ولد محمد الأخضر بن الحسين بن علي بن عمر في مدينة نفطة بتونس في 26 رجب عام 1293هـ/ 16 أغسطس 1876م، وأصل أسرته من الجزائر، من عائلة العمري، من قرية طولقة (ببسكرة)، وهي واحة من واحات الجنوب الجزائري، وأصل أمه من وادي سوف بالجزائر أيضًا وأبوها هو الشيخ مصطفى بن عزوز وخاله الشيخ محمد المكي بن عزوز ولما جاء إلى مصر حذف "بن" من اسمه على الطريقة المشرقية، وغلب عليه الخضر عوضًا عن الأخضر، وتوفى يوم 13 رجب 1377 هـ /28 فبراير 1958م . وصلي عليه بالأزهر، وأجريت له المراسم الرسمية، ودُفِنَ في مقبرة آل تيمور، ليكون بذلك الشيخ الحادي والأربعين للجامع الأزهر على عقيدة أهل السنة. 

نشأ ببلدة نفطة بتونس وتعلَّم بها مبادئ القراءة والكتابة، وبعض الأدب والعلوم الشرعية، وبدأ وهو في سن 12 عامًا أن يقرض الشعر، ولما بلغ سن 18 عامًا انتقل إلى تونس العاصمة مع أسرته عام1305هـ-1887م والتحق بجامع الزيتونة ودرس هناك علوم الدين من تفسير وحديث وفقه وعقيدة وعلوم اللغة من نحو وصرف وبيان، على يد الشيوخ عمر بن الشيخ، ومحمد النجار وكانا يدرّسان تفسير القرآن الكريم، ومحمد المكي بن عزوز والشيخ سالم بوحاجب الذي درس على يديه صحيح البخاري، وقد تأثر به الخضر الحسين وبطريقته في التدريس واستمر في دراسته وفي عام 1995م - 1313هـ رحل إلى طرابلس الغرب واستقر بها، ثم عاد إلى تونس وظل يلقي دروسًا في جامع الزيتونة في العلوم الدينية مع المواظبة على حضور مجالس العلم والأدب المختلفة بجامع الزيتونة، حتى تخرج من الزيتونة عام 1316هـ/1898م وفي شهر محرم عام 1322 هـ / أبريل 1904م أنشأ مجلة "السعادة العظمى"، وهي أول مجلة عربية ظهرت في تونس، وكانت تصدر كل نصف شهر، ولم يصدر منها سوى 21 عددًا ثم انقطع صدورها، وكان يكتب بها أغلب مقالاتها. 

 وفي عام 1324هـ 1905م ولي قضاء بنزرت وقام بالتدريس في جامع بنزرت الكبير، ولكنه سرعان ما استقال منها وعاد إلى العاصمة تونس وتطوع للتدريس في جامع الزيتونة، ثم كلف بتنظيم خزائن كتب الجامع، وفي عام 1325 هـ 1905م شارك في تأسيس الجمعية الزيتونية، وعين في نفس العام مدرسا رسميا بجامع الزيتونة، وقام خلال هذه الفترة بالتدريس والخطابة في الجمعية الخلدونية والمدرسة الصادقية وكانت المدرسة الثانوية الوحيدة في تونس، وقام بإلقاء العديد من المحاضرات بها. 

ثم رحل إلى الجزائر وزار معظم مدنها ومنها العاصمة الجزائر وزار المساجد والمكتبات، وحضر بعض الدروس الدينية واللغوية، كما شارك في بعض المجالس الأدبية وألقى بعض الدروس الشرعية ثم عاد إلى تونس، وإلى التدريس بجامعها الزيتونة، وقد حاولت في هذه الفترة السلطات الفرنسية تعينه في المحكمة الفرنسية فرفض بشدة. 

