كان الأنبا خائيل الأول راهِبًا في دير أبو مقار، وتمت رسامته في 17 توت سنة 460 ش. الموافق 14 سبتمبر سنة 473 م؛ حيث ذهب الجميع ليحضروه من ديره لرسامته بطريركيًا، ولما وصلوا إلى الجيزة وجدوه قادما مع بعض الرهبان لتأدية مهمة معينة فأمسكوه وقيدوه وساروا به إلى الإسكندرية ورسموه بطريركًا في 17 توت سنة 460 ش.، وفي يوم رسامته هطلت أمطار غزيرة لمدة ثلاثة أيام ففرح الناس بذلك (إذ أن المطر كان قد امتنع عن الإسكندرية لمدة سنتين). وقد حدث في عهده فتنه بسبب الخلقيدونيين. ( الذين يقولون إن للمسيح طبيعتين عكس إيمان كنيسة الإسكندرية بأن للمسيح طبيعة واحدة )، ولكن الله لم يجعلهم أصحاب حق في أعين الحكام العادلين. وكشف أساقفة الأرثوذكسيين مؤامراتهم.

وحدث أيضًا أن كبرياكوس أسقف النوبة (كيرياكوس) نشب خلاف بينه وبين ملك النوبة وأرسل الملك للبابا يطلب أسقفًّا غيره وإلا عبد شعبه الأصنام! فعقد البابا مجمعًا مقدسًا وقرروا رسامة أسقف آخر على أن يظل كبرياكوس في دير من الأديرة. ثم حدث اضطهاد شديد فرَّ بسببه الأساقفة إلى الأديرة تاركين أبرشياتهم، ولم ينج البابا خائيل من السجن بسبب عجزه عن دفع المال للحاكم، كما اضطر أن يترك مكانه إلى بلاد الصعيد كي يجمع المال الذي لم يكف الوالي عن طلبه، فلما سمع بذلك ملك النوبة اغتاظ وشن الحرب على مصر وغزاها بجيوشه، حتى وصل إلى الفسطاط، وتوسط البابا في الصلح بين ملك النوبة والوالي، وقد صلي البابا يوم عيد الصليب مع الأساقفة على نهر النيل لزيادة مياهه فازداد الماء ثلاثة أذرع، وقد شاهد الجميع ذلك وشكروا الله وأعطاهم الله نعمة في أعين الوالي بعد ذلك، وكانت البيعة في الأيام الأخيرة للبابا خائيل في سلام. ثم مات في 16 برمهات سنة 483 ش. الموافق 12 مارس سنة 767 م. وكان مقر رئاسة الكنيسة المرقسية بالإسكندرية ودُفِنَ في دير الزجاج، وقد عاصر من الحكام عبد الله أبو العباس وعبد الله أبو جعفر المنصور.أقام على الكرسي البطريركي ثلاثة وعشرون وستة شهور. سمي نفسه خائيل أي الأخير ورفض أن يسمي ميخائيل باسم رئيس الملائكة تواضعًا.