بعد وفاة البابا السابع والأربعين، اجتمع الأساقفة والكهنة والشعب يصلون القداسات لمدة ثلاث أيام ثم عملوا قرعة هيكلية فوقع الاختيار علي الراهب يوحنا المقاري  من ضمن مجموعة من الرهبان ثلاث مرات متتالية ففرحوا به ورسموه بطريركًا.

فأحسن الرعاية وأحب شعبه وكان كثير التعليم والوعظ، كثير الرحمة على الفقراء والمحتاجين. وكان  يوحنا راهبًا في دير أبو مقار، وتمت رسامته في 17 طوبة سنة 493 ش. الموافق 12 يناير سنة 777 م. وكان حسن الخلق وكسب ثقة وعطف الولاة وقام بانشاء  كنيسة  ومسكن بطريركي. وشيد الكثير من المباني وعمر الكثير من الكنائس وفي أيامه نالت الكنيسة السلام وكانت سيرته على كل لسان من كثرة فضائله، حتى حسده الحاقدون وعدو الخير إذ حرض هرطوقي يدعى يوليانوس وكان يرغب في الاستيلاء على أحد الكنائس وخاب مسعاه، ولما كان هذا البطريرك طيبًا ناجحًا وشى به لدى الوالي، إذ قال له أن البطريرك يبنى الكنائس في أملاك الدولة ولم تتحقق وشايته لأن الوالي تحقق من الأمر وعلم أن رسالة الهرطوقي كاذبة فأمر أن يستمر البناء، وكملت الكنيسة  التي أخذت اسم كنيسة التوبة.

وحدث أن تنيَّح بطريرك إنطاكية وقد أقيم خلف له، فأرسل يجدد علاقة الاتحاد بين الكنيستين ورد عليه البابا بالمودة، وقد استمرت العلاقة بكل حب ومودة حتى أصبحت المودة هي الرباط بينهما، وحدث أن تنيَّح أسقف مصر وطالب شعب مصر برسامة الشماس مرقس عوضًا عنه أسقفًا لهم، ولكن مرقس رفض نهائيا فأقامه حتى تمكن بعد ذلك رسامته أسقفًا، ورفض مرقس واعتذر للبابا وهرب من هذه الخدمة ورسم البابا لهم قسًا كان يدعى ميخائيل أسقفًا عوضًا عنه. واغتاظ البطريرك من مرقس بسبب هروبه وأرسل إلى قديس شيخ يشكو مرقس لسبب عصيانه، ولكن الشيخ أرسل له يقول أن رفض مرقس من الله لأن الله سيقيمه بطريركًا بعدك، وأرسل البابا إليه وأجله واحترمه إلى يوم وفاته. 

وقام البابا يوحنا على الكرسي المرقسي 22 سنة وكان مكان رياسته المرقسية بالإسكندرية ودفن هناك. وقد عاصر من حكام العباسية محمد منصور المهدي وموسى مهدي الهادي وهارون الرشيد.