابراهام كان لابد من رئاستى لوفد للصلاة علي جثمانه في القدس للدور الكبير الذي قام به الانبا ابراهام فكان الكل يحبه اليهود والمسلمون انا لا اعتبرها زيارة هذا واجب انساني ولمسة وفاء لرجل قدم  الكثير وان التقصير وعدم الحضور تقصير، حضوري له جانبان جانب التعزية وجانب شخصي لانه استقبلني عند دخولي الرهبنة في دير الانبا بيشوي وتعلمت منه الكثير روحه المرحه وطريقته في كسب  النفوس