البابا يوأنس الخامس البطريرك (72) وهو يوحنا الراهب من دير أبي يحنس. تولي الكرسي في. (25 أغسطس سنة 1147 م.) وكان قديسا صالحا عفيفا. وفي أيامه لما تولي الوزارة العادل بن السلار في خلافة الأمام الظهر أمر الصاري مصر والقاهرة بشد الزنانير وخلع الطيالس 

استولي الإفرنج علي عسقلان وهدمت كنيسة مار جرجس بالمطرية بعد تجديدها علي أنقاض القديمة بجانب بئر البلسم وقام نصر بن عباس وقتل الخليفة الظاهر ونصب مكانه الفايز وقتل ابن عباس واستولي مكانه طلائع بن رزيك ونعت نفسه بالملك الصالح وكان مبغضا للنصارى وأمر أن يكون لعمائمهم ذوايب وحصل في أيامه غلاء في الأسعار ووباء في الأبقار ومات الأمام الفايز وقام بعده الأمام العاضد وفي أيامه مات الوزير طلائع واستولي مكانه ولده. قم قام علي الأخير شاور والي الصعيد واستولي علي الوزارة وقتل سلفه. وتحرك ضرغام علي شاور وخلعه وحل مكانه أما شاور فهرب إلى الشام وعاد منها بصحبة أسد الدين شيركوه وقتل ضرغام. ولما حاصر شيركوه شاور في القاهرة واستولي عليها امتدت إليها أيدي النهب. فنهب رجاله الأهالي وصاروا يمسكون النصارى أهل البلاد والأرمن الإفرنج ويقتلون منهم ويبيعون منهم بالثمن البخس. واستشهد علي أيديهم الراهب بشنونه الذي من دير أبي مقار في 24 بشنس سنة 880 ش. (1164 م.) وأحرقوا جسده لامتناعه عن تغيير دينه وحفظت عظامه في كنيسة أبي سرجه. وهدموا كنيسة الحمرا (مار مينا) بحارة الروم البرانية وكنيسة الزهري وعدة كنائس في أطراف مصر بعد نهب ما فيها ثم أذن الله بتجديد مبانيها علي يد الأرخن أبي الفخر صليب بن ميخائيل الذي كان صاحب ديوان الملك الصالح الوزير.

. وقد قبض علي البطريرك في أيام العادل بن السلار وألقي في السجن لأنه امتنع عن رسامة مطران للحبشة بدل مطرانها الشيخ الكبير المعروف بأنبا ميخائيل الأطفيحي وهو علي قيد الحياة وقد كان مرسومًا من يد البابا مقاره وأفرج عنه بعد أسبوعين من اعتقاله لوفاة العادل. وفي أيام هذا البطريرك أضيف إلى الاعتراف لفظة "المحيي" بعد "هذا هو الجسد" فصار يقال "هذا هو الجسد المحيي الذي أخذه الابن الوحيد.. إلخ." وجرت بسببها مجادلات ومناقشات كثيرة وتوفي البطريرك في أيام شاور بعد أن تولي علي الكرسي مدة ثمان عشرة سنة وثمانية أشهر وأربعة أيام.

عاصر الخلفاء: الحافظ - الظافر - الفائز - العاصر. وكان هذا الأخير آخر الخلفاء الفاطميين.

كان راهبًا في دير القديس الأنبا يحنس القصير باسم يؤنس بن أبي الفتح، وكان أحد المرشحين للبطريركية أيام اختيار سلفه الأنبا ميخائيل، وكان هناك راهب من دير أبو مقار يسمى يؤنس بن كدران حاول الطعن في اختياره، ولجأ إلى الخليفة ليصدر أمره ببطلان هذه الرسامة، فأحال الخليفة الأمر إلى مجلس يضم الأساقفة وقاضى القضاة وبعض كبار رجال الدولة، وهذا يدل على العدل العظيم في تناول أمور الأقباط في دولة إسلامية، وبعد أن التأم هذا المجلس أقرَّ رأى الأساقفة المجتمعين وقرروا أن: "مَنْ حضر من الأساقفة والكهنة ليس لهم بطرك إلا ما طلبوه ورغبوا فيه، ولا يكون المرشح هو الطالب أو الراغب، وهذه سُنَّة القوم من أول ما عبدوا الله بين النصرانية وإلى هذا الوقت.. إذا صح عندهم أن الرجل الذي يريدوه يقدموه عليهم كامل أوصاف شريعتهم من القداسة والدين والعلم والصلاح والعفاف والرحمة، وبقية ما يحتاجونه أن يكون فيه على حكم يذهبهم، أخذوه كرها من غير اختياره، وقَيَّدوه بالقيد الحديد لئلا يهرب منهم إلى البرية الجوانية فلا يقدروا عليه، لأن قليل هم أهل هذه الصفة وان كانوا الكل آباؤنا وأخواتنا، فأهل هذه الطبقة لا يوجد منهم إلا من الألف واحد، يكون قد توحَّد وقد تفرَّد وترك العالم وهرب منهم، وجعل حياته مع وحوش الجبال وسباع البرية، فنقل إلى طبع السباع الكاسرة والوحوش الضارية إلى مسالمته، وأن الصقور إذا رأته تأتى إليه وتسجد عند قدميه ليبارك عليها ويستأنس بها ولا تضره، لمثل ذلك الشخص يطلب النصارى أن يكون مقدم عليهم، فإن لم يجدوه قدموا غيره من أهل الاتضاع والعلم والدين، ومن يشهد له بالعفاف والطهر، ولا يجوز لهم أن يقدموا عليهم من يرغب فيهم، ولا من يطلب السلطان.."

وقد اجتمع في الإسكندرية جمع كبير من الأساقفة والأراخنة ورجال الشعب، وأعُيدَ عرض الاسمين في حضور صاحب الخليفة الذي كان يسجل ما يدور في محضر يعرض على الخليفة، وهنا صرخ الجميع باسم يؤنس بن أبو الفتح، فثبت على كرسيه، مظهرًا الحب لغريمه يؤنس بن كدران الذي حضر، لدرجة انه عرض عليه رسامته أسقفًا على سمنود فلم يرضى.

 

أحوال الكنيسة في عهده:

نظرًا لضعف الدولة الفاطمية في أواخر أيامها، فلم تكن قبضتها قوية على أحوال البلاد، فاضطرب الأمن وكثرت حوادث العنف وقتل الوزراء والخلفاء، ومن ثم فقد نال الأقباط شيء من هذا، فبعض الرهبان مثل شنودة من دير أبي مقار الذي رفض تغيير دينه فقُتِل وحاولوا إحراق جسده فلم يحترق، فأخذه الأقباط ودفنوه في كنيسة أبي سرجه بمصر القديمة.

حدثت مشكله في عهده في طقوس الكنيسة، إذ أضاف بعض رهبان أبو مقار وكانوا يقيمون في قلاية بقرية بشيش (بجوار المحلة) أضافوا كلمة (المحيى) كصفة لجسد السيد المسيح فيصبح "هذا هو الجسد المحيي" فلما بلغ الأمر البطريرك من أسقف سمنود الذي لم يكن يقبل هذه الإضافة، عقد مجمعًا محليًا لمناقشة الموضوع، وبعد طول مناقشة وحوار اقروه.