كانت حبرية هذا البابا (1078 - 1092 م.) في خلافة الخليفة الفاطمي المستنصر، وفي عهد بن الجمالي الذي كان متصرفًا في شئون البلاد بشكل فعلى، وكان يغلب عليه أنه مسيحي من بلاد الصقلي أهل (جنوب روسيا) وكان الخليفة قد استحضره من سوريا وخلع عليه عدة ألقاب منها (أمير الجيوش)، حيث كان شجاعا قويا حسن التصرف

وقد نعمت مصر أيامها بالسلام والهدوء، لأن الجمالي وفر وسائل الأمن والعدالة، وكان يهدف إلى جعل مصر دولة قوية تنعم بالرخاء، فنمت الزراعة والتجارة، حيث تنازل للزراع عن ضرائب ثلاث سنين مضت كانت متأخرة عليهم، فزاد إنتاجهم، كما ازدهرت العلوم والفنون وروح الابتكار، وكان واسع الفكر يعرف قيمة الوحدة الوطنية فأعطى الأقباط حريتهم فنبغوا في كل أحوالهم.

وكان أعظم إنجاز معماري في عهده هو سور القاهرة العظيم، ونفذ المهندسون رغبته وقد جعلوا لهذا السور ثلاثة أبواب هي باب الفتوح وباب النصر وباب زويلة، وكان المتولي عمارة هذه الأسوار راهب قبطي يدعى يوحنا (يؤنس) وهو الذي اشرف على تصميمها. وقد أقيمت بعيدة عن الأسوار القديمة فأعطت القاهرة اتساعًا أكثر.ووسط استتاب الأمن كلف بدر الجمالي الأقباط بتنظيم الدواوين.

كان راهبا متوحدا باسم جرجس من البحيرة، وسيم بطريركا بقرار من مجمع انعقد في الدار البطريركية، مؤلَّف من الأساقفة وأراخنة الشعب القبطي، وقوبلت رسامته بالارتياح من كل دوائر الحكم والشعب مسلمين ومسيحيين

وبعد أن تمت مراسم الرسامة بالإسكندرية في 22 برمهات سنة 792 الموافق 1078 م. سار في ركب إلى القاهرة قاصدًا كنيسة رئيس الملائكة ميخائيل بجزيرة الروضة، وكان في استقباله الأنبا يعقوب أسقف مصر والشيخ أبو الفضل يحيى بن إبراهيم "متولي الأبواب" (رئيس الشرطة) وديوان الصناعة، وأرسل إليه حصانًا أبيضًا ليركبه البابا الذي سار في موقف مهيب من الشرطة وحفظة الأمن وعبر النيل إلى مصر، وكان في استقباله على الشاطئ جمهور كبير، وسار موكبه هذا إلى قصر الخليفة، فخف إلى استقباله مأمون الدولة (الأستاذ) الذي أخذه من يده بمفرده إلى مكان جلوس الخليفة، وكان الخليفة جالسا مع أفراد أسرته ومعهم زجاجات الطيب فصمخوه منه، وطلبوا منه البركة فصلى لهم، وفرحوا به كثيرا، ثم غادر القصر في بهجة وسرور متوجها إلى قصر بدر الجمالي، حيث استقبل استقبالا حسنا أيضا ودعى لهم، وأمر بدر الجمالي والي مصر بالخروج معه إلى حيث يريد، وأن راعيه ويقدم له الخدمات طيلة وجوده في مصر، حيث نزل في الكنيسة المعلقة، ثم انتقل إلى كنيسة السيدة العذراء بحارة الروم.

