وسأل الشيخ الرئيس مرسي عن الشيعة فأجابه أن "الشيعة أخطر على الإسلام من اليهود".

ويتوازى مع هذا الأمر حالة عدم المواجهة من جانب الأزهر في مواجهة القنوات الدينية التي تبث بشكل يومي جميع أنواع التطرف الديني وهو ما أكدت عليه الدكتورة آمنة نصير استاذ العقيدة والفلسفة الاسلامية بجامعة الازهر  بقولها يجب أن يكون الخطاب الديني مستنيرا وناضجا ومتسامحا،  وأن هذه القنوات الدينية  لم تنفع الناس ولم يقدموا الإسلام بما يليق به وبالقيم الأخلاقية وعظمته في تربية المجتمع، ولكنهم استدعوا اسوأ المصطلحات وعرضوها على المجتمع بمنتهى العنف وعدم الاحترام، وأن غياب وتراجع دور الأزهر وتقاعسه وعدم تحمل مسئوليته، ترك الساحة لهم وأعطى الفرصة لهؤلاء والإناء الفارغ كما تقول الحكمة يمتلئ بأي شيء.

وعلى الرغم من مواقف الأزهر الإيجابية تجاه العديد من القضايا السياسية والدينية الشائكة، إلا أنه ومنذ اندلاع الثورات العربية وعلماء الأزهر يرفعون راية استقلال الأزهر الشريف عن الدولة،  بينما الواقع يؤكد على أن تعيين شيخ  يحد من استقلاله،  منذ اخضعه الرئيس الراحل جمال عبد الناصر لسلطة الدولة عام 1961م،  وكان شيوخ الأزهر  محسوبون على النظام دائمًا.  

ولا ينسى في عام 2007،  عندما أفتى شيخ الأزهر محمد سيد طنطاوي، الذي تولى المنصب لأكثر من عشر سنوات بأن الصحفيين الذين ينشرون شائعات عن صحة مبارك يجب أن يجلدوا 80 جلدة.