الأنبا بنيامين بابا الإسكندرية الثامن والثلاثون (623 - 662 م). وهذا الأب كان من البحيرة من بلدة برشوط وكان أبواه غنيين، وقد ترهب عند شيخ قديس يسمي ثاؤنا بدير القديس قنوبوس بجوار الإسكندرية. وكان ينمو في الفضيلة وحفظ كتب الكنيسة ثم أخذه معه أبوه الروحاني إلى البابا اندرونيقوس – البطريرك 37 - فرسمه الأب البطريرك قسا ووكيلا له وسلمه أمور الكنيسة فأحسن التدبير. ولما اختير للبطريركية حلت عليه شدائد كثيرة. ، فأقام الأنبا بنيامين قداسًا، وناول الشعب من الأسرار الإلهية، وأوصاهم بالثبات علي عقيدة آبائهم وأعلمهم بما سيكون. ثم كتب منشورا إلى سائر الأساقفة ورؤساء الأديرة بأن يختفوا حتى تزول هذه المحنة. أما هو فمضي إلى برية القديس مقاريوس ثم إلى الصعيد. وحدث بعد خروج الأب البطريرك من الكنيسة أن وصل إليها المقوقس الخلقدوني متقلدًا زمام الولاية والبطريركية علي الديار المصرية من قبل هرقل الملك فوضع يده علي الكنائس، واضطهد المؤمنين وقبض علي مينا أخ القديس بنيامين وعذبه كثيرًا وأحرق جنبيه ثم أماته غرقًا. وبعد قليل وصل عمرو بن العاص إلى أرض مصر وغزا البلاد وأقام بها ثلاث سنين. وفي سنة 360 للشهداء ذهب إلى الإسكندرية واستولي علي حصنها، وحدث شغب واضطراب للأمن، وانتهز الفرصة كثير من الأشرار فأحرقوا الكنائس ومن بينها كنيسة القديس مرقس القائمة علي شاطئ البحر وكذلك الكنائس والأديرة التي حولها ونهبوا كل ما فيها. ثم دخل واحد من نوتية السفن كنيسة القديس مرقس وأدلى يده في تابوت القديس ظنًا منه أن به مالًا. فلم يجد إلا الجسد وقد أخذ ما عليه من الثياب. وأخذ الرأس وخبأها في سفينته ولم يخبر أحدًا بفعلته هذه. أما عمرو بن العاص فإذ علم باختفاء البابا بنيامين، أرسل كتابًا إلى سائر البلاد المصرية يقول فيه. الموضع الذي فيه بنيامين بطريرك النصارى القبط له العهد والأمان والسلام، فليحضر آمنا مطمئنا ليدبر شعبه وكنائسه، فحضر الأنبا بنيامين بعد أن قضي ثلاثة عشرة سنة هاربا، وأكرمه عمرو بن العاص إكرامًا زائدًا وأمر أن يتسلم كنائسه وأملاكها. ولما قصد جيش عمرو مغادرة الإسكندرية إلى الخمس مدن، توقفت إحدى السفن ولم تتحرك من مكانها فاستجوبوا ربانها واجروا تفتيشها فعثروا علي رأس القديس مرقس. فدعوا الأب البطريرك فحملها وسار بها ومعه الكهنة والشعب وهم يرتلون فرحين حتى وصلوا إلى الإسكندرية، ودفع رئيس السفينة مالا كثيرا للأب البطريرك ليبني به كنيسة علي اسم القديس مرقس. وكان هذا الأب كثير الجهاد في رد غير المؤمنين إلى الإيمان. وتنيَّح بسلام بعد أن أقام في الرياسة سبعا وثلاثين سنة.

وتتجاهل السيرة الكنسية للبطريرك ما أصاب الأقباط من جراء غزو العرب لمصر والتي سجلها الأب يوحنا أسقف نقيوس وغيره..

 تقرر الدكتورة سيدة إسماعيل كاشف، أستاذ التاريخ الإسلامي، كلية البنات جامعة عين شمس، في كتاب عبد العزيز بن مروان، سلسلة أعلام العرب رقم 70 إصدار وزارة الثقافة، ص132، حقيقة مهمة؛ إذ تقول: "على أننا لا نجد في المراجع القديمة ما يشير إليه بعض المحدثين من أن الأقباط استنجدوا بعمر بن الخطاب لينقذهم من ظلم الروم ".

 كذلك فقد رفض الأقباط بشدة جميع أنواع وطرق فرض الحماية عليهم أو إنقاذهم من ناحية جميع المستعمرين والغزاه الذين جاءوا يتذرعون بمقولة حماية الأقباط ، رغم ما كان يعانيه الأقباط من الظلم والاضطهاد والقسوة.وهل يتفق الترحيب مع السبي.