قامت المناوشات في تلك الفترة بين ولاة منطقة أسوان وبين ملوك النوبة، إذ لم تكن العلاقات حسنة بينهما، إلا أن بدر الجماالي رأى أن السلام أفضل، واظهر هذا الملوك النوبة الذين استجابوا له، خاصة وان ملكهم (سلمون) المسيحي كان يحب أن ينهى حياته في أحلى الأديرة العربية، فتنازل لجرجس ابن أخته عن الحكم وذهب إلى دير أبو نوفر السايح ليعيش، ولما دخل إلى الأراضي العربية سارع والى أسوان واسمه أسعد الدولة إلى تسلمه أسيرًا، إلا أن بدر الجمالي رفض هذا ودعاه ليعيش في أديرة مصر وبعث له الحرس ليرافقه إلى القاهرة ليقابل الخليفة الذي زاد من احترامه له، وأعد له منزلا مؤقتا ظل يعيش فيه إلى أن مات ودفن في دير الأنبا رويس في ظاهر القاهرة، مما كان مظهرًا طيبًا للروابط بين مصر والنوبة. واستغل الخليفة هذه الروابط الحسنه بين البلدين وعقد فيها معاهدات صداقة وتجارة، كما أنعم على البابا بأموال لإصلاح الأديرة والكنائس.

رسم الأنبا كيرلس مطرانًا على الحبشة باسم الأنبا ساويرس، وكان ابن أخت المطران المتوفي، وكان هذا بديلًا لشخص كان يدعى (كوريل أو كيريل) "كيرلس" اغتصب الكهنوت وادعى الأسقفية في الحبشة دون رسامة، فلما وصل المطران الشرعي ساويرس لقى مقاومة من كوريل هذا، ولما فشل كوريل جمع أموالا كثيرا من الأحباش وحاول الهرب بها، ولكنه قُبِضَ عليه وسيق إلى أمير الجيوش بدر الجمالي، فحاكمه وقتله بالسيف في عام 860 شهداء.

إلا أن المطران ساويرس وجد عناء في التعامل مع الأحباش، لأنه وجد فيهم عادات خاطئة أراد أن يمنعهم عنها فغضبوا منه، مثل زواج السراري والإماء، وكانت حجتهم في هذا العهد القديم وإبراهيم أبي الأنبياء، فاستعان بالبطريرك الأنبا كيرلس فأرسل البابا خطابا رعويا رسميا إلى الملك وحاشيته يمنعهم عن هذه العادة.

لم تعش الكنيسة هادئة كما كان مقدرًا لها، ولكن رغم ما قام به الأنبا كيرلس الثاني من إصلاحات منها:

- رسم أساقفة من الرهبان الصالحين للإيبارشيات الشاغرة.

- دأب على التعليم حيث تعلم هو أولًا لأنه لم يكن متعلما، ثم دفعه هذا إلى تعليم الشعب ودراسة الكتب المقدسة والتفاسير المستقيمة بدلا من بلبلة الأفكار.

- رمم الكثير من البيع والأديرة، وكانت علاقته بالحاكِم والإدارة ممتازة.

فرغم هذا انفجرت الكنيسة من الداخل بفعل الأساقفة بزعامة الأسقف يوحنا بن الظالم الذي كان موجودا أيام البابا السابق خرستوزولوس وأثار أيامه الكثير من الحوادث، عاد أيام هذا البابا واقلق الأمة القبطية. فقد اتخذ هذا الأسقف (وكان أسقفًا لسخا) مع أربعة أساقفة آخرين وهم: أخوه أسقف سمنود - يوحنا أسقف دميرة - خائيل أسقف ابى صير - مقارة أسقف القيس، ومعهم شماس يدعى أبو غالب أحد أعيان مصر، وتواطئوا على عزل البطريرك.

فكتبوا إلى البطريرك معربين عن استيائهم من بعض الرجال المحيطين به وطلبوا إبعادهم، إلا أنه لم يبعد سوى واحد فقط، فعادوا إليه يعاتبوه فرفض، وكان في ديوان الخليفة آنذاك رجل مسموع ألكلمه اسمه أبو زكريا يحيى بن مقاره، وكان شيخا وقورا عاقلا ذا كلمة مسموعة لدى الجميع، وتدخل هذا الرجل للصلح إلا أن أسقف سخا لم يكتف بهذه المصالحة، وطلبوا دفع الأمر إلى بدر الجمالي، وفعلا كتبوا له تقريرا بالطعن في حق البابا كيرلس الثاني مدعين عليه بدعاوى توجِب عزله، وأوصلوا إليه هذه الشكوى عن طريق البستاني بسبب الذي كان مسيحيًا، وكان البطريرك آنذاك في رحلة رعوية في الأقاليم لافتقاد الخدمات في الكنائس وتدشين الجديد من البيع.

