اشتهر في نقده للمؤسسات الدينية ورجالها وبعض أفكارهم وسلوكياتهم، وكان يرى أن العودة للإسلام الحقيقي يكون من خلال القادة والمفكرين الذين يدركون تناقضات المجتمع الداخلية  وليس من قبل العلماء، مما أثار سخط الكثيرين منهم، واعتبره البعض منحرفا ضالاً، كما اعتبره آخرون مجددا مصلحا ولا زال يثار حول أفكاره الكثير من الجدل.

في كتابه (التشيع العلوي والتشيع الصفوي)، يتحدث “شريعتي” عن تسييس الدين -التشيع نموذجًا- والذي تم على يد الصفويين في إيران كجزء من لعبة كبرى أرادت رفع شعار آل البيت في مواجهة المد العثماني.

فكرة الكتاب قائمة على إبراز الوجه الحقيقي للمذهب الشيعي كمذهب إسلامي ذي طابع ثوري، يرفض مبادئ التوريث والفصل بين الإسلام والسياسة والتسليم لما هو واقع وغيرها من القيم السلبية التي خيمت على الواقع الإسلامي وقت كتابة الكتاب الذي لا أدري تحديدا متى كان نشره وإن كان من المؤكد في أواخر عقد الستينات أو أوئل عقد السبعينات.

فاللعب على الوتر القومي حسب اعتقاده كان ضروريا لعزل إيران عن بقية الأمة الإسلامية، فالهدف هنا كان تشييد حكم صفوي يواجه العثمانيين، فأحيت السلطة السنن والأعراف الإيرانية القديمة، وزرعت حسا قوميا استقلاليا عن طريق اللعب على الوتر القومي، وإضفاء صبغة دينية عليه لتخلق تشيعا جديدا، تشيعا شعوبيا يؤمن بتفوق الفرس بصورة واضحة تخالف روح الإسلام الذي حارب الطبقية.

ويصل الامر بشريعتي ان يقول "بأن الاختلاف بين التشيع العلوي والتسنن المحمدي ليس أكثر من الاختلاف بين عالمين وفقيهين من مذهب واحد حول مسألة علمية... وأن التشيع العلوي والتسنن المحمدي طريقان متلاقيان من يسير في أحدهما لابد أن يأتي اليوم الذي يلتقي فيه مع صاحبه ليصبحا معا وحدة واحده" وفي المقابل فإن "المسافة بين وجهي التشيع العلوي والتشيع الصفوي هي عين المسافة بين الجمال المطلق والقبح المطلق".

«شريعتى» كان أول من تحدث عن التشيع الصفوى، وفرق بينه وبين التشيع الحقيقى، وهو من كتب قائلًا: عكفت الصفوية على إيجاد منهج انعزالى صوفى، يميل إلى تجاهل الواقع والغياب عن مسرح الأحداث بنحو ينهمك فيه كل إنسان بمشاكله وهمومه الذاتية وتكون رسالته في الحياة هي العمل على إنقاذ نفسه من سجن الدنيا والفرار بها من جهنم الحياة، ولا ريب في أن هذه الحالة تعد حالة مثالية لمثلث التحكم بالناس والمؤلفة أضلاعه الثلاثة من الاستبداد والاستثمار والاستحمار، متسائلا: كيف استطاعت الصفوية أن تنتج تشيعًا يشبه التشيع في كل شىء، وليس فيه منه شىء؟.. إن إكسير الاستحمار الصفوى المشئوم، استطاع أن يصنع من الدم ترياقًا، ومن ثقافة الاستشهاد ترنيمة نوم، أما التشيع العلوي، فهو مذهب الاقتداء بالإنسان الذي يقاتل ببسالة ويتعبّد بخضوع.