 فعن يزيد بن أبي حبيب أن عمرا سبى أهل بلهيب وسلطيس وقرطيا وسخا، فتفرقوا وبلغ أولهم المدينة حين نقضوا، ثم كتب عمر بن الخطاب إلى عمرو بردهم، فرد من وجد منهم.

 وفي رواية أن عمر بن الخطاب رضي الله عنه كتب في أهل سلطيس خاصة: "من كان منهم في أيديكم فخيروه بين الإسلام، فأن أسلم فهو من المسلمين، له ما لهم وعليه ما عليهم، وإن اختار دينه، فخلوا بينه وبين قريته".

وفي كتاب الخطط للمقريزي الجزء الأول (8) صفحة 309 و310: "وكان عمرو حين توجه إلى الإسكندرية، خرب القرية التي تعرف اليوم بخربة وردان. واختلف علينا السبب الذي خربت له، فحدثنا سعيد بن عفير أن عمرو لما توجه إلى نقيوس لقتال الروم، عدل وردان لقضاء حاجته عند الصبح، فاختطفه أهل الخربة فغيبوه، ففقده عمر وسأل عنه وقفا أثره، فوجدوه في بعض دورهم فأمر باخرابها وإخراجهم منها.

وقيل كان أهل الخربة رهبانا كلهم، فغدروا بقوم من ساقة عمرو، فقتلوهم بعد أن بلغ عمرو الكريون، فأقام عمرو ووجه إليهم وردان فقتلهم وخربها، فهي خراب إلى اليوم".

ويذكر يوحنا النقيوسي في الفصل ( 112 ) الثاني عشر بعد المائة عن استيلاء العرب على إقليم الفيوم وبويط فيقول :

" أن العرب استولوا على إقليم الفيوم وبويط وأحدثوا فيهما مذبحة هائلة".

 وفي الفصل (115 ) يذكر فتح أنصنا وبلاد الريف ونقيوس فيقول: "في زمن الصيف سار عمرو إلى سخا وطوخ دمسيس أملا في إخضاع المصريين قبل الفيضان ولكنه فشل، وكذا صدته دمياط؛ حيث أراد أن يحرق ثمار المزارع وأخيرا عاد إلى جيوشه المقيمة في بابيلون مصر وأعطاهم الغنيمة التي أخذها من الأهالي الذين هاجروا إلى الإسكندرية بعد أن هدم منازلهم وبنى من الحديد والأخشاب التي جمعها من الهدم قنطرة توصل بين قلعة بابيلون ومدينة البحرين ثم أمر بحرق المدينة، وقد تنبه السكان إلى هذا الخطر فخلصوا أموالهم وتركوا مدينتهم، وقام المسلمون بحرقها، ولكن السكان عادوا إلى المدينة وأطفأوا الحريق، ووجه المسلمون حملتهم على مدن أخرى ونهبوا أموال سكانها وارتكبوا ضدهم أعمالا عنيفة.."

 ويذكر يوحنا النقيوسي في الفصل (118) الاستيلاء على نقيوس (بعد هروب الجيش الروماني من المدينة) فيقول: "أتى المسلمون بعد ذلك إلى نيقيوس واستولوا على المدينة ولم يجدوا فيها جنديًّا واحدًا يقاومهم، فقتلوا كل من صادفهم في الشوارع وفي الكنائس، ثم توجهوا بعد ذلك إلى بلدان أخرى وأغاروا عليها وقتلوا كل من وجدوه فيها، وحدث الرعب في كل المدن المصرية وأخذ الأهالي في الهرب إلى مدينة الإسكندرية تاركين أملاكهم وأموالهم وحيواناتهم. وانضم إلى الغزاة الكثيرون من سكان مصر الأجانب الذين أتوا من الأقطار المجاورة واعتنقوا دينهم، ودخل الغزاة المدن واستولوا على أموال كل المصريين الذين هربوا.

وفرض العرب على أهل مصر الجزية، وهاك نص ما ذكره المؤرخون "فاجتمعوا على عهد بينهم واصطلحوا على أن يفرض على جميع من بمصر أعلاها وأسفلها من القبط دينارين عن كل نفس شريفهم ووضيعهم ومن بلغ الحلم منهم، ليس على الشيخ الفاني ولا على الصغير الذي لم يبلغ الحلم ولا على النساء شيء، وأحصوا عدد القبط يومئذ خاصة من بلغ منهم الجزية وفرض عليهم الدينار إن رفع ذلك عرفاؤهم بالإيمان المؤكدة، فكان جميع من أحصى يومئذ بصر أعلاها وأسفلها من جميع القبط فيما أحصوا وكتبوا ورفعوا أكثر من ستة آلاف نفس، وكانت فريضتهم يومئذ اثني عشر آلف دينار في السنة" إذًا في الوقائع التاريخية تؤكد أن هذا البطريرك لم ينتقد أو يستنكر قتل العرب للرهبان وتخريبهم للكنائس، فقط فرحته بالعودة إلى كرسيه.