فلما أطلع بدر الجمالي على هذه الشكوى -وكان يجل البابا- رأى انه ليس من حقه البت فيها وحده، وإنما رأى عقد مجلس من أساقفة الوجهين القبلي والبحري وكبار رجال الأمة برياسة بدر الجمالي في الإسكندرية في قصره هو، فقبل دعوته سبعة وأربعون شخصًا، وكان الوزير يستهدف السلام حيث قال لهم: "كونوا جميعا برأي واحد، وليكن ولاءكم لكبيركم خالصًا، وتمسكوا بكلام المسيح حين أوصى تلاميذه بأن لا يكنزوا لهم كنوزا في الأرض.. كان يجدر بكم ترك المنابذة لأنكم المثال في التسامح حتى يقتدي بكم الشعب الذي ترشدونه". وطلب منهم أن يطلبوا الصفح من البابا، فتصافح الجميع أمامه. كما أمر بقطع رأس البستاني الذي سعى بالشر منه بطريركه، فخجل الأساقفة من تأنيب بدر الجمالي لهم ورجعوا إلى كنيسة أبى سيفين وأقاموا قداسا استفنارًا عمّا عملوه وتناولوا من البابا.

قام البابا كيرلس الثاني بعد ذلك بالإصلاحات الآتية:

نشر القوانين الكنسية على الشعب ليعرفها ويعمل بها، ووضع أربعة وثلاثين ماده دارت حول:

أ- عدم تقاضى رشوة لقاء الأعمال الكهنوتية ومن يفعل هذا لا تقبل رياسته للكهنوت ولا يكون بيننا إلا كالوثني والعشار.

ب- أي قس أو أسقف يرفض قبول خاطئ تائب فليُقطَع لأنه خالَف قول السيد المسيح.

ج- يجب على كل أسقف أن يتفقد جميع البيع والأديرة الواقعة تحت سلطانه، وان يحافظ على أدواتها وريعها ونظافتها وعمارتها.

د- يجب على كل أسقف أن يعرف حال كهنته في مختلف الكنائس والجهات الخاصة له، وان يفحص أمورهم في عملهم، وفي القداسات التي يقيمونها، وفي قراءة الكتب التي يفرضون على أنفسهم تلاوتها.

ه- يجب على الأسقف أيضا أن يتعهد كهنته وشعبه بالتعاليم الإلهية التي تخلصه وتخلصهم من خطاياهم، فكل نفس من أنفس الرعية مطلوبة من راعيها.

و- رتب الأنبا كيرلس بعد ذلك بالتفصيل واجبات الأسقف نحو الفقراء والمعوزين، ونحو الرهبان الذين يجب أن يقضوا العمر كله في البرية ما لم يطلب خلاف ذلك.

ز- يجب أن يكف الكهنة والعلمانيون الالتجاء إلى غير حكم البيعة.

واسترسل البابا في قوانينه، فبين أهمية الصوم ووجوب التمسك به، وتطرق إلى ضرورة تدقيق الكهنة واستعمال سر الذبيحة، فلا يعقدونه إلا في ظل سلامته وشرعيته، وأوصى الشعب بضرورة احترام الكهنة والأساقفة، "ويجب على أبناء المعمودية توفير المذابح المقدسة والهياكل الطاهرة وتزيينها" وفي عهد هذا البابا تم ترميم كنيسة القيامة بالقدس والتي كان الحاكم بأمر الله قد احرقها وأرسل مندوبين عن الكنيسة القبطية لتكريسها في موسم القيامة من عام 800 شهداء 1084 م.

– كما كرسوا كنيسة بناها أحد الأقباط وهو منصور التلباني هناك. وفي سنه 1092 لم يقضي فترة الصوم الكبير في دير الأنبا مقاره وإنما اكتفي بالذهاب إلى دير الشمع غرب طموه ثم إلى كنيسة الملاك ميخائيل في جزيرة الروضة، ثم عاد إلى كنيسة السيدة العذراء المعلقة ليحتفل بعيد القيامة المجيد، ولم تكد الخمسين المقدسة تنتهي حتى بلغ نهايته واسلم روحه الطاهرة بعد أن قضى أربعة عشر سنه وستة أشهر على الكرسي المرقسي