وفي عام (1329 هـ 1910م) وجهت له السلطات الفرنسية تهمة روح العداء للغرب وخاصة سلطات الحماية الفرنسية، بعد أن هاجم إيطاليا وفرنسا وساند الدولة العثمانية وإيطاليا في حربها ضدهم، فأحس الشيخ بأن حياته وحريته في تونس معرضة للخطر فرحل إلى الشام واستقبل هناك استقبالاً حافلاً، وألقى دروسًا في الجامع الأموي في الحديث، واتصل بالعلماء والأدباء، وبقي شهرًا ونصفًا فيها ثم غادرها إلى بيروت في شوال عام 1330هـ/1912م، ثم غادرها إلى إسطنبول ليزور خاله محمد المكي بن عزوز الذي اتخذها موطنًا له، ولم يلقه منذ خمس عشرة سنة، وبقي فيها شهرين ثم غادرها إلى تونس، لكنه وجد أن الأمر ازداد تعقيدًا، فأزمع الهجرة نهائيا بعد أن بقي بها أسابيع قليلة ثم خرج منها نهائيًّا تاركًا زوجته التي رفض أهلها أن يأخذها معه، وكان ذلك في عام 1331هـ/ الموافق ديسمبر 1912م،و اختار دمشق موطنًا ثانيًا له، وسافر إليها عن طريق البحر، ومر بمالطة والإسكندرية ثم القاهرة وألقى درسًا في الأزهر، ثم ترك القاهرة إلى بورسعيد ثم إلى مدينة يافا وحيفا، وفي كل مدينة من المدن كان يزور الأدباء والعلماء ويطلع على الكتب ثم وصل دمشق ثم غادرها إلى الحجاز بالسكة الحديد للحج، وزار ألبانيا والبلقان، ثم ذهب إلى الأستانة (إسطنبول)، ثم وصل دمشق واستقر فيها بحي الميدان ببيت إخوته الذين سبقوه إلى هنالك ودرّس في دمشق بالمدرسة السلطانية، عام 1331هـ- 1912م. 

واستمر كذلك حتى سجنه جمال باشا السفّاح وإلى الشام العثماني عام 1335هـ/1915م، متهمًا إياه بالتآمر على السلطة الحاكمة، وبقي في السجن ستة أشهر وعقب خروجه عاد إلى التدريس بالمدرسة السلطانية والجامع الأموي ثم سافر إلى استانبول، واتصل بأنور باشا وزير الحربية، فاختاره محررًا عربيًا بالوزارة، أثناء الحرب العالمية الأولى، ومن هنالك أرسلته الدولة العثمانية إلى ألمانيا مع مجموعة من المشايخ لمدة 9 أشهر في مهمة سياسية تتمثل في تحريض المغاربة هنالك ضد الوجود الفرنسي في شمال إفريقيا وضد الإيطاليين في ليبيا، فبقي 9 أشهر تعلم فيها اللغة الألمانية واطّلع على عادات المجتمع الألماني، وشارك أثناء إقامته هناك في كتابة تقرير مفصل عن مطالب الشعب الجزائري والتونسي، وقد رُفع هذا التقرير إلى مؤتمر الصلح المنعقد في فرنسا وشارك عام 1336هـ/1917م في أفتتاح مسجد للجنود المسلمين في برلين، وألقى فيه محاضرة عن الحرية ولم يأكل أثناء إقامته في ألمانيا اللحم؛ لأن الألمان لا يذبحون بالطريقة الشرعية، وإنما يضربون الحيوان على رأسه حتى يموت أو يخنقونه وقد أُعجب بحب الألمان للعمل، وإقبالهم عليه والتقى هناك بزعماء الحركات الإسلامية وعلى راسه عبد العزيز جاويش، وعبد الحميد سعيد، وأحمد فؤاد ثم عاد إلى إسطنبول وبقي بها عدة شهور، ثم عاد إلى برلين ليقيم فيها سبعة أشهر أخرى إلى أن انتهت الحرب العالمية الأولى وسقطت إسطنبول بأيدي الحلفاء فعاد من هامبورج بألمانيا إلى إسطنبول بباخرة أقلّته ومن معه من العثمانيين، ومنها عاد إلى دمشق التي كانت قد خضعت للحكم العربي -بعد العثمانيين- بقيادة فيصل بن الشريف حسين وفي دمشق انضم إلى المجمع العلمي العربي عضوًا عاملاً، وعاد إلى التدريس بالمدرسة السلطانية، ودرّس لطلبته كتاب "مغنى اللبيب عن كتب الأعاريب" لابن هشام النحوي المعروف، وعندما تعرضت الشام للاحتلال الفرنسي، غادر دمشق وتوجه إلى مصر واستقر بها بسبب الاحكام الصادره ضده من الفرنسيين حيث حكموا عليه غيابيًا في تونس بالإعدام لاتهامه بالمشاركة في تحريض المغاربة بألمانيا وتركيا على الثورة ضد الفرنسيين في شمال إفريقيا.

 تلقى علومه الدينية والشرعية على يد عدد من العلماء منهم الشيخ محمد المكي بن عزوز الذي كان يرعاه ويهتم به، والشيخ سالم بوحاجب الذي كان من أعمدة الإصلاح في تونس، ودرس على يديه صحيح البخاري بالإضافة إلى الشيخ طاهر الجزائري ومحمد رشيد رضا والشيخ محب الدين الخطيب. 

