بدلا من مناظرة الباحث إسلام البحيري في آرائه التي ينشرها عبر الفضائيات والوسائل الإعلامية المختلفة حول السنة النبوية وبعض التفسيرات التي يطلق عليها في كثير من الأحيان أنها شاذة، ولا تليق بمكانة الإسلام ورقيه، قامت مؤسسة الأزهر بمهاجمته على المستوى الشخصي وطالبت هيئة الاستثمار بوقف برامجه وعدم إذاعتها، فقد قال الأزهر الشريف: "إن المؤسسة تابعت ببالغ الاهتمام الهجمات الشرسة والمضللة التي يتبناها بعض الإعلاميين ضد ثوابت الدين والتراث الإسلامي وفقهاء الأمَّة". 

وأضافت مؤسسة الأزهر في بيان لها، أنها تلقت شكاوى عديدة من كثير من المواطنين حول ما دأب عليه بعض الإعلاميين من الهجوم الدائم على ثوابت الدين الإسلامي، خصوصًا ما يقدم إسلام البحيري، عبر برنامجه (مع إسلام) المذاع في قناة "القاهرة والناس".

وأضاف البيان أن الأزهر يحافظ على الدين الإسلامي من التشكيك والتشويه، مؤكدًا أنه في إطار قيام الأزهر بالحفاظ على الدين الإسلامي من التشكيك والتشويه، وعدم السماح بأن ينال أحدهم من صورة الإسلام، أو أن يعبث بعقول الشباب، فقد تقدم الأزهر الشريف بشكوى إلى المنطقة الحرة الإعلامية بالهيئة العامة للاستثمار ضد البرنامج المذكور، لما يمثله من خطورة في تعمده تشكيك الناس فيما هو معلوم من الدين بالضرورة، بالإضافة إلى تعمُّقه في منُاقضة السَّلم المجتمعي، ومُناهضة الأمن الفكري والإنساني، مما يجعل البرنامج يمثل تحريضاً ظاهراً على إثارة الفتنة وتشويه للدين، ومساسا بثوابت الأمَّة والأوطان وتعريض فكر شباب الأمة للتضليل والانحراف. 

وأشار الأزهر الشريف في بيانه، إلى أنه هو المرجع الوحيد في الشئون الإسلامية وفقاً للدستور، وهو الهيئة العلمية الإسلامية التي تقوم على حِفظ التراث الإسلامي ودراسته وتجليته للناس كافَّة، وتحمُّل أمانة توصيل الرسالة الإسلامية إلى كل شُعوب المعمورة، وتعمل على إظهار حقيقة الإسلام السَّمحة، مطالبًا هيئة الاستثمار باتخاذ إجراءاتها لإيقاف البرنامج.

وتابع البيان، "وقد علم الأزهر الشريف أن الهيئة العامة للاستثمار والمناطق الإعلامية الحرة ناقشت الشكوى المقدمة من الأزهر وبصدد اتخاذ إجراءات بإنذار القناة بوقف البرنامج". 

وأكد الأزهر أن علماءه قد سبق وأن فندوا كل الادعاءات الباطلة المثارة إعلاميا حول الدين والتراث الإسلامي والسنة النبوية، ولكن للأسف لم يجد الأزهر أبدًا اهتمامًا كافيًا في نشر ردوده الشرعية التي دحض فيها هذه الادعاءات بالحجة والبرهان في وسائل الإعلام، مما اضطر الأزهر الشريف لاتخاذ الإجراءات القانونية لمنع هذه المهاترات وحماية شباب الأمة من التضليل والخداع.

وبغض النظر عن اتفاقنا أو اختلافنا مع إسلام البحيري فيما يقدمه، فمن الأولى أن تقوم مؤسسة الأزهر بمناقشته وتفنيد ما يقدمه بأساليب علمية ترتقي بمكانة الأزهر التاريخية وقيمته العلمية، ولكن من الواضح أنه لضعف مؤسسة الأزهر والقائمين عليها من ناحية ومن ناحية أخرى عدم إيمان مؤسسة الأزهر بلغة الحوار في حل القضايا الخلافية، فالأزهر الآن ليس أزهر محمد عبده ولا محمود شلتوت أو المراغي والذي كان سباقا للتنوير والتقدم، بل تراجع الأزهر عن مسئولياته تجاه قضايا التنوير، ليس هذا فحسب بل أصبح من أشد المحاربين للتنوير ورجاله، وليس بعيدا عن الذهن تلك الفتاوى الأزهرية التي قتلت فرج فودة، وفرقت نصر أبو زيد عن زوجته ونفته خارج البلاد، فالمؤسسة الأزهرية تستخدم سلطاتها لمنع صوت تنويري من الظهور، بينما في المقابل تطلق أيدي الدعوة السلفية ورجالها في مساجد النجوع والكفور ينشرون الفكر الوهابي، ويستخدمون المنابر لنشر أفكار التطرف والفتنة الطائفية.

أي أزهر هذا الذي لا يستطيع الرد على إسلام البحيري إن كان يمتلك الحجة القوية، وإن ما يقوله إسلام البحيري غير صحيح؟ ومن ناحية أخرى فلينظر الأزهر في مناهجه الدراسية والتي تناولناها هنا في أكثر من مرة بالتحليل وتبيين أن تلك المناهج أنما هي تجعل المعاهد الأزهرية مصانع لإنتاج الدواعش، فتلك المناهج التي يقدمها الأزهر، ويتم تمويلها من أموال دافعي الضرائب انما هي تنتج لنا قنابل موقوتة بالفعل، فلا نخشى على إسلامنا من إسلام البحيري وغيره من المنادين بالتنوير بينما نخشى على الإسلام حقا من هؤلاء الذين ينشرون نظرة أحادية، ويدعون امتلاكهم الحقيقة وحدهم وأنهم المتحدثون الوحيدون باسم الإسلام، وأخيرا يا شيخ الأزهر الإسلام ليس ملكا لأحد.