تعد أسرة معمر القذافي أحد الأهداف التي تسعى جماعة الإخوان الإرهابية في ليبيا إلى القضاء عليها؛ وذلك بسبب التاريخ الدموي بين الجماعة ونظام القذافي، في محاولة منها للثأر؛ لما شهدته عقب قيام ثورة الفاتح؛ حيث أصدرت محكمة استئناف طرابلس التابعة للحكومة الموازية الموالية لجماعة الإخوان المسلمين، اليوم الثلاثاء 28 يوليو 2015 حكمًا بإعدام سيف الإسلام رميًا بالرصاص.

وتعترض حكومة طبرق المعترف بها دوليًا على محاكمة سيف الإسلام القذافي في طرابلس، إذ تعتبر أن المحاكمة "غير قانونية" بسبب عقدها في مدينة خارجة عن نطاق الدولة.

في موازاة ذلك ناشد وزير العدل في طبرق المبروك قريرة، المجتمع الدولي عدم الاعتراف بهذه المحاكمات وكشف أن القضاة بالمحاكم في مدينة طرابلس يعملون تحت تهديد السلاح، ويخشون القتل والخطف من جانب الميليشيات.

ومنذ اندلاع ثورة فبراير، ويقود إخوان ليبيا العديد من العمليات الإرهابية ضد المجموعات الموالية لنظام القذافي.

يأتي ذلك فيما اتخذ القذافي موقفًا عدائيًا من الإخوان، فمنذ قيام ثورة الفاتح عام 1969، وخلع الملك إدريس السنوسي، وإعلان الجمهورية الليبية، تولى معمر القذافي الحكم، واتخذ موقفاً عدائيًا من "الإخوان" وقلب لهم تخطيطاتهم رأسًا على عقب، على الرغم من مشاركتهم في الوزارات المختلفة التي شُكلت حتى العام 1973، ولكن في العام نفسه، قبض على قادة الإخوان وسرعان ما ظهروا تليفزيونيا وأعلنوا عن حل الجماعة.

واستمرت حكومة القذافي في مراقبة جميع حركات الإسلام، لضمان خلو الحياة الدينية من أي بعد سياسي، من خلال مراقبة المساجد وانتشار ثقافة المراقبة الذاتية بشكل عام، مع بقاء كل من رجال الدين وأتباعهم في حدود الخطوط الآمنة من الممارسات المقبولة، إلى درجة أن المساجد الموقوفة من قبل أسر بارزة قد امتثلت بشكل عام لتفسير الإسلام الذي أقرته الحكومة.

وسرعان ما ارتد الإخوان إلى التنظيم السرى مرة أخرى وعانوا من التهميش والعزلة في عهد القذافي، وكان الخبر الوحيد الذي تم نشره عن الإخوان المسلمين في التليفزيون الرسمي الليبي في منتصف الثمانينيات، عندما عُلقت جثثهم في أعمدة الإضاءة، ووصفوا آنذاك بأنهم زنادقة منحرفون، وهي الواقعة التي هرب بعدها الكثيرون منهم إلى الولايات المتحدة؛ حيث أصدروا مجلة "المسلم" عام 1982، وحين حاول بعض الأعضاء العودة لليبيا لإعادة بناء الجماعة هناك، كان مصيرهم إما السجن أو الإعدام، وكان مصير عديد من قادتها السجن أو المنفى.

في عام 1991م أجريت انتخابات لاختيار مجلس للشورى، ومن بين أعضائه، يختار المجلس المراقب العام. وعمل الإخوان على جمع بعض الأموال لمساعدة الفقراء، وشنت السلطات الأمنية اعتقالات واسعة في عام 1995، شملت عدة تنظيمات، لكن التنظيم ظل يعمل سرًّا حتى اكتشف عام 1998 إذ اعتقل أكثر من مائة وخمسين من قياداتهم كان أغلبهم من أساتذة الجامعات والأطباء والمهندسين فيما تمكن عشرات آخرون من الفرار خارج البلاد.

وفي 16 فبراير من العام 2002 أصدرت محكمة الشعب الخاصة التي شُكلت لمحاكمتهم حكمها بالإعدام على المراقب العام للإخوان المسلمين في ليبيا الدكتور عبد القادر عز الدين أستاذ الهندسة النووية في جامعة الفاتح ونائب المراقب العام الدكتور سالم أبو حنك رئيس قسم الكيمياء بكلية العلوم جامعة قار يونس في بني غازي، فيما حُكم على ثلاثة وسبعين متهما منهم أعضاء من مجلس الشورى بالسجن المؤبد، ولكنهم هربوا إلى الخارج.

الإخوان المسلمين في ليبيا تم اعتبارهم من قبل العديد من المصادر كحلفاء للنظام الليبي من خلال علاقتهم الطيبة بسيف الإسلام معمر القذافي، وفي بداية عام 2000م تغير موقف الإخوان داخل ليبيا من العداء لنظام القذافي إلى المهادنة، حيث تعاونوا مع سيف القذافي حين طرح مشروعه الإصلاحي عام 2005.

وفى أعقاب ثورة 17 فبراير عام 2011 ضد نظام معمر القذافي، بدأ الإخوان ينتعشون، وأظهروا أنفسهم أمام الجميع وعلى الملأ، واستفاد إخوان ليبيا من تجارب نُظرائهم بمصر، حيث شكلوا خلايا في كل من جربة وبنغازي والقاهرة، ثم دخلوا عبر بوابة المجلس الوطني الانتقالي، وسيطروا على الحكومة.

وسعوا آنذاك للقضاء على رموز وبقايا نظام القذافي، لعدم عودتهم إلى المشهد السياسي مجددًا في ظل الصراع على السلطة في البلاد.