البطريرك القديس الأنبا أغاثون التاسع والثلاثون من باباوات الأسكندرية، كان تلميذًا للأب القديس بنيامين البابا الثامن والثلاثون الذي اختفى زمنًا من وجه مضطهديه الخلقيدونيين الذين يقولون: إن للمسيح طبيعيتين ترك أغاثون يواظب على وعظ المؤمنين وتثبيتهم في الإيمان المستقيم. فكان أغاثون يطوف الشوارع والأسواق في النهار في زِيّ نجار، وفي الليل كان يتزيا بزي (يلبس) كاهن ويطوف البيوت أيضًا واعظًا ومرشدًا، وظل كذلك إلى أن فتح العرب مصر وعاد الأب البطريرك بنيامين إلى مركزه.

ولما مات البابا بنيامين اختير هذا القديس لرتبة البطريركية الجليلة فلقي شدائد كثيرة في سبيل المحافظة على الأمانة، من ذلك أن إنسانًا اسمه ثاؤدسيوس ملكي المذهب – طبيعتين للمسيح - مضى إلى مدينة دمشق وتقدم إلى يزيد بن معاوية وإلى العرب على دمشق، وقدم له أموالا طائلة، وأخذ منه أمرا بتعينه واليًا على الإسكندرية والبحيرة ومريوط، فلما تولى هذا المنصب اضطهد الأب البطريرك، وطلب منه جزية باهظة، ولكثرة شر الوالي وما صنعه مع الأب البطريرك، كرهه الشعب وتجنبوه، فأصدر أمرًا بأن أي إنسان يجد البطريرك في الطريق فليقتله، فمكث الأب البطريرك في قلايته إلى أن أهلك الله هذا الشرير.

وأيضًا لما فتح العرب عدة ولايات وجزر الروم في أمشير سنة 377 ش. وسنة 661 م. في عهد خلافة علي بن أبى طالب، نهبوا كل ما فيها وسبوا أهلها وأتوا بهم إلى مصر، فكان البابا أغاثون يبتاع منهم الرجال والنساء بالفضة والذهب، ويأتي بهم إلى بيوت المسيحيين خوفا من أن يسلموا. وفي زمان هذا الأب كملت عمارة كنيسة القديس مقاريوس بديره بوادي النطرون، وفي إحدى الليالي ظهر له ملاك الرب وأعلمه عن راهب قديس من دير القديس مقاريوس اسمه يوحنا موجود بالفيوم، وأمره أن يستحضره ليساعده في وعظ الشعب وتعليمه، وأخبره بأنه سيصير بطريركا بعده، فأرسل واستحضره وسلم إليه أمور الكنائس وترتيبها وتعليم المؤمنين ووعظهم.

وقد مكث هذا الأب في البطريركية مدة تسع عشرة سنة وفي مراجع أخرى سبع عشرة سنة ومات عام 680م.