تزوج الشيخ أربع مرات، مرة بتونس وقد ترك زوجه عند خروجه من تونس لرفض أهلها أن يصحبها معه، وتزوج في سوريا ثم طلق، ثم تزوج في مصر امرأة عاشت معه ثلاثين سنة ثم ماتت، فتزوج من امرأة من أهل زوجته المصرية ولم يرزق الشيخ بأولاد من أي من زوجاته.

تولى في تونس العديد من المناصب، منها:

1- منصب القضاء: تولى منصب القضاء في بلدة بنزرت، ولم يكن يريده لكن الشيخ محمد الطاهر بن عاشور أقنعه بالقبول واشتد عليه فيه، لكنه بقي أشهرًا قليلة ثم استقال.

2- التدريس والخطابة في جامع الزيتونة، والقيام على خزانة كتبه 

3- والتدريس في جامع الزيتونة الكبير، وكان له فيها دروس شرعية وأدبية.

4- عضوية الجمعية الزيتونية: كان عضوًا في الجمعية الزيتونية التي يرأسها الشيخ محمد الطاهر بن عاشور، وهي خاصة بمشايخ جامع الزيتونة.

5- التدريس بمدرسة الصادقية، وكانت الثانوية الوحيدة في تونس . 

رحل الشيخ من تونس إلى مصرعام 1339هـ/1920م، واستقر بها وعمل في البداية بالبحث وكتابة المقالات، ثم عمل محررًا بالقسم الأدبي بدار الكتب المصرية، بتوصية من أحمد تيمور باشا، وتقدَّم لامتحان شهادة العالمية بالأزهر، وعقدت له لجنة الامتحان برئاسة الشيخ عبد المجيد اللبان من علماء الأزهر، ومنحته اللجنة شهادة العالمية، وقال عنه رئيس اللجنة: "هذا بحٌر لا ساحل له، فكيف نقف معه في حِجاج". ثم بدأ في إلقاء المحاضرات والدروس في مساجد القاهرة، ثم أنشأ "جمعية تعاون جاليات إفريقيا الشمالية" التي تهتم بالمغاربة من الناحيتين الثقافية والاجتماعية، وذلك في عام 1342هـ/1924م، التي تحولت بعد 20عام إلى جمعية "جبهة الدفاع عن إفريقيا الشمالية" وفي عام 1346هـ/1928م شارك في تأسيس "جمعية الشبان المسلمين"، ووضع لائحتها مع محب الدين الخطيب ثم أنشأ "جمعية الهداية الإسلامية" مع بعض المشايخ منهم شيخ الأزهر محمد مصطفى المراغي، وذلك لمحاربة الانحلال الخلقي ومحاربة الفساد والإلحاد، والتعريف بالإسلام، والسعي لتوثيق الصلات بين الشعوب الإسلامية والسعي؛ لإصلاح شأن اللغة العربية وإحياء آدابها، وكانت مجلة "الهداية الإسلامية" الناطقة باسم الجمعية،، وقد تولى رئاستها بالإضافة إلى عضوية الشيخ على محفوظ، والشيخ عبد الوهاب النجار، وفتحت الجمعية فروعًا في مصر وسوريا والعراق ولكن توقف صدور المجلة بعد ذلك أثناء الحرب العالمية الثانية والتقى أثناء إقامته بمصر بالشيخ طاهر الجزائري ومحمد رشيد رضا والشيخ محب الدين الخطيب ثم اختير للتدريس في الأزهر الشريف، ثم اختير لتولي رئاسة تحرير مجلة الأزهر التي صدرت في بداياتها باسم "نور الإسلام" وذلك في عام 1349هـ/1931م، وتركها في عام 1935م بعد أربع سنوات وعمل بالتدريس بكلية أصول الدين عام 1932م ثم تولى رئاسة تحرير مجلة لواء الإسلام" عام 1366هـ/1946م ثم اختير عضوًا بـ"مجمع اللغة العربية الملكي" عند إنشائه سنة 1351هـ/1932م، واختير عضوًا بالمجمع العلمي العربي بدمشق، ثم اختير عضوًا لهيئة كبار العلماء عام 1370هـ/1950م عن رسالته "القياس في اللغة العربية". 

