بعد وفاة البابا يوحنا الأول تم اختيار البابا القديس الأنبا يوحنا الثاني البطريرك الثلاثون من باباوات الكرازة المرقسية. وكان قد ترهب منذ حداثته وأجهد نفسه بكل أنواع الجهاد وأقام في مكان منفرد، وزاد في نسكه وتقشفه فذاع صيته لعلمه وتقواه فاختير لبطريركية المدينة العظمي الإسكندرية في 3 بؤونه سنة 221 ش. (29 مايو سنة 505 م.) فكتب ميامر( شرح لقصص القديسين ) وعظات كثيرة وكانت الكنيسة في أيامه في هدوء وسلام وساعد على ذلك تربع الملك البار الأرثوذكسي أنسطاسيوس على أريكة الملك وكان يجلس على كرسي إنطاكية- سوريا - في ذلك الحين القديس ساويرس الذي كتب إلى الأنبا يؤنس رسالة في الاتحاد قال فيها: "إن المسيح إلهنا من بعد الاتحاد طبيعة واحدة مشيئة واحدة من غير افتراق. وإنه يؤمن بإيمان الأب كيرلس والأب ديسقورس".

ولما تلقى الأنبا يؤنس هذه الرسالة فرح بها هو والأساقفة ثم أرسل له جوابها برسالة مملوءة من نعمة الإيمان شاهده بوحدانية جوهر الله وتثليث صفاته وبتجسد الابن الأزلي بالطبيعة البشرية وأنهما بالاتحاد واحد لا اثنان ومبعدا كل من يفرق المسيح أو يمزج طبيعته وكذا كل من يقول: إن المتألم المصلوب المائت عن البشر إنسان: أو يدخل الآلام والموت على طبيعة اللاهوت وأن الإيمان المستقيم هو أن نعترف أن الله الكلمة تألم بالجسد الذي اتحد به منا ولما قرأها الأنبا ساويرس قبلها أحسن قبول وأذاعها في أنحاء كرسي إنطاكية وظل هذا البابا مهتما برعيته وحارسا لها ولقد وجه هذا البابا الجليل عنايته الخاصة إلى إعادة بناء الكنائس التي كان أنصار خلقيدون قد هدموها أو أصابوها بتصدع وإلى تزويدها بالأواني والملابس الكهنوتية. ولانه كان يفضل التقوي الرهبانية والتعبد لقب بيوحنا الحبيس وظل على كرسيه مدة عشر سنوات وإحدى عشر شهرًا وثلاثة وعشرين يومًا. ومات البابا يوحنا الثاني في السابع والعشرون من بشنس سنة 231 ش. سنة 517 م.