أعلن يوم 21 يناير 2012 أنّه يعتذر عن عدم الاستمرار في مهام منصبه كأمين عام لحزب الحرية والعدالة في حال انتخابه لرئاسة مجلس الشعب، وقُبلت استقالته، وانتُخِبَ رسميًا في الجلسة الافتتاحية للمجلس يوم 23 يناير 2012.

بعد قرار المحكمة الدستورية بحل مجلس الشعب، تم انتخاب الكتاتني رئيسا لحزب الحرية والعدالة في 19 أكتوبر 2012، وفي أعقاب تظاهرات 30 يونيه تمت دعوته لحضور الخطاب الذي ألقاه الفريق السيسي في 3 يوليو 2013، الذي يمثل خطاب عزل محمد مرسي إلا أنه رفض ذلك.

رئيس حزب الحرية والعدالة

رئيس الجمعية التأسيسية للدستور المصري التي تم تشكيلها من التيار الاسلامي، وتم انتخابه يوم الأربعاء 28 مارس 2012 بأغلبية الأصوات

رئيس مجلس الشعب المصري (دورة 2012)، وحصل على 399 صوتًا بفارق 312 صوتا عن أقرب منافسيه عصام سلطان وذلك في يوم الاثنين 23 يناير 2012

عضو مجلس الشعب المصري (دورة 2012)

تمثيل البرلمان المصري في اتحاد البرلمان الدولي بنيروبي كينيا 2006.

تمثيل البرلمان المصري في مؤتمر برلمانات الدول الأعضاء في منظمة المؤتمر الإسلامي.

تمثيل البرلمان المصري في الاتحاد البرلماني العربي.

عضو سابق بمكتب إرشاد الإخوان المسلمين (26 مايو 2008 - 6 يونيو 2011)

المتحدث الإعلامي باسم الجماعة سابقا (27 يناير 2010 - 6 يونيو 2011)

رئيس الكتلة البرلمانية لنواب الإخوان المسلمين في مصر (الدورة البرلمانية 2005 - 2010) عن دائرة بندر المنيا.

رئيس سابق للمكتب الإداري للإخوان المسلمين بالمنيا.

بالتأكيد لم يخطر في بال الدكتور سعد الكتاتني وهو في سجن وادي النطرون وخروجه ضمن آخرين فروا من السجون عقب اندلاع الثورة، أن يأتي اليوم الذي يجلس فيه على كرسي الرئيس محمد مرسي ويصبح رئيسا لحزب الأغلبية في مصر.. وذلك بعد أن فاز اليوم على منافسه القوي عصام العريان في انتخابات حزب الحرية والعدالة بنسبة 67%..

وقد دخل الكتاتني- أستاذ علم النبات بكلية العلوم جامعة المنيا- المجال السياسي عبر جماعة الإخوان المسلمين، حيث أنه التحق بالجماعة في عام 1981 ، وشارك في تأسيس لجنة التنسيق بين الأحزاب والقوى الوطنية والنقابات المهنية، ثم رئيساً للمكتب الإداري للإخوان في محافظة المنيا، قبل أن ينتخب عضواً في مجلس الشعب عام 2005 عن دائرة بندر المنيا، ثم انتخبته الكتلة البرلمانية للإخوان رئيساً لها، واختير بعد ذلك متحدثا إعلاميا باسم جماعة الإخوان بعد أن انتُخب عضوا في مكتب الإرشاد بها.

والصورة الأهم للدكتور سعد الكتاتنى كانت عندما اعتصم بالترنينج هو ونواب الكتلة البرلمانية للإخوان عام 2008 احتجاجا على بناء الجدار العازل حول غزة، ورغم ذلك أكد في فبراير 2012 أنه من باب مسئوليته عن أمن المجلس أمر بألا يسمح مدير الأمن لأحد بالدخول بعد انتهاء الجلسات، ومن يريد الاعتصام والمبيت فهذا حقه وسيتم توفير كل الإمكانيات له، ولكن لن يسمح لأحد بالدخول ليلاً .. وذلك ردا على اعتصام بعض النواب داخل المجلس.

وفي يوم 27/1/2011 كان الكتاتني في سجن طره قبل الأحداث التي حدثت في جمعة الغضب وخروجه من السجن، ونجا الكتاتني من محاولة اقتحام سجن وادي النطرون مساء الجمعة 28 يناير والتي شهدت عمليات إطلاق نار كثيفة من قبل مهاجمين أصيب فيها عدد من السجناء، بعدها تركت قوات الشرطة السجن خاوياً... لينتظر الكتاتني داخل السجن حتى وصلت عائلته صباح السبت واصطحبته إلى منزله، ومن ثمَّ نزل إلى ميدان التحرير ليشارك في الثورة.. ثم ينجح في انتخابات مجلس الشعب، ويصبح رئيس أول برلمان بعد الثورة قبل حله.

