عندما خلا الكرسي المرقسي، تردد الأساقفة في اختيار من يصلح وأخيرًا استقروا على الراهب شنوده المقاري ورقوه إلى رتبة القمصية ثم ساروا به إلى الإسكندرية لرسامته.كان حاد الطباع يسيء معاملة الناس.ذكر عنه تاريخ البطاركة أنه أحب المال وجمع منه الكثير ووهبه لأهله وكان محبًا لمجد هذا العالم... ولم يكن يرسم أسقفًا إلا بعد أخذ مبلغ من المال من المتقدم للأسقفية.وفي آخر أيامه أصيب بصداع شديدٍ مع سعال، وكان يحس وكأن نارًا تشتعل في رأسه كما لحقه وجع في أذنه، 

عاصر الخليفين الظاهر والمستنصر، كما عاصر بقيرة الرشيدي أحد المقربين لبيت الحكم، فذهب بقيرة هذا ومعه بعض أكابر الأقباط ليستصدروا أمراُ من الخليفة بالموافقة على تنصيب بطريرك، وكان الله معهم فسمح لهم بذلك مع تنازل بيت المال عن المبلغ الذي كان يُدفَع عادة في مثل هذه المناسبة وقدره ثلاثة آلاف دينار.بدأوا بعد ذلك يتشاورن فيمن سيختارون، ووقع اختيارهم على إنسان كان قد تَرَهَّب في دير أبو مقار وكان سنه 41 سنة واسمه شنودة، عارفًا بالكتب المقدسة.

وقيل أن أحدهم قال إنه رأى في رؤية في الليل من يقول له: "إن مَنْ يدخل من باب البيعة ويقبل الأجساد المقدسة في الدير يكون هو البطريرك" وكان هذا الداخل هو شنودة.

ولكن كان شنودة من الذين يشتهون هذا المنصب، حيث قال انه رأى هو أيضا رؤية فيها الرسولان بطرس ويوحنا وكأنما يسلمان مفاتيحًا، وهذا بالطبع ليس أسلوبا لتولى مثل هذا المنصب، فمن يدرينا بصحة هذه الرؤى، لاسيما وذا كان مشهورًا عنه شهوته للمنصب، ولذلك سنرى النتيجة.

واجه الراهب شنودة مشكلة الراهب يؤانس مرة أخرى، إذ طلب رسامته أسقفا حيث لم يكن الأنبا زكريا قد رسمه، فوعده برسمه على كرسي الفرما، فقبل يؤانس هذا مقابل صرف ثلاثين دينارًا، حيث أن الكرسي فقير، وكان هذا وعد من الراهب شنودة قبل الرسامة.

اجتمع أراخنة الإسكندرية بالراهب شنودة، وقبل رسامته طلبوا منه أن يسدد كل عام مبلغ 500 دينارًا تصرف في شئون البطريركية، وبألا يستعمل السيمونية في الرسامة.بعد رسامته في الإسكندرية واستكمالها في القاهرة في كنيسة رئيس الملائكة ميخائيل بجزيرة الروضة، بدأ بعدها يتنكر لمبادئه وعهوده، واستعمل القوة في التعامل معهم واستعمل السيمونية بشكل كبير لرسامة أسقف ببا وأسقف أسيوط، فلما علم أهل أسيوط أنه رسم لهم أسقف بالسيمونية (قبض المال)، وقفوا ضده ومنعوه من دخول مدينتهم ثلاث سنوات، وعاد إلى البطريرك ليطالبه بالمبلغ الذي دفعه له، فأعاده إليه ولكن أهل أسيوط لم يمكنوه أيضا، فكان يرتكب أعمالًا شائنة وعاش في إحدى قرى أسيوط حتى مات.توقف الأنبا شنودة الثاني عن دفع مبلغ الخمسمائة دينار التي وعد بدفعها سنويا، وكان قد دفعها سنتين ثم توقف، وخيَّرهم بين السيمونية أو تخفيض المبلغ، واستمر على السيمونية تحت دعوى الصرف على وجوه البر وعلى البطريركية والعاملين فيها، وكان يتحدى في هذا رأى الإكليروس والأراخنة الذين كثيرا ما نصحوه بالتخلي عنها.

فعقد هؤلاء اجتماعا برئاسة بقيرة الشهيد وطالبوا البطريرك بالتزامات، فطلب منهم البطريرك الصك الذي وقَّع عليه ليراجعه، وما أن حصل عليه إلا ومزقه، فغضب الأساقفة والشعب المجتمعون، وتوتر الموقف على إثر إصرار كل من الطرفين على موقفه، بل وقام جماعة من اتباع البطريرك بضرب بقيرة الرشيدى ومَنْ معه، وانفض الاجتماع على لا شيء.زيادة من مظاهر غضب الله على الشعب بسببه أن انخفض فيضان النيل وعمَّ البلاء وانتشر الفقر، مما أزاد غضب الشعب عليه.ظلت الكنيسة تعانى من هذا الرجل إلا أنه أصيب بصداع شديد في رأسه مع سعال شديد، وأحسَّ وكأن نارًا تأكل رأسه، وظل مريضا هكذا لمدة ثلاث سنين حتى اختاره الرب ليستر الكنيسة في 29 أكتوبر 1046 م.