عندما مات  البابا يوحنا أجمع الأساقفة علي اختيار مرقس الذي ترهب في دير أبو مقاروهو من مواليد الإسكندرية بطريركًا فهرب إلى الصحراء، ولكنهم لحقوا به وأحضروه ورسموه بطريركًا في يوم 2 أمشير سنة 515 ش. (26 يناير 799م) فاهتم بشئون الكنائس وعمر ما خرب منها ورد أرباب البدع إلى الرأي القويم، وفي أيامه استولى العرب على جزائر الروم، وسبوا كثيرين من نسائهم وأولادهم، وأتوا بهم إلى الإسكندرية وشرعوا في بيعهم، فجمع من المؤمنين مالًا علاوةً على ما كان عنده من أموال الأديرة، ودفع في سبيل إنقاذهم وإطلاق حريتهم مبلغ ثلاثة آلاف دينار، وكتب لهم أوراق عتقهم، وزود من رجع إلى بلاده بالمال اللازم له، وزوج من بقي منهم، وصار يعتني بهم، واهتم هذا الأب بكنيسة المخلص التي بالإسكندرية وجددها، وبعد حرقها عاد وجددها ثانية.

وأقام الأنبا مرقس على الكرسي البطريركي 20 سنة وشهرين و21 يومًا وكان مقر رياسته المرقسية وقد تنيَّح بسلام في 22 برمودة سنة 535 ش. الموافق 17 أبريل سنة 819 م. وقد عاصر من الحكام العباسيين هارون الرشيد والأمين والمأمون. ودفن ببيعة نيروه ثم نقلوه للمرقسية.