نال هذا البابا شدائد كثيرة بسبب المحافظة على الإيمان المستقيم. في أيامه حضر إلى الديار المصرية القديس ساويروس بطريرك أنطاكية هربًا من الاضطهاد... وتجول الاثنان في البلاد والأديرة يثبتان الشعب على المعتقد الأرثوذكسي.  ولأنه لم يوافق الملك هرقيان على قوانين المجمع الخليقدوني فقد نفاه عن كرسيه، وفي يوم نفيه عارض المؤمنون في تنفيذ الأمر فقتل منهم بأمر الملك نحو مئتي ألف نفس. توفي بعد أن أقام على الكرسي المرقسي 17 سنة. وكان جلوسه على الكرسي سنة 511 م، وقد نالت هذا الأب شدائد كثيرة بسبب المحافظة على الإيمان المستقيم. وحضر في أيامه القديس ساويرس بطريرك انطاكية – سوريا - إلى الديار المصرية هربًا من الاضطهاد. وتجول الاثنان في البلاد والأديرة يثبتان الشعب على المعتقد الأرثوذكسي. ولأنه لم يوافق الملك مرقيان على قوانين المجمع الخليقدوني، فقد نفاه عن كرسيه. وفي يوم نفيه عارض المؤمنين في تنفيذ الأمر، فقتل منهم بأمر الملك نحو مئتي ألف نفس. وقد تنيَّح هذا الأب في المنفي هو والقديس ساويرس الأنطاكي بعد أن أقام على الكرسي المرقسي 17 سنة صلاته تكون معنا. ولربنا المجد دائمًا أبديًّا آمين.

وتقول كتب الكنيسة عنه إنه اختير للكرسي البطريركي في هاتور سنة 244 ش. وسنة 520 م. في عهد أثناسيوس قيصر، وكان من المتمسكين بوحدة المسيح الطبيعية والمتعصبين ضد مجمع خلقيدون نظير ساويرس بطريرك إنطاكية وقد سار الأنبا تيموثاوس على منوال سلفائه بأن أرسل رسالة الشركة إلى أخوته أساقفة الشرق وقد ضمنها رسالة خاصة بعث بها إلى الحبر الجليل الأنبا ساويرس أسقف إنطاكية، فردوا عليه جميعًا معلنين اغتباطهم بدوام السلام والألفة بينهم.

وفي ذلك الوقت توفي أثناسيوس القيصر المؤمن وأقيم بعده رجل رديء من أنصار مجمع خلقيدون اسمه يوستنيوس سنة 527 م. فلما جلس على الكرسي القيصري بذل جهده ليعيد كل المؤمنين الأرثوذكسيين وبالأخص المصريين إلى اعتقاد مجمع خلقيدون، فشرع في عقد مجمع بالقسطنطينية دعى إليه جميع الأساقفة وبالأخص البابا تيموثاوس بطريرك الإسكندرية والأنبا ساويرس إنطاكية فأما البطريرك الإسكندري فلما كان يعلم غرض القيصر السيئ أبي قبول هذه الدعوة، واستمر في مركزة مدبرًا رعيته فهاج القيصر وأمر بالقبض عليه ونفاه لمدة ثلاث سنوات.

وأما الأنبا ساويرس بطريرك إنطاكية فانه قبل دعوة القيصر لحضور المجمع في القسطنطينية وذهب إليه ومعه بعض الأساقفة وطلب بتحريم المجمع الخلقيدوني فأمر القيصر بسجنه وأقيم مكانه رجل خلقيدوني يدعى بولس وبعد سنتين أفرج عن الأنبا ساويرس الأنطاكي فهرب من القسطنطينية إلى مصر فقابله البابا تيموثاوس بكل احترام واتحدا في مقاومة رجل من القسطنطينية يدعى يوليانوس الذي أخذ في نشر بدعة أوطاخي.

واستمر البابا تيموثاوس بطريرك على كرسي الإسكندرية سبع عشرة سنة ثم تنيَّح بسلام في الثالث عشر من شهر أمشير سنة 260 ش. وسنة 536 م.