ولد إبراهيم بن يعقوب بن علي بن تاج الدين بن حسين الزكزاكي في مايو 1953  في مدينة زاريا (zariya) شمال نيجيريا،. بدأ دراسته من مسقط رأسه ثم أكملها في المدن والبلاد الأخرى. 

جده الأكبر الملقب بالحسين فإنه كان عالم فقيه صالح تقي. هاجر من مملكة مالي في بداية القرن التاسع عشر الميلادي إلى بلاد الهوسا؛ بهدف الانضمام إلى صفوف المجاهدين الذين قاموا بقيادة الشيخ عثمان بن فودي من أجل تحقيق العدالة ورفع الظلم والقمع الذي يمارسه السلاطين والملوك على شعوب المنطقة.

وبعد انتصار المجاهدين بقيادة الشيخ المجاهد عثمان بن فودي (زعيم حركة الجهاد والإصلاح) عينه الشيخ بن فودي وزيراً ومستشاراً لمندوبه الشيخ موسي الذي حمل لواء الجهاد إلى سلطنة زكزو التي فتحها وأعاد الأمن والاستقرار إليها، ثم نشر العدالة بين شعبها حسب التعليم الإسلامي .

تصاهرت أسرتا الحسين وموسى حتى اختلطتا بمرور الزمن، وأصبحت كأسرة واحدة لا فرق بينها، واستمرت تتوارث الحكم والسلطة في زكزو جيلاً بعد جيل إلى يومنا هذا. 

بدأ دراسته بتعلّم القرآن صغيراً، كما درس مبادئ الفقه والعقيدة، وأكملهما في سن السادسة عشر من عمره.

التحق بمدرسة إعداد معلمي العربية سنة 1969 ميلادية، في مدينة زاريا نفسها . وبعد التخرج منها ترك مسقط رأسه لمدة خمس سنوات ما بين 1971 إلى 1975 إلى مدينة كانو Kano لمواصلة دراسته في مدرسة الدراسات العربية (School for Arabic studies SAS)، وإضافة إليها درس علوم السياسة والإدارة ليصبح من المتميزين الذين حصلوا علي شهادة (ADVANCED LEVEL G.C.E) والتي أهلته للالتحاق بكلية الاقتصاد في جامعة أحمد بلو زاريا (A.B.U ZARIA) أكبر جامعة نيجيريا آن ذاك، والتي تقع في مدينة زاريا؛ ليعود مرة أخرى إلى مسقط رأسه وليتخصص في الاقتصاد وذلك ما بين عام 1976الى 1979 ميلادي .

وكانت بداية نشاطه بعد أن تحولت الحركة الإسلامية في نيجيريا إلى هيئة مستقلة في أوائل 1980.

أصبح الأمين العام لميليشيا المنظمة الإسلامية في نيجيريا التي تطلق عليها إيران "حزب الله في نيجيريا" وينتمي لها عشرات الآلاف من الشيعة وبخاصة في مدينة زاريا بولاية كادونا.

واعتنق المذهب الشيعي وبدأ في نشره داخل البلاد، وقرأ الترجمات الإنجليزية للكتب الشيعية التي كانت توزعها سفارة إيران مجانا، وبدأ التشيع السياسي يظهر في نيجيريا بفضل مساعي الزكزاكي وعمله على نشره داخل البلاد، بعد أن قرأ تراجم إنجليزية لكتب شيعية كانت توزعها السفارة الإيرانية مجانا.

في 1980 سافر إلى إيران والتقى  المرشد الأعلى للثورة الإسلامية  السيد الموسوي الخميني مؤسس الجمهورية الإسلامية وقائد الثورة.

كانت الحكومة الإيرانية كرمت في شهر فبراير 2015، تزامنا مع الاحتفالات بالذكرى الـ36 للثورة الإيرانية، إبراهيم الزكزاكي، خلال فعالية حضرها عدد من كبار المسئولين الإيرانيين بينهم قادة الحرس الثورة الإيراني، حسب بعض المصادر ولفيف من رجال الدين. 

بحسب تقارير، فقد وصف الإعلام الإيراني، الزكزاكي بـ "زعيم شيعة نيجيريا"، كما أشارت العديد من وكالات الأنباء الإيرانية، إلى تأكيد زكزاكي، على التزامه بالمنهج الفكري للمرشد الإيراني علي خامنئي، هذا بالإضافة إلى تبعيته المطلقة للسياسات والقوانين الإيرانية، زاعما أن الثورة الإيرانية وأفكار المرشد السابق الخميني التزم بها الملايين.

الزكزاكي لا يخفي ولاءه للأيديولوجيا الإيرانية ولأفكار المرشد الأعلى؛ لذلك انطلق في المجاهرة بطموحاته السياسية من خلال المنظمة الإسلامية في نيجيريا التي تضم عشرات آلاف الأعضاء، والتي تسميها المصادر الإيرانية حزب الله في نيجيريا، وتعتبرها قراءات نيجيرية ميليشيا إسلامية مسلحة.

اعتقل الجيش النيجيري إبراهيم الزكزاكي في 12 ديسمبر 2015، بعد محاولة اغتيال قائد أركان الجيش.

وخرج عشرات الآلاف من أنصار الحركة الإسلامية في الأيام التي تلت المجزرة، وذلك في شوارع مدن: كانو، كادونا، باووشي، كاتسينا وغومبا احتجاجا على استشهاد وجرح مئات المدنيين واعتقال زعيم المسلمين من اتباع أهل البيت (ع) الشيخ إبراهيم زكزكي.