شريعتي الذي فضح كذلك ما سماه مونتاج الدين، والقومية الذي جعل للتشيع الإيراني نكهته المميزة، يلتف حول كثير من الأفكار، ولا يستطيع الإقدام على تقويضها مباشرة ... لكن قاريء الكتاب يجب أن يضعه في سياقه التاريخي، وهو منتصف سبعينيات القرن العشرين؛ قمة المشروع الإمبراطوري الشعوبي البهلوي؛ المعتبر امتداداً للصفويين.

وفي حسينية إرشاد، كان يوجه خطابًا لاذعًا لرجال الدين بشقيهم الشيعى والسنى، وهذا ما جمعه تلاميذه من أشرطة مسجلة فيما بعد، ومنها: «إذا أردت أن تعرف أيديولوجية أحدهم، فتش عن مصدر معيشته». ولأن الملالى يحصلون على معاشهم من «الخُمس» و«سهم الإمام»، فهم بالضرورة تربطهم مصالح مشتركة مع الأثرياء والدولة وملاك الأراضى وتجار البازار. وهكذا تصبح المؤسسة الدينية أداة لتزييف وعى الناس ولتبرير الظلم والاستغلال.

ونادي «شريعتى» بتحرير الإسلام من قبضة البرجوازية الصغيرة، رجال الدين والطبقة المالكة، والنهضة به لتحويله عن حاله الراهن من دين سلبى إلى قوى إيجابية تساعد البشر على الترقى والتحرر وإحلال العدل.

كما انتقد «شريعتى» سعى رجال الدين إلى احتكار الحق في تفسير الإسلام، وهو ما وصفه بأنه «أسوأ وأكثر أنواع الاستبداد قمعًا»، لهذا دعا إلى إصلاح بروتستانتي، أو نهضة للإسلام، وفيه يتاح لأى فرد تفسير النص المقدس بنفسه، مسترشدا بعقله وبروح الإسلام الثورية المناهضة لكل أشكال الظلم والاستعباد.

واتهم شريعتي رجال الدين أنهم فرغوا الدين من قيم الجهاد في سبيل العدل، و اختزلوا النصوص الدينية في معانٍ ثابتة لا تعبر عن الواقع، وتحايلوا علي الشريعة من أجل تملق الاستبداد الملكي، وأصبحوا مهووسين بالظاهر: الملابس والطقوس وطول الذقون، ولجأوا إلي التركيز علي الآخرة للهروب من مشاكل الدنيا، بخاصة مشاكل التصنيع والرأسمالية والإمبريالية والصهيونية، وتوقفوا عند أسطورة ماضٍ مجيد بدلا من الانشغال بالمستقبل، وعزفوا عن استكمال مشروع الإصلاح الذي بدأه مفكرون مثل جمال الدين الأفغاني ومحمد إقبال، ورفضوا كل المفاهيم الغربية بما فيها التقدمية، في حين وقفوا في وجه أي فكرة جديدة وضد أي حركة تصحيحية وأدانوا البدعة التي في نظر شريعتي هي "ضرورة ملحة للحياة والكمال". فغلفوا الدين بنزعة محافظة ورجعية ومتحجرة وانتحلوا صفة "الشرطي المدافع عن مظاهر الكبت والخنق والسكون والسلفية والمحارب لكل قادم جديد". وصنعوا من أمثال الشيخ فضل الله نوري- الملا الرجعي- بطلا، وهو الذي حارب الثورة الدستورية والحركة الديموقراطية في أوائل القرن العشرين وحسبهما كفراً، وهو الذي عدَّه خميني شهيدا مسلما حقاً ومجده المحافظون في إيران ما بعد الثورة. ولم يتوانَ شريعتي عن انتقاد رجال الدين لإسباغهم ألقاباً تراتبية علي أنفسهم مثل "آية الله" و " آية الله عظمي" و"حجة الإسلام"، وإغفال حقيقة أن الزعماء المسلمين الأوائل بمن فيهم الرسول نفسه كانوا عمالا و رعاة ومزارعين وحرفيين.