تولى مشيخة الأزهر خلال الفترة من (26 ذي الحجة 1371هـ/16 سبتمبر 1952م) وقام بالعديد من الإصلاحات بالأزهر الشريف، منها:

1- إرسال الوعاظً من الأزهر إلى السودان.

 وبقي شيخًا للأزهر لمدة عامين حتى استقال في 2 جمادى الأولى 1373 هـ /7 يناير 1954م) احتجاجاً على إلغاء القضاء الشرعي ودمجه في القضاء. 

 ويذكر حول هذه الواقعة أن وزير الأوقاف الشيخ الباقوري ذهب إلى مكتبه ليشرح له مواد القانون الخاص بإلغاء القضاء الشرعي ودمجه في القضاء فاستمع الإمام إليه، ثم قال للباقوري "يا أحمد، أتدري كم أنفق في اليوم؟". 

 فقال الباقوري "لا أدري يا مولاي!". 

فقال الشيخ: "ثمن رغيف واحد وكوب من اللبن هما غذائي طيلة النهار، يا أحمد، ضُم أوراقك فما أُحب أن أغضبك.

 وبعد يومين فوجئ الشيخ بجرائد الصباح تعلن أن الرئيس جمال عبد الناصر قبل استقالته، وهو لم يتقدم بها، فقبل بالأمر لأنه كان يرى إلغاء القضاء الأهلي وتثبيت الشرعي، وكان يقول: "إن الأزهر أمانة في عنقي أسلمها حين أسلمها موفورة كاملة، وإذا لم يتأتّ أن يحصل للأزهر مزيد الازدهار على يدي، فلا أقل من ألا يحصل له نقص".

 كان للشيخ العديد من المواقف الرافضة لبعض الأفكار المدنية، منها:

 رفض كتاب "الإسلام وأصول الحكم"

 عقب إسقاط الخلافة الإسلامية في عهد كمال أتاتورك، ألف الشيخ علي عبد الرازق كتابه "الإسلام وأصول الحكم"، الذي أكد فيه على أن سلطة الإسلام روحية فقط وليس للإسلام سلطة ودولة وهو ما أدى إلى فصله من هيئة كبار العلماء في محرم سنة 1344هـ/1925م، واتهم بالزندقة والإلحاد، وعندها رد عليه الشيخ محمد الخضر حسين بتأليف كتاب "نقض كتاب الإسلام وأصول الحكم"، وهو الذي نال به حظوة عند الملك فؤاد الأول وذاع صية الكتاب بين العلماء والأدباء والمفكرين والمثقفين، وقد أهدى الكتاب لخزانة الملك فؤاد.

 رفض كتاب طه حسين "في الشعر الجاهلي"

 اختلف الشيخ مع الدكتور طه حسين عندما ألف كتابه "في الشعر الجاهلي"، ورأى أن الكتاب به انحراف خطير واتباع لأقوال المستشرق الإنجليزي مرجليوث، وطعن في القرآن، ورد عليه بكتابه "نقض كتاب في الشعر الجاهلي"، الذي قال فيه " نهضت الأمم الشرقية فيما سلف نهضة اجتماعية، ابتدأت بطلوع كوكب الإسلام، واستوثقت حين سارت هدايته سيرها الحثيث، وفتحت عيون هذه الأمم في طريقة الحياة المثلي، سادت هذه النهضة وكان لها الأثر الأعلي في الأفكار والهمم والآداب ومن فروعها نهضة أدبية لغوية، جعلت تأخذ مظاهرها العلمية لعهد بني أمية، واستوت على سوقها في أيام بني العباس وتمتع الشرق بنهضته الاجتماعية والأدبية حقبا، ثم وقف التعليم عند غاية، وأخذ شأنا غير الشأن الذي تسمو به المدارك وتنمو به العقول، فإذا غفوة تدب إلى جفون هذه الأمم ولم تكد تستفيق منها إلا ويد أجنبية تقبض على زمامها والتفت الشرق إلى ما كان في يده من حكمة، وإلى ما شاد من مجد، وإلى من شب في مهده من أعاظم الرجال، أخذ ينظر إلى ماضيه ليميز أبناؤه بين ما هو تراث آبائهم وبين ما يقتبسونه من الغرب، ويشعروا بما كان لهم من مجد شامخ، فتأخذهم العزة إلى أن يضموا إلى التالد طريفا، وليذكروا أنهم ذرية أولئك السراة، فلا يرضوا أن يكونوا للمستبدين عبيدا" .

واعتبره الدكتور طه حسين هذا الكتاب من أهم الكتب في الرد على كتابه وأشدها حجة.