في 7 فبراير 2011 - أي بعد موقعة الجمل وبعد سقوط العديد من الشهداء- قال الدكتور محمد سعد الكتاتني في لقاء تليفزيوني، عقب اجتماعه بنائب رئيس الجمهورية آنذاك اللواء عمر سليمان، إنه مقتنع بكلام سليمان، واصفا وعوده بأنها "شيء إيجابي"، و"مهم" و"ممتاز جدا"، ولم يذكر حينها شيئا عن جرائم سليمان، - التي نشرها الكتاتني نفسه ورفاقه بعدما تأكد لهم ترشح عمر سليمان لانتخابات الرئاسة - ولا الشهداء ولا موقعة الجمل!! ودافع الكتاتني عن نظام مبارك ممثلا في شخص سليمان، مطالبا بحماية ما أسماه بـ"مشروع عمر سليمان" في قيادته للمرحلة، ولم يتحدث عن علاقة عمر سليمان بإسرائيل ولا عن جرائم الخيانة العظيمة التي وجهها الإخوان له فيما بعد .

الطريف، أن الكتاتني حذر من وجود أصحاب مصالح تسعى لإعاقة مشروع "سليمان" لقيادة المرحلة، مؤكدا أن الخطوات التي اتخذها سليمان حتى يوم 7 فبراير تحديدا أراحت الشعب المصري وبعثت فيه الطمأنينة، معتبرا أن الحقوق التي حصل عليها المصريون حتى هذا التاريخ تستوجب أن يصبروا على النظام ويمنحوه الفرصة.

أكدت مصادر داخل الجماعة في أغسطس الماضي أن عددًا من قيادات الجماعة المعتقلين حاليا يعكفون على كتابة مراجعات فكرية، على غرار ما فعل تنظيم الجماعة الإسلامية في تسعينيات القرن الماضي، وذلك في مقابل الإفراج عنهم، بينما لمحت المصادر إلى عدد من الأسماء جاءت على رأس قائمة المراجعين، من بينهم حلمي الجزار، وعلى فتح الباب، والمهندس أبو العلا ماضي، رئيس حزب الوسط.

وكشفت المصادر أن القائمة ضمت الدكتور محمد سعد الكتاتنى، والشيخ حازم صلاح أبو إسماعيل، وعددًا من قيادات الإخوان الذين بدأوا في صياغة مراجعات لتهدئة الشباب، رغم وجود فريق رافض تماما لتلك الفكرة، إلا أن ما عزز من فكرة «المراجعة» وجود قيادات أخرى وافقت على الاعتراف بالنظام الحالي، وسيتم الإفراج عنهم في وقت قريب، خصوصا أنهم غير متورطين في قضايا جنائية، في إشارة إلى الإفراج عن حلمي الجزار وعلى فتح الباب، بصفتهما من الأصوات العاقلة والمرحبة بعمل مصالحة سياسية والابتعاد عن العنف، حسب التعبير الذى استخدمته المصادر التي أكدت في الوقت نفسه أن اجتماعا سيعقد بين الدكتور محمد على بِشر، عضو مكتب الإرشاد بالجماعة، صهر الرئيس المعزول محمد مرسى، وعدد من شباب الجماعة، لمعرفة رأيهم في المراجعات، من حيث الموافقة عليها، أو رفضها، وكذلك محاولة إقناعهم بأنها الحل الوحيد أمام قيادات الجماعة، في هذا التوقيت.

المصادر أكدت أن حازم صلاح أبو إسماعيل، والمهندس أبو العلا ماضي، والدكتور سعد الكتاتنى، يقودون الآن حملة صياغة لمبادرة مطولة حول حقيقة الأوضاع السياسية، والأخطار التي تمر بها مصر، وضرورة عقد مصالحة للحفاظ على الوطن، ولم تفصح المصادر عن تفاصيل المبادرة التي ستفتتح بها الجماعة المصالحة، لكنها أكدت أن هناك قائمة من الصفين الثاني، والثالث للجماعة، طلبا السماح لهما بالمشاركة السياسية في الخمسة أعوام القادمة، في مقابل اعتزال كل الحرس القديم العمل السياسي، إلا أنه مع ذلك ظلت تفاصيل المبادرة، أو المراجعات الفكرية المزمع صياغتها، غير معروفة، بينما اكتفت المصادر بتأكيد أن قيادات الإخوان، ومعهم الدكتور هشام قنديل، رئيس الوزراء الأسبق، والدكتور عماد عبد الغفور، والدكتورة باكينام الشرقاوى، بالإضافة إلى الدكتور محمد على بِشر، والدكتور حلمي الجزار، سيعقدون، والنائب البرلماني السابق محمد العمدة، اجتماعات متواصلة خلال الفترة القادمة، للنقاش حول المبادرة، والمصالحة مع وجود ممثل لكل الأحزاب الإسلامية، أملا في التوصل لحلول خلال الفترة القادمة.