اختير للبطريركية بعد رحيل البابا ديسقورس (أول أكتوبر سنة 455 م.) وحلت به شدائد كثيرة في سبيل المحافظة على الإيمان الأرثوذكسي؛ حيث نفاه الملك لاون الكبير إلى جزيرة غاغرا Gagra بفلاغونيا ولبث في منفاه سبع سنوات إلى أن أعاده الملك لاون الصغير بكرامة عظيمة وقضي بقية أيامه في تثبيت المؤمنين على الإيمان المستقيم و جلس على الكرسي المرقسي واحد وعشرين سنة وعشرة شهور.

والتفاصيل عن حياته ليست كثيرة في المراجع المسيحية، وجاء فيها: 

فعندما علم الأساقفة الأرثوذكسيين بخير وفاة  البابا ديسقوروس بكوة بحرقة واستدعوا تيموثاوس، وكان متأصلًا أي من القائلين بوحدة المسيح الطبيعية وكان مركيان القيصر المحامي عن مجمع خلقيدون قد مات وتولى عوضًا عنه لاون الثراكسي.

فانتهز الأساقفة تلك الفرصة، وأسرعوا في تنصيب تيموثاوس على كرسي البطريركية في بابه سنة 195 ش. و457 م. في عهد ذلك القيصر وهذا البابا قال عنه يوحنا النيقاوى المؤرخ "إنه عاش عيشة صالحة بينما كان راهبًا في دير القلمون kalamwn بمديرية الفيوم، إلى أن تعين قسًا في كنيسة الإسكندرية، ثم خلف ديسقوروس وهو مثال التقوى والدين".

أما البابا تيموثاوس فاستمر مجاهدًا ضد أنصار المجمع الخلقيدونى الذين هددوا سلامة الكنيسة، فحرم جميع الكهنة الذين تبعوا بروتيريوس، وأصروا على التمسك بمبادئه. فرفع أولئك الكهنة المحرمون- وعددهم 14 من مائه أسقف وأكثر- شكواهم إلى القيصر وإلى بطريرك القسطنطينية ومع ذلك لم يستطيع القيصر أن يمد يده بسوء إلى بطريرك الإسكندرية خوفًا من هياج المصريين عليه.

وكادت الأمور تهدأ إلا أن أسقف رومية استمر في طغيانه واقتنع الإمبراطور بضرورة نفي بابا الإسكندرية فصدر الأمر لوالي الإسكندرية، فأسرع هذا الأمر ونفي تيموثاوس وأخاه اناطوليوس غاغرا Gagra سنة 460 م.

وبعد نفي هذا البابا انتخب الملكيون (أنصار خلقيدون) رجلًا يدعى تيموثاوس كان يلقب "صاحب القلنسوة البيضاء" قيل إنه ذا صفات حسنة استمال بها قلوب الشعب إليه مع أنهم كانوا يعتبرونه دخيلًا، ولكنه كان يذكر في القداس اسم البابا ديسقوروس الأمر الذي أساء أسقف روميه والإمبراطور وسرّ منه الأرثوذكسيين الذين كانوا يقابلونه بالتحية قائلين: "إننا وإن لم نقدر على انتخابك فإننا نحبك للغاية".

واستمر البابا تيموثاوس في منفاه هو وأخاه سبع سنوات وقيل إنه لما رجع البابا تيموثاوس الأرثوذكسي من النفي بأمر الملك لاون الثاني وعاد إلى كرسيه مرة ثانية، ثم رجع تيموثاوس صاحب القلنسوة البيضاء إلى ديره بدون أن يقاوم أقل مقاومة.

وصل البابا إلى الإسكندرية وعقد ومجمعًا سنه 468 م. حكم فيه برفض مجمع خلقيدون وأقرَّ التعليم بوحدانية السيد المسيح الطبيعة وصار مذهب الطبيعية الواحدة الديانة الأولى في المملكة واستمر البابا تيموثاوس في جهاده حتى توفي في 7 مسرى سنة 218 ش. و477 م.