 الشيخ وتفسير "ابن خلدون " 

عندما كان الشيخ في ألمانيا حضر عند مدير الاستخبارات الألمانية وكان معه سكرتيره، وذلك أثناء سفرهم إلى قرية ألمانية، وفي نهاية الحديث سأله المدير: أليس كذلك يقرر ابن خلدون؟

فقال له: وماذا يقرر؟

قال: إن العرب لا يصلحون لملك، ولا يحسنون حكمًا للأمم.

فقال له: إنما خص ذلك بعهد الجاهلية، وقرر أنهم في الإسلام أحسنوا السياسة، وكان رده بذلك قويا مدير الاستخبارات الألمانية .

الشيخ ورفض الاستعمار الفرنسي 

 كان للشيخ موقف رافض للسلطات الفرنسية واحتلالها لتونس وعندما طلبت منه ان يكون عضوًا في المحكمة المختلطة وبها قضاة مسلمون وأجانب، رفض؛ قائلا "المحكمة تحكم بغير ما أنزل الله، وهي قائمة في ظل الاحتلال وستخدم مصالحه" وهاجم الاستعمار الفرنسي في تونس، في نادي قدماء مدرسة الصادقية الثانوية، قائلًا: "إن الأمة التي بُليت بأفراد متوحشة تجوس خلالها، أو حكومة جائرة تسوقها بسوط الاستبداد هي الأمة التي نصفها بصفة الاستعباد، وننفي عنها لقب الحرية".

الشيخ ورفض المساواة في الميراث 

 رفض الشيخ طلب أحد أعضاء مجلس الثورة مساواة الجنسين في الميراث، وكان له موقف حاسم عندما علم بذلك فقد أنذر عضو مجلس قيادة الثورة انه إذا لم يتراجع فسوف يلبس كفنه، ويدعو الشعب إلى زلزلة الحكومة والقيام عليها لاعتدائها على حكم من أحكام الله، فكف ذلك العضو عما نواه إليه من دعوة .

الشيخ والحفاظ على مكانة شيخ الأزهر 

 كان الشيخ حريصًا على الحفاظ على مكانة الأزهر وشيخه فحدث ذات مرة أن صلاح سالم عضو مجلس قيادة الثورة، اتصل به قائلًا: "يا شيخ، احضر غداً إلى بمكتبي لنتناقش في أمور تتعلق بالأزهر"، فما كان منه إلا أن قال له: "يا صلاح أفندي، شيخ الأزهر لا يذهب لأحد الإ لرئيس الجمهورية لأن له بيعة في عنقة، فإذا أردت شيئا مني، فاحضر إلى مكتبي". 

للشيخ العديد من الأشعار، منها: 

ما خَطْبُ قومٍ طالما وصـلوكِ

      واعتز باسمكِ عرشُهم هجروكِ 

حرسوك أحقابًا وحَلّق صيتهم

      في الخافقيـن لأنهم حرسـوكِ 

ومنه حين نصحه بعض أصحابه بالرجوع إلى الشام وترك مصر:

يقول: تقيم في مصر وحيدًا

      وفقد الأُنس إحدى الموتتين 

ألا تَحْدو المطية نحو أرض

      تعيـد إليك أنس الأُسرتين 

وعيشًا ناعمًا يدع البقـايا

      من الأعمار بِيضًا كاللُجين 

فقلت له: أيحلـو لي إياب

      وتلك الأرض طافحة بغَيْن 

وما غينُ البلاد سوى اعتساف

      يدنسها به خُرْق اليدين

كان للشيخ الخضر حسين العديد من المؤلفات، منها:

1- رسائل الإصلاح، 3 أجزاء.

2- ديوان شعر "خواطر الحياة".

3- بلاغة القرآن.

4- أديان العرب قبل الإسلام.

5- تونس وجامع الزيتونة.

6- تونس، 67 عاما تحت الاحتلال الفرنساوي 1881-1948.

7- حياة ابن خلدون ومثل من فلسفته الاجتماعية.

8- دراسات في العربية وتاريخها.

9- الرحلات.

10- الحرية في الإسلام.

11- الخيال في الشعر العربي.

12- آداب الحرب في الإسلام.

13- تعليقات على كتاب الموافقات للشاطبي.

14- نقض كتاب الإسلام وأصول الحكم.

15- نقض كتاب في الشعر الجاهلي.

16- عدد من البحوث والمقالات نشرت في مجلة الأزهر ونور الإسلام ولواء الإسلام والهداية الإسلامية.