وتدهورت العلاقة بين القاهرة وحركة "المقاومة الإسلامية حماس"، على خلفية إصرار الأخيرة عدم ضبط الحدود مع مصر والسيطرة على الأنفاق الحدودية، خاصة أن تحريات أمنية أكدت دعم الحركة للجماعات الإرهابية عبر تسهيل حركتهم في الأنفاق الحدودية التي تعتبر المورد الرئيس للجماعات الإرهابية حيث تسهل حركتهم في الانتقال بين القطاع وسيناء، فضلاً عن استخدام تلك الجماعات الأنفاق في إدخال المواد المتفجرة إلى سيناء.

كما طلب القاهرة مع حركة "حماس" تسليم قائمة بمطلوبين أمنياً لضلوعهم في عمليات إرهابية في القاهرة، إلا ان الحركة أبت تسليمهم للقاهرة، كما طلبت القاهرة من "حماس" عدم تنفيذ أجندة تنظيم جماعة "الإخوان" الذي أدرجه القضاء المصري إرهابياً أواخر ديسمبر 2013، لكن الحركة دائماً ما أصرت على استفزاز القاهرة بمسيرات مدججة بالسلاح ورفعت شعارات مؤيدة لـ"الإخوان".

ورغم أن حركة "الجهاد الإسلامي" في فلسطين قد تدخلت لإنهاء التوتر بين "حماس" والقاهرة، وبالفعل نجحت في ذلك إلى حد ما، لكن الأمور لم تعد إلى ما كانت عليه في الماضي، حيث تمكنت الحكومة المصرية من الطعن على حكم محكمة "الأمور المستعجلة" بإدراج حركة "حماس" إرهابية.

القرار المصري بإلغاء زيارة نتنياهو، جاء بعد أيام قليلة من كلمة الرئيس عبدالفتاح السيسي أمام مجلس النواب، حيث أكد فيها أن مصر ماضية في استثمار علاقات الصداقة والانفتاح على العالم من أجل خدمة قضايا السلام والأمن لتحقيق الاستقرار والتنمية فهذه رسالة مصر إلى العالم دوماً رسالة سلام ومحبــــــــة، وقال: "لن نألو جهداً في السعي نحو التوصل إلى تسوية سياسية للأزمات في سوريا وليبيا واليمن  وتحقيق السلام العادل والشامل للقضية الفلسطينية التي كانت ومازالت قضية شعب مصــــر".

وبينما، ذكر موقع "أروتش شيفا" الإسرائيلي، أن الحكومة المصرية غير راضية عن تصريحات وزير الطاقة، عندما قال "إغراق الأنفاق بالمياه هو الحل الأمثل للمشكلة الأمنية، ولكنه ليس حلا جيدا فيما يتعلق بالحدود التي تمتد لنحو 60-70 كيلومترا، وإذا كانت إدارة السيسي قد قامت بذلك الأمر، فلأننا فقط قد طالبناه بذلك"، أكد المتحدث باسم رئيس الحكومة الإسرائيلية أوفير جندلمان، أنه لم تكن هناك زيارة مقررة لنتنياهو إلى مصر على الإطلاق.