وأصدر الخميني بعد انتهاء الحرب الإيرانية - العراقية فتوى بإعدام جميع أعضاء مجاهدي خلق الذين كانوا في السجون إذا أصروا على أفكارهم، وأمر في الفتوى ذاتها بتشكيل لجان لتنفيذ هذه الإعدامات، اللجان التي تحوّلت إلى لجان الموت.

 ومعظم أعضاء هذه اللجان هم الذين يسيطرون في الوقت الحالي على المناصب الرئيسة في نظام ولاية الفقيه، وكانت نتيجة عمل هذه اللجان إعدام أكثر من 30 ألفاً من السجناء السياسيين الذين كانت أغلبيتهم الساحقة من أعضاء مجاهدي خلق.

وتحيي قوى المعارضة الكردية الإيرانية، ذكرى سنوية لما تسميه "يوم الفاجعة" وإعلان المقاومة المسلحة، في إشارة إلى المجازر التي ارتكبتها، قوات الحرس الثوري بحق سكان المدن الكردية في إيران، تنفيذا للفتوى التي أطلقها الخميني.

واعتبرت الفتوى الأحزاب الكردية التي كانت قد حررت مدنها بعد سقوط نظام الشاه، "مرتدة" ينبغي تصفيتها، مما أسفر عن مقتل أكثر من 10 آلاف كردي مدني، تم إعدامهم في الشوارع دون محاكمات.

ويقول زعيم حزب سربستي الكردي المعارض، عارف باوجاني: "فتوى الخميني كانت ذات غايات طائفية ومذهبية، أراد من خلالها تأليب أبناء القوميات الأخرى ضد الكرد وقواهم السياسية، بعدما شعر بدورهم المؤثر في رسم المشهد السياسي المستقبلي للبلاد، وقد دشنت تلك الفتوى المشؤومة حربا طائفية بغيضة ضد شعبنا لازالت مستعرة، وحصدت أرواح عشرات الآلاف من أبنائنا، لذا فإن الحوار مع ذلك النظام، لن يجدي نفعاً".

ويرى الحزب الديمقراطي الكردستاني، الذي اغتال نظام الخميني زعيمه عبد الرحمن قاسملو، أن عدم توقيع نظام طهران على المواثيق الدولية، يحول دون تحريك دعاوى قضائية ضده في المحافل الدولية.

ووفق مصادر المعارضة الكردية، فإن حصيلة خسائر الأكراد من الصراع الدائر منذ أربعة عقود، قد تجاوزت 50 ألف قتيل.

وفي عام 2016 وجّهت الرئيسة المنتخبة للمقاومة الإيرانية مريم رجوي دعوة إلى حملة لمقاضاة المرتكبين، وإلى إكمال المعلومات حول الشهداء وجمع المعلومات عن المقابر الجماعية وعن أعضاء لجان الموت. وكانت نتيجة هذه الدعوة كشف مقابر جماعية جديدة في مختلف مناطق إيران وكذلك الكشف عن أسماء أكثر من ألف شهيد جديد في قائمة شهداء المجزرة، كما تم الكشف عن أسماء العديد من لجان الموت في مختلف محافظات إيران.

وتم الكشف عن شريط صوتي لآية الله منتظري الخليفة المعين للخميني آنذاك بشأن محضر اجتماع له مع أعضاء لجنة الموت في طهران العاصمة في العام 1988، حيث احتجّ آية الله منتظري على هذه الإعدامات ووصفها بـأكبر جريمة في تاريخ الجمهورية الإسلامية.