عقب اندلاع الأزمة السورية نهاية 2011، واتخاذ حركة المقاومة الإسلامية (حماس) موقفًا داعمًا للمظاهرات التي خرجت ضد نظام الرئيس السوري بشار الأسد، بل ودعم الفصائل المسلحة ضد الجيش العربي السوري- توترت علاقات الحركة مع سوريا، حتى وصلت إلى القطيعة التامة، وشبه قطيعة بينها وبين إيران، وحليفها "حزب الله" اللبناني، حيث قدم القيادي بالحركة إسماعيل هنية الدعم المعنوي للثوار السوريين حينما حيا ثوار سوريا من الأزهر الشريف، ولم يكن يُخفي ذلك في خطاباته خاصةً التي كان يلقيها في المساجد.