حصل علي بكالوريوس الطب والجراحة من جامعة المنصورة في عام 1986

أكمل دراسته في مجال الدراسات العليا وبدأ في دراسة زمالة المخ والأعصاب إلا أنه انشغل حينها بأعماله التجارية ولم يحصل عليها حتي الآن.

تعرَف علي جماعة الإخوان المسلمين أثناء دراسته في جامعة المنصورة

ترأس اتحاد طلاب جامعة المنصورة في منتصف الثمانينيات

اعتقل بسبب نشاطه الإخواني أربع مرات

في عام 1995 على خلفية الانتخابات البرلمانية، ومكث بالمعتقل شهرين

أعيد اعتقاله عام 2005 قبيل الانتخابات البرلمانية، وظل في السجن ثلاثة أشهر.

اعتقل ضياء الدين فرحات سنة 2006 في قضية المحاكمة العسكرية التاسعة لقيادات الإخوان المسلمين المرقمة بـ 2 لسنة 2007 وحكم عليه بالسجن لمدة ثلاث سنوات

اعتقل في أوائل عام 2007 في قضية المحاكمات العسكرية التاسعة لقيادات جماعة الإخوان المسلمين، وحقق معه باعتباره مسئولاً عن لجنة البر في جماعة الإخوان المسلمين

بدأت نيابة الأزبكية، برئاسة المستشار محمد حتة، 28/12/2013 التحقيق مع القيادي الإخواني ضياء الدين فرحات مدير مكتب التنسيق للرئيس السابق محمد مرسي، لاتهامه بالتحريض علي أحداث اشتباكات مسجد الفتح و التعدي علي قسم الأزبكية.

و كانت قوات الأمن قد ألقت القبض علي المتهم منذ أيام لاتهامه بالتستر علي هشام قنديل رئيس مجلس الوزراء السابق، وأخلت نيابة الهرم سبيله علي ذمة التحقيق في تلك القضية.

وفي 9 يناير 2014 وإعمالًا بقرار حظر أنشطة جماعة الإخوان المسلمين والتحفظ على أموال قياداتها السائلة والمنقولة والعقارية والمصرفية والودائع البنكية، بناءً  على الخطاب المُرسل من مدير قطاع الرقابة والإشراف بالبنك المركزي المصري إلى رئيس مجلس إدارة البنك، الخاص بطلب لجنة اتخاذ إجراءات تنفيذ حكم محكمة القاهرة للأمور المستعجلة، الذى انتهى إلى حظر أنشطة الإخوان المسلمين بجمهورية مصر العربية، وأي مؤسسة متفرعة منها أو تابعة لها والتحفظ على أموال أعضائها العقارية والسائلة والمنقولة، ويتضمن الخطاب 572 اسمًا.

وأشار الخطاب إلى أن الحكم تضمن تشكيل لجنة مستقلة من مجلس الوزراء لإدارة أموال الجماعة استنادا إلى الحكم الصادر في الإشكال المقدم من الجماعة على حكم محكمة الأمور المستعجلة، والذى قضى بالاستمرار في تنفيذ الحكمين.

وأضاف الخطاب أن المستشار مساعد أول وزير العدل، رئيس لجنة اتخاذ إجراءات تنفيذ الحكم، أرفق 31 كشفا بأسماء عدد من الافراد البارزين ماليا وعقاريا ذكر أنهم ينتمون الى جماعة الإخوان المسلمين مطالبا باتخاذ اللازم نحوهم من منعهم من التصرف في ممتلكاتهم العقارية والمنقولة والسائلة، وكذا جميع حساباتهم المصرفية والودائع والخزائن المسجلة بأسمائهم. وكان من بينهم ضياء الدين فرحات.

والدكتور ضياء فرحات أحد أعضاء الفريق الرئاسي أيضًا بالاتحادية حيث شغل منصب سكرتير الهيئة الاستشارية ولم يكن أحد يشعر بوجوده أو دوره دخل القصر إلا عندما تفجرت أزمة إقالة الدكتور خالد علم الدين المستشار السابق لمرسي، والمنتمي إلى التيار السلفي والذي أكد علم الدين انه كان يقوم بالتواصل مع الهيئة الاستشارية نيابة عن مرسي.