بعد أن توفي البابا أثناسيوس الثالث، رشح أراخنة القاهرة – اغنياء الاقباط - الأب غبريال، فاختاروه ورسموه قمصًا... ولكن بعض الأراخنة رشحوا يوأنس بن أبى سعيد... فصلوا قداسًا ثم عملوا قرعة هيكلية فسحب اسم غبريال، فنازعه يوأنس وجماعته وأبطلوا القرعة وقدموا يوأنس بطريركًا في 6 طوبه سنة 978 ش. وأقام بطريركًا ست سنين وتسع شهور وتسعة عشر يومًا ثم انزوى في ديره، وتولى مكانه البابا غبريال السادس من 24 بابه سنة 985 ش حتى 6 طوبه سنة 987 ش.، ثم عزل غبريال وأعيد يوأنس بأمر السلطان في 7 طوبه سنة 987 ش.

وتوفي  البابا غبريال في مدة رئاسة البابا يوأنس الثانية، فتقدم عليه في جدول الآباء البطاركة.وفي أيامه ألزمت النصارى واليهود من قبل السلطنة بشروط حادة، منها صبغ العمايم باللون الأزرق والمراكيب باللون الأحمر وغير ذلك! وأغلقت الكنايس بمصر والقاهرة أولًا، ثم ساير الأقاليم ما خلا الديارة وكنايس الإسكندرية وبعض البلاد. ولما وصل رسول الإمبراطور ميخائيل الثامن الباليولوجي (قائد أباطرة نيقية، وقد اغتصب المُلك من يوحنا اسكارس الرابع سنة 1256 م.) صاحب القسطنطينية، قام بالشفاعة فيهم ففُتحت كنيسة السيدة العذراء بالمعلقة بقصر الشمع بمصر وكنيسة ميكائيل.

وقام البابا غبريال بعمل الميرون المقدس في كنيسة المعلقة بمصر بحضور الآباء الأساقفة.