ولما توفي  البابا يوأنس الحادي عشر البطريرك (89) في 9 بشنس سنة 1168 ش الموافق 4 مايو سنة 1452 م اجتمع مجمع الأساقفة المقدس مع أراخنة الشعب لاختيار خليفته فاجتمعوا الرأي على انتخاب الراهب متى الصعيدي لكرسي البطريركية، فحضر من ديره – العذراء المحرق بالقوصية - ووصل إلى مصر في يوم الأربعاء 22 مسرى سنة 1168 ش الموافق 15 أغسطس سنة 1452 م. ورسم بطريركًا في يوم الأحد 12 توت سنة 1169 ش الموافق 10 سبتمبر سنة 1452م بعد أن ظل الكرسي البطريركي خاليًا مدة أربعة أشهر وستة أيام ودعي باسم البابا متاؤس الثاني البطريرك (90) في أيام السلطان فخر الدين عثمان. وفي 7 أمشير سنة 1169 ش. الموافق أول فبراير سنة 1453 م حضرت إلى مصر بعثة حبشية لزيارة البابا يوأنس الراحل  فوجدته انتقل من هذا العالم واعتلى الكرسي بعده البابا متاؤس الثاني. ومن نعمة الله أن السلطان المملوكي المنصور فخر الدين عثمان بن القايم بأمر الله كانت تربطه المودة بالبابا المر قسي فاستقبل البعثة الحبشية أحسن استقبال وسهل إقامتها في مصر. وكان غرض البعثة الحبشية هو اختيار مطران لها خلفًا لراعيهم الراحل وذلك في أيام ملك الحبشة ذرع يعقوب الملقب باسم الملك قسطنطين الأول وقد تم رسامة راهب ودعاه المطران غبريال وأرسله مع البعثة. وأقام البابا متاؤس الثاني كأسلافه البطاركة في كنيسة العذراء الأثرية بحارة زويلة وظل بها مدة رئاسته على الكرسي البابوي. وقد لاحظ قداسة البابا أن ما تبقى لديه من الميرون يكفي لأن يكون خميرة يخمر بها العجين كله، فقام بعمل الميرون وتقديسه في سنة 1174 ش الموافق سنة 1458 ميلادية في بيعة السيدة العذراء الطاهرة القديسة مريم والدة الإله بحارة الروم. وقد اشترك مع قداسة البابا متاؤس الثاني في هذا العمل المقدس ستة من الأساقفة الذين حضروا من الكراسي البحرية والقبلية. وفي يوم الثالث عشر من شهر توت سنة 1182 ش الموافق 10 سبتمبر سنة 1465 م تنوفي  البابا متاؤس بعد أن جلس على الكرسي البطريركي مدة ثلاث عشرة سنة ودفن في دير الخندق المعروف الآن بدير الأنبا رويس وذلك في أيام السلطان الظاهر خوشقدم.