وأضافت المنظمة في تقرير لها إن جماعات من ميليشيا الحشد الشعبي كانت سبباً في الاحتجاز التعسفي والإخفاء القسري لرجال بينهم صبية بذريعة التحقيق معهم والتأكد من عدم تورطهم مع تنظيم الدولة و قالت نائب مديرة قسم الشرق الأوسط في المنظمة لمى فقيه إن "الأهالي قالوا لنا في حالة تلو الأخرى إن مقاتلي الحشد الشعبي أوقفوا أقاربهم وأخفوهم، في حين لا يمكننا أن نعرف تحديدا طبيعة ما حدث للرجال المحتجزين، فإن الافتقار إلى الشفافية، لا سيما عدم معرفة الأهالي مكان ومصير أقاربهم، هي مدعاة لقلق بالغ ولذلك يجب على السلطات العراقية أن تسمح فقط للجهات المكلفة بالفحص الأمني أن تفحص الأفراد وتضمن إيداع أي مُحتجز في مركز معروف ومُتاح للمراقبين الخارجيين دخوله، وأن تمنحهم حقوقهم الخاصة بالإجراءات القانونية السليمة المكفولة بموجب القانونين الدولي والعراقي"

 وتابعت "يجب أن تستند كل عملية احتجاز إلى نص قانوني وطني صريح، وأن يمثل كل محتجز فورا أمام قاضٍ لمراجعة قانونية احتجازه. القانون العراقي يطالب السلطات بإحالة المحتجزين إلى قاضي تحقيق في ظرف 48 ساعة من توقيفهم وبالتالى على  الحكومة العراقية الى  ضمان معرفة أهالي المحتجزين بأماكنهم وأن تكشف علنا المعلومات الخاصة بعدد المحتجزين، كجزء من عملية استرداد الموصل من تنظيم الدولة". 

ومؤخراً أعدمت ميليشيا "الحشد الشعبي" عشرات المختطفين لديها بعد تعذيبهم وألقت جثثهم في العراء بمحافظة صلاح الدين، وفقاً لمصادر محلية عراقية، حيث عثرت قوات من الشرطة المحلية على جثث نحو 35 شخصا كانت ملقاة في العراء في بلدة الشرقاط شمالي محافظة صلاح الدين"، مبينا أنّ "الجثث تم نقلها الى الطبابة العدلية (الطب الشرعي) وأنّ  الجثث بدت عليها آثار تعذيب وضرب وكدمات وتمزيق بآلات حادة على طول الجسد"، مضيفا أنّ "الجثث تعود إلى نازحين كانوا اختطفوا قبل عدّة أيّام في المحافظة، بينما لم تعترف الميليشيات باعتقالهم أو وجودهم لديها".

وكان مصدر محلّي في محافظة صلاح الدين قد كشف عن اختفاء نحو 100 نازح من أهالي الموصل كانوا متوجهين إلى بغداد، بينما تتوجه أصابع الاتهام نحو مليشيا "الحشد الشعبي" يشار إلى أن قانون العفو العام، والذي أجبر البرلمان العراقي على التصويت عليه من حيث المبدأ، شمل جرائم الخطف في عموم البلاد؛ والتي راح ضحيتها آلاف الأبرياء، في وقت تهدّد فيه "المليشيات" كل رافضي القانون وتعمل على إرغامهم بالقوة على التصويت عليه، الأمر الذي أشعل انقساماً في البرلمان وأزمة جديدة.

 كما سبق وأكدت منظمة العفو الدولية إن أسلحة وذخيرة صنعت في الدول الأوروبية والولايات المتحدة، استخدمت في جرائم حرب وانتهاكات من قبل ميليشيات مسلحة تحارب إلى جانب الجيش العراقي، ضد تنظيم ما يعرف بالدولة الإسلامية،  أن  الميليشيات الشيعية التي تعرف بالحشد الشعبي استخدمت أسلحة تابعة للجيش العراقي في ارتكاب انتهاكات لحقوق الإنسان، مثل التعذيب والاختفاء القسري، والاعدامات خارج إطار القانون وإن تلك الميليشيات ترتكب جرائم حرب في العراق وتستخدم في ذلك أسلحة تم تزويد الجيش العراقي بها، مصدرها الولايات المتحدة والدولة الأوروبية وروسيا وإيران."

وتعتبر الحكومة العراقية أن قوات الحشد الشعبي تلعب دورا مهما في أمن العراق ومكافحة الإرهاب، خاصة المعارك التي تدور حاليا ضد تنظيم ما يعرف بالدولة الإسلامية لاستعادة الموصل شمال البلاد وكان مسؤولون عراقيون ودوليون شككوا سابقا في قدرة الحكومة العراقية على لجم تلك القوات ومراقبة ما تقوم به وقال باتريك ويلكن الباحث في منظمة العفو الدولية: "على الشركات المصدرة للأسلحة من الولايات المتحدة والدول الأوروبية و إيران، أن تستيقظ على حقيقة أن هناك خطورة أن تقع الأسلحة التي تصدر إلى العراق في أيدي ميليشيات معروفة بتاريخها الطويل في مجال انتهاك حقوق الإنسان وأنه يتعين على الدول التي تصدر أسلحة إلى العراق أن تتخذ اجراءات صارمة من شأنها أن تمنع وقوع الأسلحة في أيدي ميليشيا تستخدمها في انتهاكات لحقوق الإنسان.

لكن متحدثا باسم الحشد الشعبي نفى ما ورد في تقرير المنظمة، ووصفه بـ "أكاذيب هدفها إطالة أمد الأزمة و فند أحمد الأسدي، المتحدث الرسمي باسم الحشد الشعبي في العراق ما ورد في تقرير منظمة العفو قائلا "إن هذه الأكاذيب تحرف الوقائع على الأرض، وتساهم بشكل مباشر أو غير مباشر في إطالة أمد الأزمة التي يعاني منها الشعب العراقي والشعوب المجاورة له وعلى  البرلمان العراقي الحكومة بمقاضاة منظمة العفو، والتحقيق في مصادر معلوماتها.

واعتمدت منظمة العفو الدولية في تقريرها حول العراق على بحوث وتحقيقات ميدانية دامت لعامين ونصف العام، إذ يقوم خبراء تابعين لها باستجواب معتقلين سابقين، وعائلات الضحايا من الذين قتلوا في اثناء المعارك أو المختطفين، والناجين من المعارك ويركز تقرير المنظمة على اربع مجموعات مسلحة تتلقى كلها الدعم من إيران، وهي منظمة بدر، وعصائب أهل الحق وكتائب حزب الله وسرايا السلام.

 مما سبق نستطيع التأكيد على انه لاتزال إنتهاكات ميليشيا الحشد الشعبي  بالعراق  تشكل الهاجس الأكبر للمنظمات الحقوقية الدولية  وسوف يستمر هذا الامر ما دامت هذة الميلشيات تتبنى نفس الأجندة الطائفية .