وبرغم اعتراض شريعتي علي الطرح الماركسي الذي يري أن الدين ليس إلا "أفيونا للشعوب" نعت شريعتي الإسلام الذي يروج له رجال الدين المستفيدون من الوضع القائم بأنه أفيون أو أداة لتزييف وعي المظلومين وتضليلهم رغم الإمكانية الثورية التي تكمن في الدين، وفي الإسلام الشيعي بوجه خاص. فيشير شريعتي في كتابه "دين ضد الدين" إلي أن "الأديان الرسمية دائماَ ما لعبت دوراَ طبقياَ قذراَ ضد الناس والإنسانية ولصالح الطبقات الحاكمة". ويطرح بهذا ثنائية ما بين الإسلام كدين الحاكم في العصور المختلفة والإسلام كدين المحكوم والضحية والشهيد. أي ما بين التفسير السلطوي للدين والتفسير الشعبي الثوري

وقد اتهم جهاز السافاك، جهاز الامن الايراني في عهد الشاه محمد رضا بهلوي، «شريعتى» أنه وهابى وليس شيعيًا، وحكموا عليه أنه زنديق، وبقى في السجن ثمانية عشر شهرًا  حاي الافراج عنه في ١٩٧٥.

وفي المقابل، وبحكم ثقافته الماركسية (وهو ما سنفصل فيه بعد قليل) فإن شريعتي ناصَب رجال الدين الشيعة العداء، وبيّن ما هم فيه من ضلال وانحراف واستغلال للدين، ما أدى إلى نقمتهم عليه أيضا، فأصدروا (مثل مرتضى مطهري) الفتاوى بضلاله وتكفيره ولعنه، حتى امتد التكفير إلى حسينية الإرشاد التي أطلقوا عليها وصف (كفرستان) أي: معقل الكفر. 

في حين أن مجموعة أخرى منهم (وإن كانوا قلة) كانت تؤيد شريعتي، وتدافع عن أفكاره، وترى أن ما يوجهه للدين من انتقاد في حقيقته موجّه ضد الممارسات الخاطئة التي تُرتكب باسم الدين، وليس للدين نفسه 

ومن رجال الدين الذين دافعوا عن شريعتي: محمود الطالقاني، الذي يُعتبر من رموز الثورة الإيرانية، والذي يقول: "كل يوم... كنّا نشهد معركة ضد شريعتي في أحد أحياء العاصمة. لقد شنّوا عليه حملات ظالمة مستمرة. كنّا نقول لأولئك المتحاملين: ماذا حدث؟ اذهبوا واسمعوا آراءه وناقِشوه، وقدّموا له الردّ الذي تريدون. لكن الأمر كان يجري على نحو آخر، إذ كان البعض يقتطع جملة أو فقرة من كتابٍ له، ويسخدمها لتشويه فكر شريعتي والتحريض ضده".

ويقول الطالقاني أيضاً :"... إن المرحوم شريعتي تميز بروحٍ مستقصية شكّاكة منذ بداية شبابه وأوائل عهده بالدراسة والتحصيل العلمي. كان يشكّ بكل شيئ، حتى بدينه؛ فقد كان يشكّ بالدين السائد بين الناس، أي بذلك الإسلام الممسوخ، ذلك الإسلام الذي حُوّل إلى دكان للارتزاق، ووسيلة للاحتراف وتربية (المريدين). كان لابد لشاب واعٍ مثل شريعتي أن يبدأ بالشك، لكنه لم يبقَ أسير الشك... بدأ بالدراسة، بحث في الأصول، قرأ في المناهل الأولى... فتوسعت آفاق فكره، حتى بلوَر مفهومه عن إسلام ثوري حي...". 

كما كان هناك بعض رجال الدين (مثل الموسوي الخميني) كان يتحاشى انتقاد شريعتي لمعرفتهم بشعبيته الواسعة، ودوره في معارضة نظام الشاه.