بالرغم من الإطاحة بسيطرة النهضة على المؤسسات التونسية، وإجراء انتخابات رئاسية وبرلمانية جديدة، عادت أزمة التعليم الزيتونى من جديد، في إطار محاولات استنساخ تجربة الأزهر وفق خطة وضعتها النهضة لإضعاف التعليم المدنى، وفرض نوع  جديد من التعليم الأزهري في المجتمع التونسي.

يصارع التعليم الزيتوني في تونس من أجل البقاء بعد أن احتدم الصراع بين السلطات التونسية والشيخ حسين العبيدي، إمام جامع الزيتونة، على خلفية قرار حكومي من قبل كل من وزارة التّعليم العالي والبحث العلمي، ووزارة التّربية، ووزارة الشّئون الدّينيّة بسحب وثيقة استئناف التّعليم الزيتوني، والتي تعود إلى 2012 وكانت بمثابة اتفاق بين تلك الوزارات وشيخ جامع الزيتونة تقضي بإعادة "التعليم الزيتوني"، ويعتبرها الشيخ العبيدي حكما رسميا، في حين ترى وزارة الشئون الدّينية أنها لا ترقى لأن تكون وثيقة قانونية وهي مجرد "وثيقة رمزية".

من جانبها أكدت وزارة الشئون الدينية، أن قرار سحب الوثيقة جاء متناغما مع القانون ومطبقا لمقتضياته باعتبار أن وزارة الشئون الدينية هي السلطة الوحيدة المؤهلة للنظر في جميع المسائل المتعلقة بجميع المساجد دون استثناء، وأن وثيقة استئناف التعليم الزيتوني هي وثيقة أدبية رمزية تشفع لاحقا بوضع برنامج كامل للتعليم الزيتوني وتنظيمه من قبل هيئة علمية يتمّ تكوينها بالاتفاق فيما بعد، ودون أن يترتّب عليها أي مفعول قانوني.

وقال رئيس ديوان وزير الشئون الدينية، عبد الستار بدر، إن جامع الزيتونة يلعب وظيفتين الأولى تعبدية شأنه في ذلك شأن بقية المعالم الدّينية والمساجد، وأخرى علمية وله في ذلك مشيخته والوزارة لا دخل في الجانب الثاني باعتبار أن القانون يسمح للوزارة بالإشراف على كامل المعالم الدينية وليس هناك استثناء في القانون، والإشارة إلى أن الوزارة طالبت أن يكتفي شيخ الجامع الأعظم بالمشيخة الدينية وأن يعيد الجامع إلى سلطة الإشراف ولكنه أبى وتجرأ وتهكم على الوزراة.

ويري مراقبون أن العبيدي المعزول من إمامة جامع الزيتونة لا يتوقف عن إثارة الجدل في صراعه مع مؤسسات الدولة التي تعنى بشئون الدين والتربية والتعليم، ويريدها أن تفتح أمامه الأبواب لبناء تعليم زيتوني جديد يدرّس الفقه والطب والهندسة والفيزياء والرياضيات والعلوم الطبيعية، وهو توجه يلقى معارضة كبيرة في تونس بسبب مخاوف مما يخبئه برنامج العودة إلى الماضي من مخاطر على العملية التربوية والتعليمية، وعلى طبيعة الدولة المدنية التي تأسست في البلاد بعد الاستقلال.

ويتهم معارضون له بأنه يريد استنساخ تجربة الأزهر في تونس دون مراعاة للفوارق والخصوصية المصرية، مستفيدا من خطة أقرتها حكومة حركة النهضة الإسلامية للالتفاف على التعليم المدني، وتشجيع شبكات التعليم الديني الموازي بما يسهّل عليها السيطرة على عقول الشباب، في الوقت الذى يتساءل فيه الخبراء عن المقاييس التي سيتم وفقها تدريس العلوم الصحيحة في التعليم الزيتوني، وهل سيعود المشرفون عليه إلى تدريس مواد من القرون القديمة أم سيستنسخون البرامج الرسمية الحالية، وقيمة الشهادات العلمية التي يمكن أن يصدرها وفائدتها للطلبة إذا كان التعليم الموازي ليس تحت سيطرة الدولة، لافتين إلى أن أكثر المخاطر تأتي من نوايا المشرفين عليه وضرر فتح التعليم للحسابات السياسية والتمويل المشبوه.