بعد وفاة  البابا مقار انتخب خلفًا له ثافانيوس من الإسكندرية في شهر مسرى سنة 669 ش. و953 م.، في عهد الانجور بن الاخشيد، وكان هَرِمًا. وفي أوائل أيام بطريركيته شعرت الكنيسة بعسر مالي عظيم وخلت مخازن البطريركية من الأموال بسبب الضريبة التي كانت معينه لكنائس الإسكندرية كما ذكر سابقا بقسم تاريخ البطاركة بموقع الأنبا تكلاهيمانوت، فضلا عن النهب المتواصل الذي كانت واقعًا على الأقباط من الحكام والولاة. وقد رأى البطريرك أن الشعب ضجر من هذه الغرامات الباهظة، فطلب من كنيسة الإسكندرية التنازل عن هذه الغرامة أو تخفيفها قليلًا، ولكن كنيسة الإسكندرية لم تتنازل عن هذه الغرامة وأصرت على المطالبة بحقها.

 وكان البطريرك ثافانيوس حاد الطبع سريع الغضب كثير الحمق غير قادر على كبح جماح غيظه! وقيل أن ذلك كان بسبب روح نجس تسلط عليه، وقال بعضهم أنه نشأ عن مرض عصبي كالصرع أو خلافة كان يفاجئه فيغير أطواره، فلما رأى تصميم أقباط الإسكندرية على المطالبة بالغرامة أخذ يشتمهم ويوبخهم بما خرج به من دائرة التعقل حتى استاء منه الكهنة وأظهروا غيظهم منه بكلمات قاسية وجهوها إليه، فازداد هيجانه وصياحه وغيظه فحمله بعضهم إلى مركب إلى بابيلون لظنهم انه يهدأ إذا استنشق نسيم النيل، ولكنه إذا لم يكف عن هياجه وتقدم إليه أحد الأساقفة بالصلاة لتوهمه أن فيه روح نجسًا، فتشنجت أعصابه ووثب عليه، وهنا اختلف في سبب موته فقيل أنه لما يقو الأساقفة على تهدئته ظلوا معه إلى أن أخرجوه من البحر، وجعلوا على وجهه مخدة ورقدوا عليها إلى أن مات ورموه في البحر! ويقول واضع سير البطاركة انه مات مسموما وقتل مختنقا والله وأعلم. وكانت وفاته في 4 برمهات سنة 674 ش.، 956 م. ومدة رئاسته ثلاث سنوات.